Macro au microscope

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Re: Macro au microscope

Messagede 6le20 » 24 Jan 2018 18:00

Bonjour à tous !

Histoire d’une zédification ratée !

En bordure d’un champ de blé, j’ai trouvé, en janvier, une plante à fleurs minuscules, Veronica hederifolia (la Véronique à feuilles de lierre), sur laquelle je reviendrai en collection. L’occasion pour moi de tester la macro au micro sur le vif !


Premier essai : craignant une déshydratation rapide, j’ai laissé le rameau tel quel, tout feuillu… Mauvaise idée, car les ombres portées et ma respiration induisent un résultat pour le moins raté. [x4, zédification de 84 images]
Veronica hederifolia-31a 84-LG.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Veronica hederifolia-31a 84-LG.jpg (175.68 Kio) Vu 1911 fois



Pour ce second essai, j’ai déshabillé la fleur à coup de ciseaux et je l'ai fixée sur de la patafix. J’ai mis autour un cylindre de papier blanc scotché (merci Janusz) avec mes deux lampes Jangmachin : le résultat est bien meilleur… mais le cadrage un peu raté. La dimension limite de la fleur aurait justifié un panoramique…[x4, zédification de 56 images]
Veronica hederifolia-31b 56-LG.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Veronica hederifolia-31b 56-LG.jpg (186.56 Kio) Vu 1911 fois



Pour mon troisième essai, j’ai simplement incliné un peu la fleur pour mieux en voir les organes sexuels : il n’aurait pas fallu grand-chose de plus pour que tous les poils encadre le sujet… [x4, panoramique de 2 vues, zédification de 41 et 44 images]
Veronica hederifolia-33a 44_stitch-LG.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Veronica hederifolia-33a 44_stitch-LG.jpg (257.04 Kio) Vu 1913 fois



Mais comme j’avais l’envie de voir le calice en son entier, avec ses longs poils, j’ai tenté un panoramique de 8 images assemblées (près de 500 clichés)… pour m’apercevoir à la toute fin, qu’il manquait une partie du recouvrement… Damned, encore raté !
Veronica hederifolia-34a-LG.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Veronica hederifolia-34a-LG.jpg (163.82 Kio) Vu 1913 fois


J’ai pris alors les 2 images brutes fournies par ICE et je les ai assemblées à la main… Le résultat n’est pas parfait, mais au moins, l’on peut voir ce que l’on manque… si j’ose dire ! :mrgreen:
Veronica hederifolia-34b 55_stitch-LG.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Veronica hederifolia-34b 55_stitch-LG.jpg (167.09 Kio) Vu 1910 fois



Et pour finir cette séquence de désastres, voici anthères et pistil au grossissement supérieur : un artefact s’est glissé dans la pile et donne la fausse impression d’un troisième anthère (en bas à gauche)…, comme j’ai supprimé et nettoyé la corbeille, impossible de retrouver l’erreur [x100, zédification de 34 images]
Veronica hederifolia-35 34 x100-LG.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Veronica hederifolia-35 34 x100-LG.jpg (185.39 Kio) Vu 1912 fois



En guise de conclusion !
Je voulais savoir si la zédification sur micro-fleurs vivantes était envisageable et, à ce titre, l’expérience est un franc succès. Quand la fleur pousse au pied de votre microscope, c’est jouable ! :D

Par contre cette expérience me montre aussi que la maladie nuit fortement à ma concentration… et sur la qualité finale des images obtenues… Quoi que logique, ce constat est très frustrant et ne me donne pas l’envie de continuer ces expérimentations complexes tant que mon état de santé ne se sera pas amélioré. :grat:
Amicalement

Sylvain
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Re: Macro au microscope

Messagede michelflashman » 24 Jan 2018 19:42

Bonsoir Sylvain

Comme je te l'ai déja dit, tes photos sont excellentes mais !!

J'ai reparcouru l'ensemble de ton sujet et j'ai remarqué un problème récurant sur l'éclairage et cela nuis fortement sur la texture de tes sujets .

Je pense qu'une boite a lumière artisanale serait la bienvenue , mais comme tu utilise la technique du microscope pour faire de la macro , cela complique les choses .

C'est la mon avis naturellement .

Amicalement

ps: sur ton dernier cliché, tu as indiqué X100 ?? n'y a t il pas une erreur .

Michel
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Re: Macro au microscope

Messagede 6le20 » 25 Jan 2018 06:42

Bonjour à tous !

michelflashman a écrit:Bonsoir Sylvain

Comme je te l'ai déja dit, tes photos sont excellentes mais !!

