Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

[patrice]

Bonjour,
moralité : ne pas confondre erreur et justesse. Ce n'est pas parce qu'on achète un micromètre fort cher qu'il est juste et il ne faut surtout pas s'y fier et par conséquent les contrôler et si possible avec plusieurs références.
Ainsi après on peut comparer ses mesures avec celles des autres. Mais il reste ensuite le problème du choix de l'objet mesuré.

[Eddy]

Bonjour le forum !

Ainsi après on peut comparer ses mesures avec celles des autres. Mais il reste ensuite le problème du choix de l'objet mesuré.

Ce « problème de l'objet mesuré» n'en est un que lorsqu'il y a peu d'individus disponibles. Dès lors que l'on dispose d'un échantillon assez étendu (au moins 20 mesures, comme ordre de grandeur), l'analyse statistique permet de savoir, avec un risque d'erreur connu, si l'on peut considérer que les données brutes obtenues par N observateurs proviennent d'une même population. Si l'on part du principe que les N observateurs effectuent des mesures de telle structure d'une même espèce (rigoureusement déterminée !), ce système peut renseigner sur la fiabilité des dispositifs de mesure utilisés : le dispositif d'un observateur parmi N dont les mesures sembleraient issues d'une population distincte serait ainsi suspect !

Je lance une idée comme ça : pourquoi ne pas proposer une liste de valeurs brutes obtenues pour telle ou telle structure à tel ou tel grossissement (en précisant le matériel utilisé , etc.). Cela permettrait à ceux qui le souhaitent d'évaluer la pertinence de leur dispositif de mesure sur des objets variés. Pour ma part, j'ai déjà des valeurs à proposer. Je suis conscient que ce n'est probablement pas applicable à tout ce qui est observé/mesuré sur le forum du Naturaliste.

Exemple d'utilisation des données brutes :

X mesure 35 spores de Russula nigrescens dans le Melzer, en tenant compte de l'ornementation. Ces données sont sur le forum pour l'étalonnage.
Y veut étalonner son dispositif. Il mesure pour cela 35 spores de Russula nigrescens dans le Melzer, en tenant compte de l'ornementation (même procédé que X).
Y prend ses données et celles de X et effectue une analyse statistique (par exemple un test de Kruskal-Wallis avec un seuil de 1% d'erreur). Le test lui permet de conclure que l'échantillon de X n'est pas statistiquement différent du sien. À 1% d'erreur, Y peut donc considérer son système de mesure comme fiable. Reste à faire d'autres essais par précaution... et souhaiter que X lui-même ait un dispositif fiable. Mais c'est l'avantage d'un forum : il y a de multiples participants pour confirmer les données brutes.

Certains diront que les livres proposent déjà des fourchettes de valeurs, et ils ont raison. Seulement voilà : il est très rare que ces mêmes livres précisent le milieu de montage, la méthode utilisée (donne-t-on les valeurs extrêmes ? avec ou sans ornementations ? etc.). Et puis, surtout, comme on n'a pas les données brutes, on ne peut pas faire l'analyse statistique ! Quant à moi, je me méfie de la formule intuitive : « je trouve 18-22-28 µm de longueur, mon livre de référence trouve 19-24-27 µm, donc tout va bien. » Pourquoi "donc" ?

Cordialement,
Eddy

[Christian]

Bonjour Eddy, tous,

Perso je pense qu'un micromètre objet bon marché (une vingtaine d'euros) n'est pas ruinant et suffisant pour la majorité d'entre nous.
Et puisque cette même majorité pratique aussi la microphotographie, il est assez facile de recouper nos mesures.
Un bon exemple est le comptage de ponctuation ou stries de diatomées, que ce soit avec André, Bertrand, etc … et surtout les clés d'identification, je tombe sur les mêmes valeurs pour les mêmes espèces, même avec A. pellucida (les stries mais pas encore les ponctuations ) !

