Microbiologie orienté mycélium - bactéries

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Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede guillaume054 » 19 Sep 2018 09:04

Bonjour à tous,

Je viens chercher des conseils concernant la constitution d'un laboratoire, notamment le matériel le plus adapté à ce que je souhaite étudier ( cf. présentation )

Je vais prochainement recevoir mon premier microscope ( Bresser Microscope Researcher Bino 40-1000x ) , en espérant qu'i puisse répondre aux attentes de mes recherches ( du moins au début ).

Ma première interrogation se pose quant à la recherche de lames et lamelles pour y déposer du mycélium ou spores, que dois je prendre exactement ? Et concernant l'observation des micro-organismes du sol, est ce les même lames ou sont elles plus spécifiques ? Peut on aisément les nettoyer pour les réutiliser ? Si oui, avec quel(s) produit(s) ? De même , après le nettoyage, n'y a t'il pas des impuretés qui serait visibles pour les futures observations ?

Ma deuxième question porte sur la possibilité d'observer les micro-organismes du sol. J'ai trouvé sur internet des méthodes pour le faire, mais étant novices, certaines ne sont pas très limpide : j'ai besoin de conseils et que l'on puisse me guide sur ce point. Si une âme généreuse souhaite m'accorder un peu de son temps et de sa patience pour me mettre le pied à l'étrier concernant ces points, cela me seait vraiment bénéfique et encourageant pour la suite.

Je souhaiterais , par la suite, étudier les interactions des différents types de micro-organismes ( isolé, puis mélangé - comme une recette en quelques sortes ) et certains type de mycélium.

Je dispose actuellement de 70 boites de pétri 100 mm /15 mm, testeur PH électronique, boite à inoculation, autoclave, seringue stérile, masque , gants, SHA, de quoi préparer des géloses PDA, MYA et des cultures liquides ( à base de glucose - fructose ( sirop ) ).

Aucune autre verrerie de laboratoire, cependant je recherche à m'équiper de tube à essai, anse d'ensemencement, erlenmeyer à col étroit, bécher, lame et lamelles de microscope, bleu de méthylène , violet de gentiane phénique, lugol , alcool à 95 % , saframine ( ces derniers éléments me serviraient pour l'observation des micro-organismes du sol ).

N'hésitez pas à me faire part de tout ce qui pourrait me permettre d'avancer sur le chemin que je souhaite fouler, le but étant que l'on puisse s'enrichir mutuellement et que l'échange soit constructif.

Au plaisir d'avoir un premier échanger ensemble.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Maraussan » 19 Sep 2018 09:46

Bonjour à tous,

Guillaume, je crains hélas que ce labo d'amateur ne permette en aucun cas d'isoler et identifier les bactéries. On travaille au minimum avec un séquenceur d'ADN, une équipe, et toutes autres choses qu'un Bresser premier prix.
D'autres membres te le confirmeront. J'en suis bien désolé.

Étonnant, mais c'est un laboratoire de biologie moderne...
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_seque ... 080968.jpg

Quel est en fait ta profession et ton niveau d'études ?
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede 6le20 » 19 Sep 2018 12:19

Juste pour garder un oeil sur le fil... :mrgreen:
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede guillaume054 » 19 Sep 2018 14:22

Merci pour ta réponse Maraussan, je me doutais bien qu'un séquenceur DNA serait fortement utile. Malheureusement , même l'INRA près de chez moi n'est pas équiper de ce type de matériel.

En revanche, j'ai trouvé de la documentation ( cf http://acces.ens-lyon.fr/acces/thematiq ... activite-1 ) qui me permettrait d'avoir un premier aperçu de la vie microbienne du sol.

Aussi, si je m'intéresse à tout ceci , c'est pour apporter des améliorations dans mes cultures ( cf : j'en parle dans mon post de présentation ainsi que de mon parcours).

Je souhaiterais déjà me familiariser avec le microscope qui arrivera d'ici quelques jours, le reste se fera étapes par étapes ou ne se concrétisera peut être jamais.

