Quel microscope à contraste de phase choisir ?

[Daniel]

Re,
oui, un des responsables de cofemo est membre du forum. Pourquoi ne pas le contacter? Pierre l'a recommandé dans un message et a écrit qu'ils proposaient Motic. Et il indiquera des modèles équivalents. (voir l'annuaire du forum pour l'adresse du site Cofemo)

Pierre sera peut être le plus à mème d'indiquer des fournisseurs.
Alain semble jaloux des siens. Il a raison d'insister dans son premier message sur un test personnel nécessaire. Malheureusement, je ne connais pas de boutique qui propose ces tests pour des modèles peu onéreux. Les grandes marques ont des salles de démonstration dans les bureaux des représentants, ou ceux ci se déplacent avec le matériel ciblé. A défaut, je ne vois que les labos universitaires... n'y a t il pas un hydrobiologiste près de chez vous?

Pour ma part, je suis équipé anciennement et je ne m'informe que des prix du matériel d'occasion. J'ai fait l'hypothèse que les prix allemands pouvaient être moins élevés. En tapant "motic preise" dans un moteur de recherche, voici une page qui donne une idée pour un BA210
http://www.mikroskopie.de/mikroskope/motic-ba210.html

BA210-40X +40xPH + glissière ph40x
957-75+264+63= 1209€ ttc

Cela correspond à mon pronostic. (mais il faut que le vendeur accepte la reprise du 40x). Il faut y ajouter le port et le cout des 2 micromètres. J'ajouterais bien aussi les 143€ pour passer en trino juste au cas ou...
Et puis Alain a surement de bonnes raisons de demander plus de qualité...

Je n'ai pas d'expérience des cellules de comptage. Pierre pourra peut être se renseigner dans les laboratoires d'hématologie dont il fait la maintenance. Mais Gérard comme hydrobiologiste serait peut être le plus qualifié. Il proposait semble t il une autre technique basée sur la sédimentation des algues d'un volume plus important de liquide. Mais c'est pour un microscope inversé.

[Cakuêt]

Et bien merci Daniel pour ces informations complémentaires.
Je ne doute pas qu'Alain a de bonnes raisons pour vouloir plus de qualité, mais dans les circonstances actuelles, je reste sur le bino BA210 Motic équipé contraste de phase 40X PH et micromètres oculaire et objet (le trino n'est vraiment vraiment pas nécessaire pour ce qu'on veut en faire).

j'attends donc les conseils avisés de Pierre et Gérard concernant ma cellule de Neubauer

[Gerard78]