[André]

Bonjour à tous

Ayant utilisé un micromètre oculaire (étalonné avec un micromètre objet ) pendant 14 ans, l'utilisation de Microcartouche (élaboré par Chris) a totalement révolutionné mes mesures, et ne parlons pas du "bigleage" pour compter des stries de diatomées, qui souvent se terminait en recomptage et rerecomptage après perte du repère initial!

[Eddy]

Bonjour le forum !

Perso je pense qu'un micromètre objet bon marché (une vingtaine d'euros) n'est pas ruinant et suffisant pour la majorité d'entre nous.

Sans nul doute !

Et puisque cette même majorité pratique aussi la microphotographie, il est assez facile de recouper nos mesures

.
À condition que toutes les infos utiles se trouvent avec l'image. Et, pour ça, effectivement, l'utilisation de MC est un gros avantage car on trouve tout ce dont on a besoin (colorants éventuels, milieu de montage, échelle, etc.)

Un bon exemple est le comptage de ponctuation ou stries de diatomées, que ce soit avec André, Bertrand, etc … et surtout les clés d'identification, je tombe sur les mêmes valeurs pour les mêmes espèces, même A. pellucida

Je ne connais pas grand-chose aux diatomées, mais cet exemple me laisse perplexe. Quand tu parles de compter des ponctuations ou des stries, comment procèdes-tu ? Mesures-tu une strie au micromètre, pour multiplier la valeur obtenue par la longueur de la diatomée ou s'agit-il plutôt d'un authentique dénombrement (à la réflexion, je doute qu'on puisse les compter une à une sans devenir fou ) ? Si c'est une mesure, qu'est-ce que tu entends par les mêmes valeurs ? Obtiens-tu rigoureusement les mêmes valeurs ? Ou alors obtiens-tu à peu près les mêmes ? Je crois que ceci est très important car :

- Si la réponse est « à peu près, plus ou moins un fifrelin », on est en droit de se demander sur quelle base conclure que ce fifrelin n'est pas significatif (je répète que je ne connais rien aux diatomées).
- Si la réponse est « rigoureusement les mêmes », alors il y a de grandes chances pour que ces détails des frustules soient contrôlés génétiquement comme le sont les segments d'un thorax de mouche. Il n'y a alors aucun espoir de trouver des variations sur un nombre significatif d'individus (c'est-à-dire, en excluant les mutants et cas tératologiques divers). Il est donc parfaitement normal que N observateurs trouvent la même valeur.

Pour ma part, la proposition que j'ai faite dans mon précédent message concernait surtout des situations dans lesquelles on mesure des valeurs continues et non discrètes (j'aurais dû le préciser). En mycologie, par exemple, dans le cas des spores, la taille mesurée varie considérablement selon le milieu de montage utilisé,l'état de maturation, la prise en compte des ornementations, les phénomènes de turgescence/plasmolyse, l'efficacité de regonflement (exsiccata) etc. qui sont évidemment absents dans le cas des diatomées (rigides n'est-ce pas ?). De plus la taille finale des spores est sans doute moins finement contrôlée sur le plan génétique, et dépend sans doute beaucoup du contexte (état physiologique de la baside, de l'asque, etc.). Bref, en l'absence de toutes ces infos, les dimensions données dans les livres n'offrent aucun moyen objectif de considérer que l'on a les mêmes valeurs. Il faut alors comparer les données brutes avec d'autres personnes.

Tu vois donc pourquoi je parlais vraiment d'approche statistique et de rattachement des données brutes à une loi probabiliste. Dans le cas de valeurs discrètes, qui plus est sur des structures rigides, je crois qu'en effet la situation est moins problématique. J'imagine qu'il est alors indispensable de se doter d'un objectif à forte ON afin d'augmenter le pouvoir de résolution et/ou accentuer les contrastes (Nomarski peut-être ?).

Cordialement,
Eddy

[André]

Re Eddy

Pour illustrer le comptage des stries des diatomées voici un exemple : viewtopic.php?f=90&t=616
Ce comptage se fait toujours pour une longueur donnée....

[Christian]

Re Eddy,

Dans le cas de valeurs discrètes, qui plus est sur des structures rigides, je crois qu'en effet la situation est moins problématique.