Y a t'il des personnes qui travaillent là dessus sur la forum ? Qui ont de tels équipements pour le faire ?
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Maraussan » 19 Sep 2018 15:15

Bonjour à tous,

Guillaume :
J'ai pu me procurer de la littérature scientifique sur le sujet où certaines bactéries apparaissent comme jouant un rôle clé dans le développement de la morille.
Ce sont ces bactéries qui m'intéresse en priorité !


Merci quant à ta présentation, et les éclaircissements quant à ton projet.
La conduite d'une expérimentation comporte autant d'aspects hautement théoriques, que d'aspects bassement pragmatiques. Dans ton cas, il est vraisemblable qu'une bactérie (ou un groupe de bactéries) bien spécifique est utile ou indispensable à la croissance du mycélium de la morille. Ne peux-tu pas récolter au pied d'un frêne de cette terre ensemencée ? Ou sur une morille fraiche ?

Nos amis suisses (bonjour, bonjour) de l'Université de Neuchâtel y font allusion :
La morille est une ruche à bactéries.
Les biologistes de l’université de Neuchâtel ont découvert les schtroumpfs paysans. Du moins, ils ont compris comment les champignons cultivent les bactéries pour se nourrir et développer leur fruit, que nous mangeons à notre tour. Ce phénomène a été observé sur des morilles, car leurs réserves de nourriture y deviennent bien visibles. Cela, pour comprendre ce qui se passe vraiment, il faut de bons yeux et une lumière bleue, un solarium à schtroumpfs en quelque sorte!

http://www.canalalpha.ch/actu/la-morill ... bacteries/

Bonne chance, bon courage à toi.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede guillaume054 » 19 Sep 2018 16:08

Merci à toi Maraussan, je n'avais pas vu cette vidéo !!

As tu des informations supplémentaires concernant ce genre d'observation ? Penses tu qu'avec le matériel ( microscope notamment ) que j'ai, je pourrais m'essayer à ce types d'obesrvations ? Si non, que me faudrait il ?

Ils sont volontairement évasif dans leurs descriptions....dans ce domaine, plus rien ne m'étonne !

Les souches qui vont m'être disponible ne proviennent pas de France, donc je suis dans l'incapacité de ramasser la terre ayant servie à leur développement. En revanche, je peux prendre de l'humus forestier ( je suis de Lorraine ) et d'autres types de terres pour faire des expérimentations.

Je continue mes recherches de mon coté et te remercie encore une fois pour le partage.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Bernard-J » 19 Sep 2018 17:51

Bonjour,
Bon, le ciel s’éclaircit gentiment....

Guillaume, quand tu as mentionné la culture de morille et que le rendement baisse après quelques années, j'ai pensé que tu étais un de ceux-là...ou un concurrent.... :
https://wikiagri.fr/articles/les-pionni ... illes/8879
https://francemorilles.com/fr/3-mode-d-emploi

Oui, il existe des interactions très complexes entre les bactéries du sol et les champignons. Le mycélium des morilles va permettre à certaines bactéries mobiles de se déplacer dans les hétérogénéités du sol, de se disséminer - les hyphes constituant des autoroutes pour ces bactéries. Elles profitent aussi en même temps des exsudats produits par les hyphes. Les sécrétions de certaines bactéries associées aux hyphes vont aider l'induction de sclérotes. Il serait donc utile d'augmenter le nombre de sclérotes puisqu'ils sont à l'origine des fructifications.

Des chercheurs de l'Uni de Neuchâtel ont publié des super-travaux sur ce sujet, par ex. ici en anglais:
http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/do ... 1&type=pdf
https://www.unine.ch/lamun/home/researc ... hways.html

La bactéries qui induisaient les sclérotes était un Pseudomonas putida. Mais attention, n'importe quel P. putida ne va pas fonctionner, il faudrait isoler le mycelium de tes morilles et isoler ensuite les bactéries qui sont collées sur ce mycélium,.. trop compliqué à expliquer en détail.. et il ne faut jamais oublier que ce qui se passe dans une boîte de Petri est souvent très loin d'un environnement naturel.

Merci ALAIN :D pour cette vidéo de canal-alpha que je ne connaissais pas non plus, et pour la pub. Je devrais regarder plus souvent la télé locale...

