Séquençage du génome de la truffe noire du Périgord

[Eddy]

Bonjour le forum !

Ce petit message pour relayer une information intéressante : le séquençage du génome de la truffe noire du Périgord (Tuber melanosporum) est maintenant publié dans Nature (advance online). Avec 125 Mb (mégabases), cela représente le plus gros génome d'un champignon séquencé jusqu'à maintenant. Pourtant, ce génome est plutôt pauvre en gènes, en tout cas par rapport aux autres ascomycètes déjà séquencés, avec seulement 7 500 gènes quand la plupart sont autour de 15 000. Pour se faire une idée des ordes de grandeur, un génome humain fait 3000 Mb et contient environ 30 000 gènes. Le record absolu parmi les organismes séquencés est détenu par l'amibe Amoeba dubia avec un génome de 675 Gb. Plein de raisons expliquent les différences observées entre les tailles des génomes. C'est un sujet vaste et intéressant mais qui sort du cadre de la pause café.

Lien vers Nature News (en anglais)

Cordialement,
Eddy

[Nhan]

Merci pour l'info eddy .

On est loin de S.cerevisiae avec ses 13Mpb...

Pour le génome humain, je crois bien qu'on est à une estimation de 25000gènes.

[Eddy]

Bonjour,

Pour le génome humain, je crois bien qu'on est à une estimation de 25000gènes.

Oui, pas de souci entre 25 000 et 30 000 c'est la même idée. En revanche la première approximation, qui tablait sur 100 000 gènes, était surestimée.

Cordialement,
Eddy

[fayna+dim]

à partir du moment ou les grandeurs sont intrinsèques à la technologie de stockage, compression des données, etc. Pourquoi (quel est l'intérêt)de parler de mégabits ou autres en matière de génome?? pardon pour ma question qui peut paraitre bête, est-ce seulement pour se situer au niveau des normes actuelles de stockage des données??
amicalement, dimitri.

[Eddy]

Bonsoir,

On parle de mégabases (ou plus exactement méga paires de bases, en abrégé Mbp ou Mpb pour les francophones) pour des millions de paires de bases, de kilobases pour des milliers de paires de bases, de gigabases pour des milliards, et ainsi de suite. Ce sont les mêmes préfixes que pour les autres échelles, mais sans rapport aucun avec l'informatique.

Ces « bases » sont les bases azotées bien connues : deux purines, l'adénine (A) et la guanine (G), et deux pyrimidines, la cytosine (C) et la thymine (T).

Cordialement,
Eddy

[fayna+dim]

Clair et concis, merci Eddy pour ces précisions.
dimitri.