J'ai reparcouru l'ensemble de ton sujet et j'ai remarqué un problème récurant sur l'éclairage et cela nuis fortement sur la texture de tes sujets .
Je pense qu'une boite a lumière artisanale serait la bienvenue , mais comme tu utilise la technique du microscope pour faire de la macro , cela complique les choses .
C'est la mon avis naturellement .

Effectivement je le remarque aussi... :mrgreen:
J'ai beau faire des réglages en amont, je ne parviens pas à "voir"... Entre ce que je vois dans les oculaires et ce qui sort au final, c'est parfois très différent. C'est pourquoi je pense que le plus simple pour apprivoiser ces problèmes de lumière, c'est ta solution de passer par un écran relié à l'APN en hdmi et de tester différents réglages de l'APN et de la lumière. Pour l'instant je donne toujours la priorité aux oculaires et voilà... J'ai récupéré un écran qui devrait faire l'affaire et j'avoue avoir hâte de le tester.
Un des trucs qui me trouble aussi avec l'APN, c'est que l'image affichée que l'écran avant la prise de vue peut être différente de ce qui sort au final. Il y a des compensations automatiques qui n'existaient pas au temps de l'argentique. L'autre avantage évident de faire la mise au point directement sur grand écran, c'est de ne plus contaminer les piles avec des images de "précaution", trop basses ou trop hautes, puisque la parfocalité n'est plus un problème.

Ceci étant dis, le fait que je travaille dans de mauvaises conditions est au final la cause première de cette stagnation. Je compense par l’intérêt des sujets... :mrgreen:


michelflashman a écrit:ps: sur ton dernier cliché, tu as indiqué X100 ?? n'y a t il pas une erreur.

C'est une erreur vis à vis des normes locales, mais c'est mon code perso depuis longtemps, alors pour m'y retrouver je le conserve ; j'indique le grossissement et non l'objectif utilisé. Ensuite en général, je renomme les fichiers en me passant de ce code, puisque j'en conserve le fichier source. Ici, l'image étant ratée, je n'ai pas modifié le dit code qui me dit en clair ; image 35 de la série, stack de 34 vues, grossissement x100, version forum allégée.
Je ne suis pas le seul ici à posséder une codification personnelle pour m'y retrouver, il n'y a qu'à voir les noms de certains fichiers de Gérard Breton par exemple... :D
Amicalement

Sylvain
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Re: Macro au microscope

Messagede André » 25 Jan 2018 08:03

Bonjour à tous, Sylvain

Malgré tes difficultés, je trouve que ces résultats sont vraiment remarquables et progressifs : je pense par exemple aux anthères des premières photos avec leurs grains de pollen et surtout les poils de l'avant dernière !
Le printemps arrive donc !
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Re: Macro au microscope

Messagede Daniel » 25 Jan 2018 10:22

Bonjour Sylvain,
comme André, malgré les difficultés rencontrées, je trouve que ces images sont remarquables.
Il me semble que l'éclairage est déja assez doux et je sais pas donner de conseils pour en changer.
Le 3e essai n'est que cadré un peu serré. Il montre par ailleurs la résolution associée à la profondeur de champ qui sont propres aux zédifications. Les cellules visibles sur les végétaux ne sont pas possibles sans cette technique.
Effectivement, il y a une démonstration de fonctionnement correct de ton matériel sur une plante vivante.
Je suis d'accord avec toi pour dire que la réalisation sur le terrain reste difficile. Le bon compromis est le labo mobile amené à proximité du sujet!

Tes maladresses sont liées à une particularité de la zédification: il est impossible de visualiser le résultat au moment des prises de vue. Ce n'est pas différent aux oculaires et sur écran. Il est difficile de faire une zédification mentale à partir du déplacement de la mise au point. La seule vérification nécessaire est de s'assurer que le début de la pile (la partie du sujet la plus proche de l'objectif) est bien photographié.

