Le Naturaliste

C'est pas gagné:je n'ai pas de microtome,j'ai un mauvais microscope de chez Lidl, un appareil photo 2Mpixels,et je ne sais pas faire les compositage de photos.Alors voilà,ceci explique ceci:



Microscope Bresser Biolux Lidl -Canon A60 2Mpixels

Je sais...je devrais pouvoir encore m'améliorer,mais tout de même,je me suis étonné en arrivant à faire une coupe si fine avec mes lames de rasoir,et dès la première en plus!L'image était très esthétique à l'oculaire avec ces couleurs (pas de coloration,couleurs naturelles).
Je crois que je viens de me trouver un sujet d'étude bien interressant avec ces coupes de végétaux!

Alain13 : C'est quoi "le compositage", empiler les photos pour gagné de la profondeur

Dans ce cas je peux te le faire mais faudrais que tu fixe dabord ton boitier au micro sinon c'est pas gagné

Bonjour Alain et Michel,

Alain répondra mieux que moi mais je pense qu'il parlait de "mosaïque" ou "assemblage" d'images … (ce que propose par exemple PhotoStitch)
C'est très pratique avec les coupes végétales car on arrive rarement à les photographier entières avec un obj. micro.
(pour H.Focus et CZ on parle en général de logiciels de déconvolution, ou encore comme disais Michel d'empilage, mais c'est en principe inutile en histologie (classique) puisque l'on cherche une coupe la plus mince possible !)

Alain13 a écrit :Je crois que je viens de me trouver un sujet d'étude bien interressant avec ces coupes de végétaux!

Pour sûr, l'histologie végétale est un sujet passionnant !
Pour ma part j'aime beaucoup le côté manuel de cette discipline. Cela ne demande pas trop de matériel pour débuter et les observations sont assez rapidement gratifiantes.

Si tu croches, je te conseil fortement l'Atlas de la structure des plantes, de A.Speranza et G-L. Calzoni, éd. Bélin.
On le trouve facilement par correspondance pour pas trop cher (amazon et consort)
Ensuite il faudrait l'accompagner d'autres ouvrages sur la botanique, mais on peut aussi s'en sortir avec les livres téléchargeables gratuitement, les sites et les forums …

Pour ta coupe et ton observation, c'est un très bon départ (surtout à la main) mais tu devrais nous poster des images plus grandes !
Les cellules méritent d'êtres bien mises en valeur, in ou ex vivo
(pas grave s'il y a du bruit ou des défauts, ça se corrigera plus tard)

As-tu un diaphragme sur ton Biolux ? Si oui il me semble un peu trop fermé …? (ou alors c'est celui de ton A60 ?)
mais l'épaisseur de la coupe est aussi à prendre en considération.

Bonjour Alain 13 ,

Bon début ! , tu vas voir l'histologie végétale c'est un monde passionnant et très varié !

Pour tes coupes tu peux débuter avec un petit montage de deux lames de rasoir ... attention les doigts !!
ci joint ce lien :
http://images.google.fr/imgres?imgurl=h ... r:official

Je te conseille quand même de te procurer un Microtome type Ranvier , tu auras des coupes plus fines et surtout plus régulières.
voir :
chez Jeulin :

http://images.google.fr/imgres?imgurl=h ... l%26sa%3DN

Si tu es un peu bricoleur tu peux fabriquer un microtome avec un tube soudé et une vis pour pousser un cylindre de sureau ou de polystyrène fendu pour tenir le fragment végétal ou de tige . cherche sur le forum il y a beaucoup de réponses et d'exemples - voit le site de Christian très bien documenté et illustré - voir : http://www.microscopie.ch/microscopie/index.php

Il existe aussi des microtome a fixer sur table d'origine indienne qui marchent bien - il faut par contre un rasoir différent de celui qui est fourni !ou le faire aiguiser correctement car leur lame est trop souple.
sur e BAY :
http://cgi.ebay.fr/NEW-HAND-TABLE-MICRO ... 240%3A1309.

après tu pourras te mettre aux colorations.

N'hésite pas a poser toute question sur ce forum on te fera bénéficier de nos essais déboires et erreurs !!

Bon courage et persévérance... cent fois sur le métier.....

@+
Katzen
Ps un petit exemple de résultat avec un peu d'habitude...

