Myxomycètes : aide à la traduction


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Myxomycètes : aide à la traduction

Messagede 6le20 » 20 Jan 2017 10:30

Bonjour à tous

suite à mon sujet "une observation énigmatique" et aux propos de Bernard J. :
Bernard-J a écrit:Pour en revenir au plasmode de Myxo, ce serait vraiment super d'essayer. Je n'ai vu aucune photo de noyaux de plasmode de myxo sur la toile.

j'ai fait quelques recherche sur la toile et j'ai découvert ce site donnant des explications détaillées des différents états des cellules du plasmode, dont les formes de résistances qu'elles adoptent lorsque les conditions de milieu deviennent défavorables.

jugeant le sujet passionnant, j'ai entrepris de traduire les premiers chapitres mais je rencontre des difficultés avec certains termes (d'autant que mes connaissances à ce niveau cellulaire sont loin d'être à la hauteur !) :
Slime molds = moisissures « baveuses » ?
uninucelate = unincilées ?
microcyst = micro-kyste ?
uninucelate = ???
protoplaste = protoplasme ?
swarm cells = Cellules d'essaim ???
etc...

Voici mon essai (mes doutes et interrogations sont signalés par des ?):

Phylum: Myxomycota (Plasmodial Slime Molds)

Il y a environ 900 espèces d'organismes qui sont classés dans le groupe super Amoeboza. Parmi ceux-ci, il y a trois groupes d'organismes qui sont classés comme des moisissures « baveuses » qui ne sont pas étroitement liés les uns aux autres. Ces groupes comprennent les moisissures cellulaires, les moisissures nettes et les moisissures plasmodiales. Parmi celles-ci, nous ne considérerons que ce dernier groupe.

Il existe environ 850 espèces de moisissures plasmodiales. On les trouve sur un sol humide, en décomposition du bois et du fumier. Une des caractéristiques intéressantes de ce groupe d'organismes est leur distribution. Bien que les espèces d'autres organismes varient dans différentes localités géographiques, c'est-à-dire que vous ne trouvez pas la même espèce de plantes et d'animaux sur le continent que vous trouvez en Hawaï, cela n'est généralement pas vrai des Myxomycota. La plupart des espèces peuvent être trouvées dans le monde entier.

Les moisissures plasmodiales sont dites en raison de leur stade assimilatif plasmodium (pl. = Plasmodia). Cette étape se compose généralement d'une grande structure en forme d'éventail composée de tubules ramifiés de protoplasme qui se nourrit principalement de bactéries, mais qui est également connu pour consommer d'autres microorganismes et des débris végétaux et animaux. Cette étape n'a pas de paroi cellulaire et, à mesure qu'elle pousse, les noyaux diploïdes se divisent, de façon synchrone, par mitose sans cytokinèse. Ainsi, le plasmodium est essentiellement une grande masse de protoplasme dénudée unicellulairement. Bien que l'on puisse observer que le plasmodium se nourrit de matière organique particulaire, il peut également croître, in vitro, sur une matière organique dissoute, sur un milieu de gélose en absorbant des nutriments dans la gélose. Le plasmodium ingère du matériel alimentaire en particules lorsqu'il migre en se prolongeant autour de la particule alimentaire. Une fois que le protoplasme a enfermé le matériel, une membrane cellulaire, la vacuole alimentaire le sépare du reste du protoplasme et des enzymes hydrolytiques sont libérés qui vont digérer les aliments. Les déchets restent dans la vacuole et sont ensuite libérés du plasmodium. Le processus par lequel ce type d'ingestion se produit est appelé phagocytose. Une deuxième phase d'assimilation haploïde, l'amibe (pl. = Amibes), se produit également dans le cycle de vie des moisissures plasmodiales. Sa caractéristique diffère principalement de la taille du stade plasmodium. Il diffère surtout en étant microscopique et unicellulaire avec un seul noyau. Comme son homologue géant, il ingère également des aliments via le processus de phagocytose. Ce processus est très différent de l'absorption, le mode de nutrition observé dans les champignons. D'autres caractéristiques qui sont absentes est le manque de la paroi cellulaire dans le stade assimilatif et le manque de stade de mycélium et de levure. Les Myxomycota ont été initialement classés comme champignons parce qu'ils se reproduisent par des spores qui sont produites dans les sporanges. Cette classification a été faite à une époque où les champignons étaient plus largement définis.