Pour éviter tes déboires, je conseille de cadrer large et de conserver l'ensemble des clichés jusqu'à avoir fait la zédification (et mème après, car on peut envisager des progrès qui dans quelques années permettront de mieux exploiter les séries d'images).
Un matériel permettant une variation de grandissement comme l'objectif 1 à 5x MPE65 de Canon, est plus souple pour cadrer plus ou moins large selon le besoin.
Les objectifs de microscope ont l'inconvénient d'être bloqués sur une valeur. Mais en changeant de projectif ou de focale de lentille de tube, on peut faire des adaptations et aussi , en trichant sur le tirage à plus ou moins de 160mm pour les objectifs des séries finies. Le vieil objectif macro, ou l'objectif d'agrandisseur, montés sur soufflet, permettent de la souplesse de grandissement tout en restant à budget plus raisonnable qu'un MPE65. Mais malheureusement, ces vieilles méthodes font en général perdre les automatismes des boitiers récents comme ton lumix panasonic.

Concernant le grandissement, tu as le droit de le coder selon tes normes. C'est vrai que je suis partisan de donner le grandissement sur le capteur qui doit être de l'ordre de 15 à 20x pour la dernière image. ( c'est déja de la forte macro; objectif de microscope 10x ou 20x utilisé?) Mais avec la barre d'échelle que tu as insérée dans les clichés, il n'y a pas d'ambiguité. Elle permet de mesurer le grandissement de cette image sur les écrans. Par exemple, sur mon écran, il est de 160x.
Une autre solution non ambigue est d'associer à l'image la taille du champ photographié comme le font les microminéralogistes avec l'acronyme anglais FOV (field of view).
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Re: Macro au microscope

Messagede Gérard-Breton » 25 Jan 2018 14:40

Bonjour Sylvain, tous,

Sylvain, tu écris : "
Je ne suis pas le seul ici à posséder une codification personnelle pour m'y retrouver, il n'y a qu'à voir les noms de certains fichiers de Gérard Breton par exemple... "

C'est vrai que j'aime bien avoir tous les éléments qui pourront m'être utiles plus tard dans le nom du fichier pour ne pas avoir à recourir aux métadonnées à chaque photo que j'ouvre. Cela suppose d'abréger, sinon, les noms à rallonge sont mal vus par Windows....Et en plus, je suis assez pataud avec les métadonnées et ne cherche pas à guérir de cette patauderie.
Ta remarque me ramène en mémoire une anecdote. Tu sais que j'ai été -dans une vie antérieure- directeur d'un Muséum d'Histoire Naturelle. Un jour, dans une réunion de professionnels, je me suis fait tomber dessus à bras raccourcis par les collègues parce que j'avais osé dire que je préférais une bonne étiquette bien détaillé et documentée sans le spécimen, plutôt qu'un très beau spécimen sans étiquette.
C'est un peu la même chose.
Cela dit, tes photos sont super, moi aussi j'envisage de passer à une gestion de la prise de vues macro-microphotos par un écran d'ordinateur, mais la procrastination aidant, j'ai encore les yeux au viseur photo ou à l'oculaire du microscope, heureusement que tout est parfocal !
Cpordialement à tous

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Re: Macro au microscope

Messagede michelflashman » 25 Jan 2018 15:56

Bonjour Sylvain

Ah!! Le stacking

Mon exemple , qui n'as rien d'universel .

Je connais parfaitement la profondeur de champs de mes objectifs
Exemple X40 = 1,9 microns
Le pas d'avancement de la vis micrometrique du BX50 , 1 microns.
Je fais une premire mise qu point sur le plus bas de mon sujet, je note la graduation , je refais une mise au point au plus haut de mon sujet et je trouve le nombre de graduations nécessaire a la vis micrometrique pour couvrir le sujet.
Mettons 42 ! Donc il me faut avancer la vis micrometrique de 42 graduations pour pas de staking avec un recouvrement de 1 pour 1,9 microns donc tres confortable .
J'ai automatiser le declenchement du boitier photo, tu as certainement dans ton boitier un intervallometre qui permet d'automatiser le nombre de declenchements avec un reglage de la temporisation en chaque clichés.
Ou, une telecommande Lumix qui permet de bloquer l'obturation en mode rafale, tu regle la cadence de la rafale dans le boitier . Mettons 1 im/seconde. Cela te laise largement de temps de tourner la micrometrique.
Pour demarrer, je refais une mise au point le plus bas, je declenche le telecommande, et je tourne pas a pas la mise au point, (plus besoins de regarder dans les oculaires !!) Jusqu'a la mise au point au plus haut.
Il m'arrive, quand le pas est grand , 4X par exemple, d'enrouler une ficelle sur la vis micro... et je tire entre deux prises de vues .
Parfois, un autocollants blancs sert de reperts sur la vis micro.
Si tu a bien compter le pas, cela s’arrête tout seul !! Et c'est farpait !!! . :lol: :lol:
En plus , en camion moi aussi !!!, la manœuvre est beaucoup plus stable , tu a juste a te caler sur la vis micro !!
Et le bonheur est dans la boite !!! A photos

Ps je trouve ta methode un peu empirique au niveau des X ecran , je possède un 24 pouces, une tablette , un smartphone ????? En plus zoom et recadrage interdit !!! :o :o :o
En plus , tu poste ce cliché et donc chacun en fonction de la taille de son écran voit quoi ? :(

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Re: Macro au microscope

Messagede 6le20 » 26 Jan 2018 07:25

Bonjour à tous et merci de vos retours !