C'est bien pour ceci que les diatomées sont plus fiables pour vérifier un système d'étalonnage, par recoupements.
A mon avis, des spores qui gonflent ou se rétractent ne sont pas franchement adaptées, même avec des statistiques poussées …

[Eddy]

Re !

Pour illustrer le comptage des stries des diatomées voici un exemple : viewtopic.php?f=90&t=616

Merci pour le lien. Cela confirme mon idée : c'est très précis et, surtout, on est dans le domaine du discret. La forme des frustules et leurs « décorations » sont probablement finement contrôlées au niveau génétique (indirectement au niveau de la sécrétion ?). D'où, sans doute, le fait qu'il n'est pas utile de refaire les mesures sur des dizaines de diatomées d'une même espèce avant d'être sûr.

J'en reviens donc à ce que je disais pour les spores et d'autres domaines en général : la situation est différente et les données brutes sont les bienvenues pour faire des statistiques et vérifier qu'on a bien des gammes de mesures compatibles (ou des systèmes de mesure fiables).

Cordialement,
Eddy

[baguette]

J'en reviens donc à ce que je disais pour les spores et d'autres domaines en général : la situation est différente et les données brutes sont les bienvenues pour faire des statistiques et vérifier qu'on a bien des gammes de mesures compatibles (ou des systèmes de mesure fiables).Eddy

Je démarre mon cours de statistique par deux phrases :

- Messieurs, la statistique est la science qui permet de plonger une main dans l'eau bouillante et l'autre main dans l'eau glacée pour dire que : en moyenne, on se sent bien !

- Dans la vie Messieurs, il y a des menteurs, de grands menteurs et enfin de très grands menteurs, au-delà n'existent que les statisticiens.

[Eddy]

Bonjour le forum !

Je démarre mon cours de statistique par deux phrases :
- Messieurs, la statistique est la science qui permet de plonger une main dans l'eau bouillante et l'autre main dans l'eau glacée pour dire que : en moyenne, on se sent bien !
- Dans la vie Messieurs, il y a des menteurs, de grands menteurs et enfin de très grands menteurs, au-delà n'existent que les statisticiens.

Il ne t'aura sans doute pas échappé qu'il n'était bien évidemment pas question de statistiques descriptives dans mon message, ainsi que dans les précédents. En parlant de statistiques, je songeais plutôt à une analyse statistique. Pour aller au fond de ma pensée, cela consiste à :

1. Tester l'adéquation de mes données brutes avec une distribution normale (test de Shapiro-Wilk)
2.1 Si 1. vérifié, tester l'homogénéité des variances (test de Bartlett)
2.2 Si 1. non vérifié, se tourner vers un test non paramétrique (Kruskal-Wallis)
3.1 Si 2. vérifié, tout va pour le mieux, on peut utiliser un test paramétrique (ANOVA)
3.2 Si 2. non vérifié, tant pis, test non paramétrique (Kruskal-Wallis)
4. Test post-hoc paramétrique (Tukey) ou non paramétrique (Nemeyi) selon le test précédemment choisi.

Toutes ces étapes ayant pour principal but de déterminer si deux échantillons peuvent être raisonnablement considérés comme appartenant à une même population, étant donné un risque d'erreur connu (5% ou 1% le plus souvent). Le tout est fait avec un logiciel libre (encore un ) que vous connaissez/utilisez peut-être sur le forum : R (http://www.r-project.org/).

À quoi bon s'embêter avec tout ça quand on fait juste des photos en amateur ? Je reviens à ma première idée. Cela peut servir à contrôler un dispositif de mesure, dès lors que N observateurs mesurent un échantillon suffisamment étendu d'une structure donnée (plus variable qu'une diatomée !) dans les mêmes conditions de montage et d'observation. Cela sert aussi à conforter l'idée plus ou moins intuitive (souvent source d'erreurs) que l'on se fait des variations négligeables vs. conséquentes.

Cordialement,
Eddy