Bien que le stade amibe soit commun à tous les amibes, ce n'est pas un indicateur de relation. Le stade de l'amibe a évolué plusieurs fois et peut également être trouvé aussi bien dans d'autres super groupes.
Le cycle de vie de Myxomycota variera selon les espèces, mais la plupart des recherches ont été effectuées avec Physarum polycephalum et seront utilisées comme représentants de Myxomycota.

Cycle de vie des myxomycètes
Germination des spores, amibes et cellules de l'essaim
Les spores de myxomycètes sont haploïdes et sont normalement globuleuses et non unincilées (uninucelate ?). La surface des spores peut varier de presque lisse à épineuse. Les spores de P. polycephalum sont épineuses (figure 1). La paroi de spores est composée principalement de cellulose et n'est qu'un des deux stades où une paroi cellulaire est formée. L'autre stade qui forme une paroi cellulaire est le micro-kyste (microcyst ?), qui est discuté ci-dessous. Lors de la germination, la spore se fissure et libère une seule amibe uninucelate ( ?) (figure 2). Les amibes augmenteront en nombre, de façon asexuée, car elles se nourrissent et se reproduisent par mitose et division cellulaire.

Ce stade de l'amibe peut continuer à proliférer pendant une période indéfinie s'il y a des nutriments disponibles et que l'environnement reste favorable. Le stade de l'amibe peut également varier selon l'environnement. Lorsque l'eau libre est disponible, l'amibe est capable de se convertir en cellules flagellées en essaim (Fig. 4-5), une forme plus appropriée à l'eau. Dans un environnement plus sec, la forme amibe est présente. Pendant des périodes de conditions défavorables, le protoplasme (protoplaste ?) de l'amibe ou de la cellule en argile peut s'arrondir et former une mince couche protectrice de cellulose autour de lui-même, appelée le micro-kyst (microcyst ?) (Fig. 6), qui le protégera du milieu hostile. Quand les conditions favorables reviennent, l'amibe émerge du micro-kyste (microcyst).

Figure 1: Spores de Physarum polycephalum :
Fig 1-Physarum spore.jpg
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Figure 2: Germination des spores de Physarum polycephalum :
Fig 2-Physarum_Spore_Germination.jpg
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Figure 3: Une paire d'amibes, en contraste de phase. Cette étape peut servir d'étape d'assimilation, ainsi bien de gamètes lors de la reproduction sexuée. (je ne comprends pas ???) :
Fig 3-Physarum_amoeba.jpg
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Figure 4: Cellule en essaim (swarm ?) avec un flagelle visible, en contraste de phase. Lorsqu'elle est immergée dans l'eau, l'amibe se transforme en cellule d’essaim (swarm ?) :
Fig 4-Swarm_Cells2.jpg
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Figure 5: Plusieurs cellules d'essaims (swarm ?), en contraste de phase. Flagelle non visible :
Fig 5-Swarm_Cells1.jpg
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Figure 6: Formes de micro-kystes (microcystes ?) résistants dans des conditions défavorables :
Fig 6-Microcyst.jpg
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Formation de Zygote et Plasmodium