Déjà j'ai des Draba verna dans le collimateur... le printemps approche !

michelflashman a écrit:Ps je trouve ta methode un peu empirique au niveau des X ecran , je possède un 24 pouces, une tablette , un smartphone ????? En plus zoom et recadrage interdit !!! :o :o :o
En plus , tu poste ce cliché et donc chacun en fonction de la taille de son écran voit quoi ? :(

Euhhh..., je suppose que tu t'adresses à Daniel ! :mrgreen:
Amicalement

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Re: Macro au microscope

Messagede André » 26 Jan 2018 09:46

Bonjour à tous, Sylvain

Chez moi , les Draba sont également prêtes à fleurir, ce qui est habituel pour janvier.
J'ai également rencontré Erodium cicutarium en fleur dans les vignes...
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Re: Macro au microscope

Messagede Daniel » 26 Jan 2018 10:15

Bonjour à tous,
6le20 a écrit: Ici, l'image étant ratée, je n'ai pas modifié le dit code qui me dit en clair ; image 35 de la série, stack de 34 vues, grossissement x100, version forum allégée.

michelflashman a écrit:Ps je trouve ta methode un peu empirique au niveau des X ecran , je possède un 24 pouces, une tablette , un smartphone ????? En plus zoom et recadrage interdit !!! :o :o :o
En plus , tu poste ce cliché et donc chacun en fonction de la taille de son écran voit quoi ? :(

Sylvain et Michel,
A priori, Michel s'adressait à Sylvain, et ne faisait que rappeler qu'afficher "100x" dans un titre d'image est dépourvu de sens sans des précisions sur le mode de calcul de cette valeur: grossissement équivalent? grandissement sur capteur ? grandissement sur un écran "standard"? objectif utilisé?

La dernière image de Sylvain, qu'il annonce "x100" est heureusement accompagnée d'une barre d'échelle.
Cette méthode est à recommander car elle seule permet des calculs pour passer d'un mode de représentation à un autre.
Je reprends mes calculs de grandissement sur capteur et sur mon écran pour les expliquer.
Les données sont:
taille image sur mon écran 215x290mm
taille barre d'échelle de 1mm sur mon écran: 167mm

Je rectifie le grandissement sur capteur car j'avais oublié que Le panasonic G5 de Sylvain est un appareil µ4/3 MFT (pas APS), donc son capteur mesure 12x18mm
grandissement sur capteur = 12 x (167/215) = 9,3x
On est proche de 10x. Je suppose que c'est un objectif de 10x qui a été utilisé avec un tirage plus faible que les 160mm nominaux? Est ce bien cela Sylvain?

Pour le grandissement sur mon écran, on a toujours:
grandissement sur mon écran = 167/1 = 167x
(mais il suffit de changer d'écran ou de valeur de zoom d'affichage écran pour avoir une autre valeur de grandissement à l'écran...)

Cette discussion montre bien les ambiguïtés liées à une valeur de grandissement en numérique ou on n'a pas une taille de pellicule de référence, ni une taille de tirage sur papier fixe.
La solution est d'abandonner la référence grossissement ou grandissement et de la remplacer par une référence taille du champ (fov des anglophones).

Cela me chagrine car toutes les références anciennes à commencer par la définition de la photomacrographie ( >1x )sont basées sur le grandissement sur la pellicule 24x36.
Mais il est difficile de s'en tirer autrement avec un système numérique à capteurs et à afficheurs variables.
( les observations d'élèves au microscope montrent un obstacle similaire avec la notion de grossissement. Les élèves n'ont que rarement une idée de ce que signifie "grossissement 40x" par exemple avant d'avoir vu à l'oeil nu le champ couvert à ce grossissement (objectif 4x et oculaire 10x) au microscope! )

André,
je vais aller voir les gagées qui fleurissent dès février en Ardèche habituellement, mais pas tout de suite car il pleut fort actuellement!!!
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