Coucou Cakuêt!
On va faire dans le simple, si tu veux bien...
Ton but est de donner (à l'instar de ce qui a été fait en Artois-Picardie si je me souviens bien) une "photographie" de la microflore d'un milieu aquatique, détermination uniquement ordinale (ce qui ne va tout de même pas loin, sauf ton respect!)...
Remarque 1: la période de "pêche" est extrêmement importante, la répartition des cohortes de micro-algues évoluant dans le temps (pour une raison bête, qui s'appelle le soleil, celui qui éclaire de plus en plus, et chauffe de plus en plus, avec toutes les conséquences évidentes en termes de concentration en O2 dissous, et aussi de concentration en nutriments (baisse du niveau d'eau par évaporation). Ceci étant posé, la suite!
Remarque 2: les lames de comptage diverses (Thoma, Malassez, Neubauer et autres) sont adaptées à des situations particulières (sang essentiellement) où l'on connait d'emblée la taille de ce que l'on attend. Leur usage nécessite de micro-gouttes, rigoureusement calibrées (!!!), pour en tirer des stats. futées. Je m'explique: si tu travailles sur par exemple un volume de 0.1 mm3 (et c'est déjà beaucoup), et que tu tires des pourcentages par ordre, puis que tu multiplies pour avoir une valeur pour 100mm3 par exemple, la moindre erreur sera multipliée par 1000.... Et surtout, il faut être absolument certain que la gouttelette est bien représentative (agitation du prélèvement, dilution calculée éventuelle, et toute cette sorte de choses...). C'est très hasardeux, et si c'est certes jouable quand même, cela suppose un équipement annexe qui va dépasser ton budget microscope.... Regarde le prix d'un équipement micropipette + agitateur + tout le reste....
J'ai tenté plusieurs fois de faire joujou avec ces fichues lames-hematimètres, et me suis cassé les dents! D'où:
Remarque 3: j'avais dit que l'outil, pour cet usage, était un inversé. Je persiste et signe! De plus, on peut utiliser une cellule d'Utermöhl (tape donc "cellule d'Utermöhl" sous Google, et tu verras que pour les décomptes de cyanos en routine -IFREMER- et autres, c'est cette méthode, avec des inversés, qui est utilisée...). Pour aider au décompte, il suffit d'un quadrillage sous la lame. Là, une solution très simple (on se contrefiche du vide de maille, le quadrillage n'est là que pour aider l'opérateur à ne pas compter deux fois des organismes, ou d'en oublier), tu vas chez ton aquariophile du coin, et tu achètes un petit filtre à Artemia. Tu découpes le tissu (fine grille en nylon), éventuellement tu le colles sur une lame pour faire plus rigide, et tu places ta lame à examiner par dessus. Tu auras un cadre, des petits carreaux, et tu pourras compter... Un conseil, qui n'est absolument pas une blague, penser à s'acheter quelques "compteurs de maille" (par exemple un par ordre de phyto.) permettant de cliquer à chaque fois que l'on voit une plantule relevant de tel ou tel groupe. C'est plus pratique que le bout de papier avec des barres, qui nécessite de lever la tête des oculaires, donc risque de se paumer, de perdre le bout de papier, et autres vicissitudes....
Voilà.
Ce ne sont que quelques éléments de réflexion, inspirés de ma propre pratique....
On a le droit de ne pas être d'accord, mais je persiste, je n'ai jamais eu de problèmes avec ces méthodes-là.
Voili-voilou, c'était les belles histoires de tonton gégé...
Bonne fin d'après-midi!

[Cakuêt]

Bonjour Gérard78 !
"ce qui ne va tout de même pas loin, sauf ton respect!":
Je l'ai répété à plusieurs reprises, nous souhaitons juste avoir une idée du peuplement phytoplanctonique présent dans nos échantillons d'eau, ni plus, ni moins: étude donc basique mais qui dans le cadre de la réserve naturelle pourrait nous servir à quelque chose quand même. Une étude plus poussée aurait été évidemment plus porteuse d'informations, mais je le dis et le redis, avec un budget de 2000€ TTC, on fait le strict minimum (qui est mieux que rien vous me l'accorderez tous).

"les lames de comptage diverses (Thoma, Malassez, Neubauer et autres) sont adaptées à des situations particulières (sang essentiellement) où l'on connait d'emblée la taille de ce que l'on attend. Leur usage nécessite de micro-gouttes, rigoureusement calibrées (!!!), pour en tirer des stats":
Alors là, justement, je ne suis pas du tout d'accord avec ce que vous dites: le principe d'une cellule de Neubauer (ou autres peu importe) est de pouvoir compter des objets présents dans un volume connu; après extrapolation, on arrive à avoir une idée de la densité de ces objets par ml. J'avoue m'être trompée dans le terme "biomasse" que j'ai employé précédemment, je cherche bien à connaître la densité cellulaire/algale par ml de mes échantillons d'eau.
Donc une pipette Pasteur remplace la micropipette, l'agitateur est remplacé par mon bras (pas compliqué d'homogénéiser correctement un échantillon d'eau manuellement) et on reste dans le budget prévu.