Après une période de temps, quand un nombre critique de cellules d'essaim (swarm ?), ou d'amibes sont formées, la reproduction sexuelle se produira et ces stades assimilatifs fonctionneront également comme des gamètes. Chez P. polycephalum, ce sont les cellules d’essaims (swarm ?), qui agissent normalement comme des gamètes. Cependant, les amibes dérivées de la même population, sont habituellement stériles. Pour que la syngamie se produise, les gamètes doivent être dérivés d'une population d'amibes différente, et être d'une souche d'accouplement différente. Par convention, différentes souches d'accouplement sont désignées par 1, a 2, a 3, etc. et la syngamie se produira lorsque des amibes de différentes souches d'accouplement se rejoignent, par exemple 1 X a 2 , a 1 X a 3 , etc. Une fois que la syngamie se produit, le zygote se forme. Le zygote subit de nombreuses divisions mitotiques pour former le grand plasmodium multinuclés. Les myxomycètes sont également communément appelés plasmodes acellulaires parce que le plasmodium (figures 7-8) est essentiellement une grande cellule multinucléée unique. Comme c'est le cas dans le stade amibes, le plasmodium est aussi un stade assimilatif qui consomme des aliments par phagocytose. L'aspect du plasmodium est variable. Chez P. polycephalum (figure 7), il est jaune vif, tandis que chez Didymium iridis (figure 8), il est incolore.

Pendant des périodes de conditions défavorables pour le plasmodium, une couche protectrice et fragile s'entoure et devient dormante. Ce stade dormant est appelé sclérotium (???) (figure 9), et s'il est observé sous le microscope, on peut observer qu'il est composé d'un certain nombre d'unités multinucléées plus petites appelées macro-kystes (macrocyste ?) (figure 10). Lors du retour de conditions favorables, chaque macro-kyste (macrocyste ?) peut donner naissance à un nouveau plasmodium.

Figure 7: Plasmodium jaune clair de P. polycephalum :
Fig 7-P_polycephalum_plasmodium.jpg
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Figure 8: Plasmodium incolore de D. iridis :
Fig 8-D_iridis_plasmodium.jpg
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Figure 9: Le plasmodium devient dormant, formant un sclérotium lorsque les conditions deviennent défavorables :
Fig 9-P_polycephalum_sclerotium.jpg
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Figure 10: Section à travers le sclérotium montrant qu'il est effectivement composé de plus petites unités appelées macro-kystes (macrocyste ?) :
Fig 10-Macrocysts.jpg
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Fichiers joints
Fig 7-P_polycephalum_plasmodium.jpg
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Fig 7-P_polycephalum_plasmodium.jpg
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Amicalement

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Re: Myxomycètes : aide à la traduction

Messagede Bernard-J » 21 Jan 2017 13:56

Bonjour Sylvain, tous,
Ouf,.. gros boulot ! :prost:

microcyst = micro-kyste ?
Microkyste ou microcyste, cela doit être kif-kif, le premier vient du grec et le deuxième du latin avec le même sens. Marianne Meyer utilise le mot microcyste pour désigner la cellule provenant d'un enkystement des myxoflagellés.

protoplaste = protoplasme ?
Le protoplasme est le jus cellulaire complet, soit l'ensemble du cytoplasme et des organites.
Le protoplaste est une cellule dont la paroi a été éliminée plus ou moins complètement par un moyen mécanique ou enzymatique et qui est ainsi devenue sphérique.
Dans le cas mentionné, l'amibe perdrait sa membrane cellulosique pour la remplacer par une paroi plus solide, formant un microcyste (ou microkyste).

swarm cells = Cellules d'essaim ???
J'ai lu une fois "cellules nageuses flagellées" . Il s'agit effectivement d'une étape de dissémination mais le terme "nageuses" peut porter à confusion car l'idée derrière "swarming cells" dans ce contexte est aussi un déplacement sur une surface solide humide et non de nager dans l'eau. Le plus simple serait de traduire par myxoflagellés.

Évidemment, s'il y a d'autres opinions, le débat est ouvert !
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Re: Myxomycètes : aide à la traduction

Messagede Bernard-J » 21 Jan 2017 14:02

Oups,.. j'avais oublié une partie.