Voici en bonus des colonies sur boîtes de Petri que j'avais pu récupérer provenant de ces études avec les photos au MO des myceliums.
Morchella spp-BdP-500px.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Morchella spp-BdP-500px.jpg (46.68 Kio) Vu 2049 fois

Morchella-mycelium.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Morchella-mycelium.jpg (37.47 Kio) Vu 2046 fois
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Maraussan » 19 Sep 2018 18:00

Bonjour à tous,
la culture de la morille fait fantasmer plus d'un depuis des décennies, aux vues du prix du kilo, et du nombre d'amateurs (j'en suis).

Déjà, en 1993, on trouve :
Journal of Plant Physiology
Volume 141, Issue 1, January 1993, Pages 12-17
Synthesis of two types of association between Morchella esculenta and Picea abies under controlled culture conditions, F.Buscot.

Morels can grove as saprophytes, but in association with trees, they form sclerotia around mature roots and ectomycorrhizas with rootlets. A Petri dish culture system was used to test the influence of nutritive, physical and biological factors on the association between Morchella esculenta and Picea abies. Reduced levels of nitrogen and phosphorus, active carbon, CaCO3, pH and temperature did not appear to be primary releasing factors for the establishment of any kind of association. A precultivation of the morel mycelium on an extremely goor medium promoted formation of sclerotia around mature roots of the spruce. This sclerotia formation was enhanced when the inoculated plantlets were already mycorrhized with Laccaria amethystina. Furthermore, a premycorrhizal stage could also be obtained when the morel mycelium was precultivated on a special medium stimulating the development of a bacterium which can be isolated from morel ascospores and apparently helps the fungus for mycorrhization.
Suite sur 5 pages...


On connait donc les arbres, les mycéliums, et certaines des bactéries.
On sait qu'il faut des sucres, dont glucose et fructose, des amines, on connait le pH...

Reste qu'en déversant une culture de bacilles sur le mycélium introduit au préalable au pied d'arbres ne donne rien.
C'est infiniment plus complexe. Toute la nature ne peut rentrer dans un Erlenmeyer.
On n'a donc pas encore reconstitué un milieu artificiel auto-stable pour Morchella, à la différence de Agaricus bisporus. De plus, les rendements sont fort médiocres (quelques morilles au mètre-carré). La morille espèce invasive n'est pas en apparence pour demain.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede 6le20 » 20 Sep 2018 07:51

Bonjour à tous !

Maraussan a écrit:On n'a donc pas encore reconstitué un milieu artificiel auto-stable pour Morchella, à la différence de Agaricus bisporus. De plus, les rendements sont fort médiocres (quelques morilles au mètre-carré). La morille espèce invasive n'est pas en apparence pour demain.


Dans les années 70, dans le bordelais, de façon totalement empirique, j'ai rencontré des gens qui faisaient pousser des morille dans un coin de leur jardin... Ils créaient un milieux artificiel stable, puisqu'ils en avaient tous les ans, en mélangeant des débris de plâtre à des fragment d'écorce de conifères locaux dans un coin à l'ombre. Le terrain étant plutôt sableux...
J'ai vu cela en fin d'été, et ils m'ont montré des photographies de leur tas de gravats au printemps avec les morilles...
Je ne l'ai jamais oublié, mais je n'ai jamais été assez stable pour tenter l'expérience moi-même... :mrgreen:
Amicalement

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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Maraussan » 20 Sep 2018 08:43

Bonjour à tous,

Je connais ces expérimentations, je fais parti de ceux qui ici et ailleurs tentèrent l'expérience (le trou, le papier journal ou autre, et ceci, et cela), et qui ne récoltèrent jamais rien. Et réessayèrent d'autres variantes, en vain. La conclusion qui s'impose à priori est que ceux qui réussirent disposaient d'un terrain possédant certaines propriétés. On est donc pas sur un milieu artificiel auto-stable et exportable, mais sur un milieu naturel fixe favorable.

Quant à acheter (et racheter en permanence) des kits de culture professionnel ensemencés, cela démontre que le truc qui marche n'est pas dans le terrain, mais dans le kit. On en revient à ce que recherche Guillaume, c'est à dire quel est le truc du kit, en clair et compréhensible pour tous...
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