"Je m'explique: si tu travailles sur par exemple un volume de 0.1 mm3 (et c'est déjà beaucoup), et que tu tires des pourcentages par ordre, puis que tu multiplies pour avoir une valeur pour 100mm3 par exemple, la moindre erreur sera multipliée par 1000.... Et surtout, il faut être absolument certain que la gouttelette est bien représentative (agitation du prélèvement, dilution calculée éventuelle, et toute cette sorte de choses...).":
Peut-être vous ai-je semblé un peu "légère" quant à mes questions relatives aux microscopes, mais je tiens à préciser que je suis titulaire d'un Bac S et bientôt d'un Master 2 Ecologie... Mais je suis sûre que votre explication partait d'un bon sentiment

"j'avais dit que l'outil, pour cet usage, était un inversé. Je persiste et signe! De plus, on peut utiliser une cellule d'Utermöhl (tape donc "cellule d'Utermöhl" sous Google, et tu verras que pour les décomptes de cyanos en routine -IFREMER- et autres, c'est cette méthode, avec des inversés, qui est utilisée...)":
Je suis par contre ici tout à fait d'accord avec vous ! J'ai bien évidemment lu en long en large et en travers les protocoles standardisés de l'INRA, du Cemagref ou encore de l'Ifremer relatifs aux études du phytoplancton, et je sais que pour ce genre d'étude il faut un microscope inversé avec contraste de phase et/ou contraste interférentiel, des micromètres oculaires et objets et enfin des chambres de sédimentation... Le tout pour appliquer la méthode d'Utermöhl de 1958.
MAIS pour nous, en ce 30 mars 2001, avec le budget qui est alloué à cette étude du phytoplancton, c'est évidemment hors de question...

J'ai l'impression de me répéter, non ? ( )

Donc vraiment, cette histoire de cellule de Neubauer qu'il faudrait remplir avec un volume connu, ça me laisse sans voix...

[Gerard78]

Re!
On se calme!
Merci seulement (car je suis un crétin, c'est connu...) de m'indiquer, pour ma formation personnelle, quel est le volume constant et exact contenu sous la lamelle dans une cellule de Neubauer...
Mais pour le reste, vous faites exactement comme vous voulez, je n'ai heureusement pas vocation à être referee dans votre protocole, donc...
Carpe diem!

[Gerard78]

Je complète..
Une cellule de Neubauer a une chambre de superficie 9 mm², et une profondeur de 100 µm, donc un volume de 0.9 mm3.....
La moindre bulle d'air, le moindre manque de liquide....
Alors bon..
Mais laissez-moi considérer que vous faites dans l'à peu près, un peu à tous les niveaux de votre protocole...
Ce n'est d'ailleurs pas un hasard si les labos (même les petits) sont passés aux hémogrammes automatisés, à la fois pour des raisons économiques (temps passé) mais aussi pour des raisons de précision.
Ce n'est pas moi qui le dit, c'est un ami médecin biologiste qui vient de me le confirmer au fil.
Mais j'arrête là ce débat, ayant comme règle de travailler personnellement au plus rigoureux et inattaquable possible, mais laissant ceux qui ont d'autres options le soin de les appliquer....
Bonne soirée.

[Fredlab]

Hello
Claire, je crois qu'il faut écouter tonton Gégé... vu son curiculum
mais là où je pense qu'il y a quiproquo d'où énervements (ce forum ), c'est que dans un cas, on a la volonté de faire des études destinées à être publiées dans des revues à comité de lecture... dans l'autre, il faut essayer de faire au moins pire, avec un budget limité - par contre, ce que devrait entendre les décideurs de budget, c'est qu'avec 2000 euros, il sera difficile de mener à bien une étude quantitative (je ne crois pas qu'un dénombrement soit possible)... juste qualitative.

[Cakuêt]

Ouhlala, on s'énerve, on s'énerve.

Le soucis avec les forums et la communication par écrit, c'est que le ton des phrases est à l'appréciation des lecteurs...
Je ne m'énervais absolument pas dans mon dernier post, une conversation en face à face n'aurait laissé aucun doute à cela !


Donc Gerard78, j'ai bien vu que vous aviez un peu mal pris mon dernier post, mais vraiment, il ne fallait pas !