Slime molds = moisissures « baveuses » ?
slime signifie mucus
Moisissures gélatineuses, mais n'est pas traduit littéralement en français, il faut traduire par Myxomycètes. Ce sont d'ailleurs des protozoaires et non des moisissures. Mais il faut vérifier, vu les récents changements de la taxonomie, c'est devenu plus compliqué.

uninucelate = unincilées ?
Je n'ai vu ce mot que dans quelques articles qui sont copies conformes l'un de l'autre. Je suppose qu'il s'agit d'une faute et qu'il faut lire uninucleate = contenant un seul noyau.
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Re: Myxomycètes : aide à la traduction

Messagede 6le20 » 23 Jan 2017 09:48

Merci Bernard, j'y reviendrais avec un texte réécrit...
Amicalement

Sylvain
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Re: Myxomycètes : aide à la traduction

Messagede 6le20 » 15 Fév 2017 09:05

Bonjour

profitant du mauvais temps et d'une prise électrique complaisante, j'ai repris ce texte, dont voici la nouvelle versions :

Myxomycota et Oomycota

introduction
Ces deux phylums sont maintenant connus pour être éloignés l'un de l'autre et aussi des Fungi. Les Myxomycota sont communément appelés les Myxomycètes, ou Myxos, sont classés dans le super-Groupe Amoebozoa. Les Oomycota sont appelés « moisissures d'eau », en anglais, et sont classés dans le phylum des Stramenopiles, tout comme les algues Bacillariophyta, Chrysophyta et Phaeophyta. Le super-groupe dans lequel ils sont classés a varié, mais a été classé plus récemment dans le Chromalveolata ou SAR (acronyme de Stramenopile, Alveolata et Rhizarias qui constituent ce super-groupe). Les Stramenopiles sont censés former une ligne monophylétique. Comme nous couvrons ces deux phylums, vous serez en mesure de voir qu'ils n'ont pas la combinaison de caractéristiques de ce qui définit le règne des champignons et verrez pourquoi ils ne sont plus classés avec les champignons vrais.

Phylum: Myxomycota (Myxomycètes)

Il y a environ 900 espèces d'organismes qui sont classés dans le groupe super Amoeboza. Parmi ceux-ci, il y a trois groupes d'organismes qui sont classés comme des Myxomycètes qui ne sont pas étroitement liés les uns aux autres. Ces groupes comprennent les moisissures cellulaires, les moisissures vraies et les Myxomycètes. Parmi eux, nous ne considérerons que ce dernier groupe.

Il existe environ 900 espèces de Myxomycètes. On les trouve sur un sol humide, sur le bois en décomposition ou des déjections animales. Une des caractéristiques intéressantes de ce groupe d'organismes est leur distribution. Bien que les espèces d'autres organismes varient dans différentes localités géographiques, c'est-à-dire que vous ne trouvez pas la même espèce de plantes et d'animaux sur le continent que vous trouvez en Hawaï, cela n'est généralement pas vrai des Myxomycètes. La plupart des espèces peuvent se trouver dans le monde entier.