Deklik, quand je parle de compositage,je pense plutot au compositage utilisé en astronomie.L'empilement de plusieurs photos issues d'un film ou de plusieurs prises pour renforcer les faibles détails,je ne sais pas si je me fais bien comprendre (je ne l'utilise pas moi même),et surtout si c'est vraiment utilisé en microscopie.J'en ai vu une variante en microscopie ou les images sont prises à différentes mises au point pour que,une fois composité,l'image finale donne du relief,de la profondeur.Je ne m'essaie pas à cette dernière technique,car je sais d'avance que je n'ai pas le matériel adapté.

Christian merci pour tes conseil.Effectivement j'ai posté une image plus petite,cette fois ci,pour essayer de limiter les défauts que l'on avait vu sur mes autres photos.Puis une photo plus grande n'apportait vraiment rien de plus au niveau des détails.
Non,je n'ai pas de diaphragme sur le Biolux .Peux tu me dire quel est le défaut sur l'image qui fait penser à un défaut d'ouverture de diaphragme?La dominance de noir?C'est grâce à vos crtitiques que je parviendrai à avancer,alors n'hésitez pas,je ne me vexerai pas bien au contraire.
Effectivement la coupe devait être épaisse,mais pour moi,débutant dans ce domaine,j'ai cru avoir accompli un exploit,quand,l'oeil à l'oculaire,j'ai vu la lumière traversée la coupe et me révéler la superbe image de ces cellules,et en plus avec de magnifiques couleurs naturelles!Mais je vais persévérer et m'entrainer au maniment des lames de rasoir.

Katzen,oui c'est bien le montage des deux lames de rasoir que j'utilise avec le ruban adhésif pour les séparer .Un microtome type Ranvier sera certainement une prochaine idée cadeau !Quand je vois des images comme celle que tu proposes,c'est très motivant.C'est vraiment beau!

Merci à vous.

Re Alain,

quand je parle de compositage,je pense plutot au compositage utilisé en astronomie.L'empilement de plusieurs photos issues d'un film ou de plusieurs prises pour renforcer les faibles détails,je ne sais pas si je me fais bien comprendre…

D'accord, c'est alors bien "compositage" (améliorer la finesse des détails en empilant des images)
J'ai passablement utilisé ce procédé pour mes photos à la web-cam (à l'aide de CZ et un peu d'Iris).
C'est effectivement une autre approche que la déconvolution. Ici on cherche à améliorer les détails, voir diminuer le bruit mais sur une seule coupe optique.
Avec une web-cam il "suffit" de réaliser un petit clip, d'extraire toutes les images individuellement, puis de lancer le traitement sur la série, ce qui va les empiler et produire à la fin un unique cliché.

Avec un APN (ou RN), je n'en ai plus eu besoin du tout. Surtout avec une source lumineuse assez puissante, ce que les astro ne peuvent pas modifier ! (d'où l'intérêt pour eux de ce genre de traitement).
Parallèlement et comme dit plus haut, je ne pense pas que les déconvolutions (recherche de profondeur de champ) soient très intéressantes en histologie végétale…

Peux tu me dire quel est le défaut sur l'image qui fait penser à un défaut d'ouverture de diaphragme?La dominance de noir?

Oui c'est cela.
Tu dis qu'aux oculaires la lumière passait bien à travers ta coupe; mais la photo est toujours un peu délicate car elle a tendance à augmenter le moindre défaut.
C'est sûr qu'une coupe un peu trop épaisse n'aidera pas.
Tu n'as pas de diaphragme réglable sur ton micro mais je le dis quand même: On a souvent tendance (surtout au début) à trop diaphragmer pour mieux voir les détails. Cela augmente en effet le contraste mais n'est pas terrible pour la photo ! (cela donne justement des zones très sombres et sans détails).
De même, sur ton APN A60, il faut vérifier que le diaph, soit complètement ouvert ! (c'est vérifiable dans l'Exif du fichier image).
Utilises-tu le logiciel de capture de Canon "Zoom Browser EX" ?
(il était fournit avec mon A75)

Merci Christian.Je controlerai en effet l'ouverture.

Avec un APN (ou RN), je n'en ai plus eu besoin du tout. Surtout avec une source lumineuse assez puissante,

Comment faites vous les images avec des RN?J'avais bien compris que celles où l'on retrouvait la profondeur,il s'agissait d'un empilement de photos prises à différentes mises au point;mais pour les images sans profondeur,comme la photo de la coupe de Katzen,est ce une prise unique?

Utilises-tu le logiciel de capture de Canon "Zoom Browser EX" ?

Il était effectivement livré avec l'A60.Je l'utilisais sur mon vieux PC(Windows98) car il permettait aussi de reconnaitre l'apn.Avec le nouveau pc,sous Vista,il est reconnu sans,et comme il ne proposait que des fonctions très basiques,je ne l'utilise plus.