Pour en revenir à nos moutons, " Mais laissez-moi considérer que vous faites dans l'à peu près, un peu à tous les niveaux de votre protocole..." :
S'il y a bien une chose de certaine dans cette conversation, c'est bien cela : nous allons essayer (et je dis bien essayer), d'avoir une idée de la composition de notre phytoplancton.
J'ai bien vu à travers tous les protocoles ou études que j'ai pu lire que l'on s'apprête à faire dans l'à peu près, je suis tout à fait d'accord: on va faire avec ce qu'on a.
Mais c'est pas une raison pour m'envoyer sur les roses, si ?!

"Mais j'arrête là ce débat, ayant comme règle de travailler personnellement au plus rigoureux et inattaquable possible, mais laissant ceux qui ont d'autres options le soin de les appliquer....":
Mais non, il ne faut pas, au contraire ! Je suis venue discuter sur ce forum exprès pour avoir l'avis de gens rigoureux et qui savent de quoi ils parlent. Avec toutes les informations que vous me donnez tous, je peux m'attendre à ce que je vais réellement observer dans ce fameux microscope, et peut-être essayé de limiter la casse.
Ici, chacune des personnes est à fond dans le sujet "microscope", je comprend donc que vous soyez ennuyé quand vous vous retrouvez "face" à quelqu'un comme moi qui tente de faire le "minimum".
Je vous assure que si l'argent n'était pas le facteur limitant de cette histoire, je me ferais un plaisir d'appliquer vos conseils à la lettre ! Donc vraiment Gerard78, ne prenez pas la mouche !

Fredlab
"Claire, je crois qu'il faut écouter tonton Gégé... vu son curiculum ":
Cf. ce que j'ai dit au-dessus.
Je ne remet absolument pas les compétences en la matière de chacun en doute, je tente juste de piger ce que les gens me disent. Encore une fois, sans le ton des phrases c'est parfois difficile de capter l'ironie (et je suis une adepte de l'ironie !)

"mais là où je pense qu'il y a quiproquo d'où énervements (ce forum ), c'est que dans un cas, on a la volonté de faire des études destinées à être publiées dans des revues à comité de lecture... dans l'autre, il faut essayer de faire au moins pire, avec un budget limité - par contre, ce que devrait entendre les décideurs de budget, c'est qu'avec 2000 euros, il sera difficile de mener à bien une étude quantitative (je ne crois pas qu'un dénombrement soit possible)... juste qualitative" :
Je crois bien aussi que dès le départ je n'ai pas été assez claire sur le but de l'étude, mea culpa.
Je suis stagiaire dans une réserve naturelle comme j'ai dit, et on m'a confié une mission : trouver un microscope pour pouvoir étudier le phytoplancton de nos échantillons, et ce avec 2000€. Du coup, je fais de mon mieux pour mener à bien ma mission.

Maintenant que les choses sont claires (du moins je l'espère), je voudrais bien savoir pourquoi avec ma cellule de Neubauer je ne pourrai pas dénombrer les cellules, sachant que le volume de chaque petit carré est connu...
Gerard78 parle de bulle d'air, mais en regardant dans les oculaires, on la verra cette bulle d'air et on comptabilisera les cellules des carrés qui ne sont pas concernés. Non ?
Et l'espace entre lame et lamelle n'est pas connu alors ? J'avais compris que si justement...

Allez Gerard78, ne me boudez pas !

[Cakuêt]

"Mais pour le reste, vous faites exactement comme vous voulez, je n'ai heureusement pas vocation à être referee dans votre protocole, donc... "
Ah et puis quand il est pas content Gerard78, il n'y va pas de main morte pour le faire savoir ! Prend ça dans les dents petite !

[Eddy]

Bonsoir,

Un feu ? Mais que font les pompiers ?
Plus sérieusement, avec un budget serré, il est clair que les méthodes les plus fiables, qui sont aussi les plus onéreuses, ne sont pas abordables. Rien ne vous empêche d'utiliser des méthodes artisanales, dès lors que les résultats sont présentés en connaissance de cause. Si votre analyse donne une idée des proportions, sans parvenir à chiffrer précisément les composantes du phytoplancton, c'est déjà très bien !

Cordialement,
Eddy