Les Myxomycètes sont appelés, en raison de leur stade assimilatif, plasmode. A cette étape, ils se composent généralement d'une grande structure informe composée de tubules ramifiés de protoplasme qui se nourrit principalement de bactéries, mais qui est également connu pour consommer d'autres microorganismes et des débris végétaux et animaux. A cette étape n'a pas de paroi cellulaire et, à mesure qu'elle croît, les noyaux diploïdes se divisent, de façon synchrone, par mitose sans cytokinèse. Ainsi, le plasmode est essentiellement composé d’une grande masse de protoplasme dénudée à noyaux libres. Bien que l'on puisse observer que le plasmode se nourrit de matière organique particulaire, il peut également croître, in vitro, sur une matière organique dissoute, sur un milieu de gélose en absorbant des nutriments dans la gélose. Le plasmode ingère du matériel alimentaire particulaire lorsqu'il migre en se s’étendant sur et autour de sa nourriture. Une fois que le protoplasme a inclus les particules alimentaires, une membrane cellulaire, la vacuole alimentaire le sépare du reste du protoplasme et des enzymes hydrolytiques sont libérés qui vont digérer les aliments. Les déchets restent dans la vacuole et sont ensuite libérés du plasmode. Le processus par lequel ce type d'ingestion se produit est appelé phagocytose. Une deuxième phase d'assimilation haploïde, l'amibe, se produit également dans le cycle de vie des Myxomycètes. Sa caractéristique diffère principalement par la taille du stade plasmode. Il diffère surtout en étant microscopique et unicellulaire. Comme son homologue géant, il ingère également des aliments via le processus de phagocytose. Ce processus est très différent de l'absorption, le mode de nutrition observé chez les champignons. Autres caractéristiques absentes, l’absence de paroi cellulaire dans le stade assimilatif, l’absence de stade mycélium et levure. Les Myxomycota ont été initialement classés comme champignons parce qu'ils se reproduisent par des spores qui sont produites dans les sporanges. Cette classification a été faite à une époque où les champignons étaient plus largement définis.

Bien que le stade amibe soit commun à toutes les amibes, ce n'est pas un indicateur de relation phyllogénétique. Les formes amibiennes ont évolué plusieurs fois et peuvent se rencontrer dans d'autres super groupes.
Le cycle de vie des myxomycètes variera selon les espèces, mais la plupart des recherches ont été effectuées avec Physarum polycephalum et seront utilisées ici comme représentants des myxomycètes.

Cycle de vie des myxomycètes
Germination des spores, amibes et cellules de l'essaim
Les spores de myxomycètes sont haploïdes et sont normalement globuleuses et ne contiennent qu’un seul noyau. La surface des spores peut varier de presque lisse à épineuse. Les spores de P. polycephalum sont épineuses (figure 1). La paroi de spores est composée principalement de cellulose et n'est qu'un des deux stades où une paroi cellulaire est formée. L'autre stade à paroi cellulaire est le microcyste, dont il est question plus loin. Lors de la germination, la spore se fend et libère une seule amibe avec un seul noyau (figure 2). Les amibes augmenteront en nombre, de façon asexuée, car elles se nourrissent et se reproduisent par mitose par division cellulaire.

Ce stade de l'amibe peut continuer à proliférer pendant une période indéfinie s'il y a des nutriments disponibles et que l'environnement reste favorable. Le stade de l'amibe peut également varier selon l'environnement. Lorsque l'eau libre est disponible, l'amibe est capable de se convertir en cellules flagellées nageuses, ou myxoflagellés, (Fig. 4-5), une forme plus adaptée à l'eau. Dans un environnement plus sec, seule la forme amibe est présente. Pendant des périodes de conditions défavorables, le protoplasme de l'amibe ou du myxoflagellé peut s'arrondir et former une mince couche protectrice de cellulose autour, appelée microcyste (Fig. 6), qui le protégera du milieu hostile. Quand les conditions favorables reviennent, l'amibe émerge à nouveau du microcyste.

Figure 1: Spores de Physarum polycephalum.

Figure 2: Germination des spores de Physarum polycephalum.

Figure 3: Une paire d'amibes, en contraste de phase. Cette étape peut servir d'étape d'assimilation, ainsi que de gamètes lors de la reproduction sexuée.

Figure 4: Cellule nageuse, myxoflagellé, avec un flagelle visible, en contraste de phase. Lorsqu'elle est immergée dans l'eau, l'amibe se transforme en myxoflagellés.


Figure 5: Plusieurs cellules nageuses en contraste de phase. Flagelle non visible.

Figure 6: Formes de microcystes résistants dans des conditions défavorables.


Formation de Zygote et du Plasmode

Au bout d’un certain temps, quand un nombre critique myxoflagellés, ou d'amibes sont formées, la reproduction sexuée se produira et ces stades assimilatifs fonctionneront également comme des gamètes. Chez P. polycephalum, ce sont les myxoflagellés, qui agissent normalement comme des gamètes. Cependant, les amibes dérivées de la même population, sont habituellement stériles. Pour que la syngamie se produise, les gamètes doivent être dérivés d'une population d'amibes différente, et être d'une souche d'accouplement différente. Par convention, différentes souches d'accouplement sont désignées par 1, a 2, a 3, etc. et la syngamie se produira lorsque des amibes de différentes souches d'accouplement se rejoignent, par exemple 1 X a 2 , a 1 X a 3 , etc. Une fois que la syngamie se produit, le zygote se forme. Le zygote subit de nombreuses divisions mitotiques pour former le grand plasmode multinucléé. Les myxomycètes sont également communément appelés plasmodes acellulaires parce que le plasmode (figures 7-8) est essentiellement une grande cellule multinucléée unique. Comme c'est le cas dans le stade amibes, le plasmode est aussi un stade assimilatif qui consomme des aliments par phagocytose. L'aspect du plasmode est variable. Chez P. polycephalum (figure 7), il est jaune vif, tandis que chez Didymium iridis (figure 8), il est incolore.

En période défavorable pour le plasmode, il s’entoure d’une fragile couche protectrice et devient dormant. Ce stade dormant est appelé sclérotium (figure 9), et au microscope, on peut observer qu'il est composé d'un certain nombre d'unités multinucléées plus petites appelées macrocyste (figure 10). Lors du retour de conditions favorables, chaque macrocyste peut donner naissance à un nouveau plasmode.

Figure 7: Plasmode jaune clair de P. polycephalum.

Figure 8: Plasmode incolore de D. iridis.

Figure 9: Le plasmode devient dormant, formant un sclérotium lorsque les conditions deviennent défavorables.

Figure 10: Section à travers le sclérotium montrant qu'il est effectivement composé de plus petites unités appelées macrocystes.

Formation de Sporanges
Dans des conditions favorables, le plasmode continue à se nourrir et à croître. Cependant, lorsque l'alimentation et/ou l'eau deviennent limitant, la formation de sporanges se produira. Un sporangium est une structure dans laquelle les spores sont transportées et stockées jusqu'à leur dispersion. La lumière semble être un autre stimulus pour la formation de sporanges chez les Myxomycètes.

Le sporangium de P. polycephalum est de couleur gris foncé à presque noir, lobé, produit sur un stipe jaunâtre (figure 9). La couche externe fragile du sporangium qui entoure les spores est le péridium, qui peut être persistant ou dégénérer lorsque le sporange est prêt à disperser ses spores.

Lorsque la formation du sporange commence, la partie externe du plasmode devient plus dense, formant une structure épaisse appelée l'hypothalus (figure 11). Le protoplasme du plasmode se divise ensuite en unités plus petites (figure 12), qui donneront chacune naissance à un sporange. Chaque unité s'allonge initialement (figure 13), et à mesure que le développement se poursuit, la portion basale diminuera en diamètre pour devenir la tige, tandis que la partie supérieure deviendra le sporange proprement dit et se développera en forme de doigt chez P. polycephalum (Figure 14).

A la fin du déplacement du protoplasme dans le sporange proprement dit, la tige est devenue plus resserrée et dépourvue de protoplasme. La formation de spores se fait avec la formation de parois cellulaires autour des noyaux diploïdes. Le noyau de chaque spore subira une méiose pour produire quatre noyaux 1N. Trois d'entre eux dégénèreront. Ainsi, chaque noyau diploïde entraîne le développement d'une seule spore. Simultanémant se développe, à l’intérieur du sporange, la structure fine du capillitium. Ce capillitium provient de la coalescence des vacuoles, qui contiennent divers matériaux du protoplasme, y compris le carbonate de calcium (CaCO3) chez certaines espèces.
Amicalement

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