3D avec un microscope "normal" (pas stéréomicroscope)

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3D avec un microscope "normal" (pas stéréomicroscope)

Messagede Daniel » 08 Déc 2020 13:25

Gérard Weiss dans viewtopic.php?f=39&t=23754#p131705 a écrit:Par exemple, j'avais posté sur le portail du forum un topo pour pouvoir faire des observations en stéréo directement avec un microscope binoculaire (un procédé très ancien de Ernst Abbe il me semble). Le résultat est spectaculaire, par exemple avec un 63x à correction d'épaisseur de lamelle sur une préparation de diatomées dite "en vrac" ou "étendue", les diatomées étant vues souvent inclinées au lieu d'être à plat comme d'habitude, ce qui permet de bien mieux voir leur forme réelle en 3D. On a l'impression de plonger dans un autre monde...
Mais tout était plat au début, et il m'a fallu quelques jours pour que mon cerveau arrive à me créer une représentation en relief
Nota : Le résultat est par contre médiocre en photographie. Pas d'explication.
Un des premiers réglages que l'on apprend à faire sur microscope après la mise au point et l'ouverture du diaphragme, est le réglage de l'écart interoculaire.
Nos deux yeux doivent être dans l'axe des 2 oculaires pour fournir 2 images fusionables identiques, donc apparaissant comme "plates".
Si on place les pupilles de coté, on va obtenir 2 point de vue un peu différents et donc exploitables par notre cerveau pour voir le relief des objets. Attention toutefois à placer les yeux dans la bonne position car si le déplacement est inverse, on verra les objets en pseudoscopie (relief inversé).
L'idée pour la stéréoscopie de 2 pupilles latérales ou de 2 demi pupilles est ancienne . On l'attribue à Abbe au XIXe.
Le microscopiste Ramon y Cajal l'a exploité pour produire des images 3D au début du XXe (publication de 1918).
J'ai présenté ce principe en 2003
(voir: http://www.microscopies.com/DOSSIERS/Ma ... opie-1.htm )
A noter, les stéréomicroscopes de type CMO correspondent en fait à cette contruction!
Ce principe a été combiné dès la fin du XXe sur des microscopes classiques avec l'usage des filtres polarisants pour produire des bricolages de microscopes stéréoscopiques à fort grossissement. C'est décrit par des auteurs allemands, par exemple dès 1975 dans la revue "Mikrokosmos" par G.Göke.
des ingénieurs de PZO ont conçu un autre développement matériel avec des "préoculaires stéréoscopiques".
(voir mon article http://daniel.nardin.pagesperso-orange. ... %20PZO.htm )
Zeiss a repris cette idée en 1998 et a commercialisé un système
(cf mon article de 2003 cité ci dessus)
Cela a aussi été repris bien plus tard par les amateurs français et c'est le système décrit par Gérard Weiss sur le naturaliste: http://www.lenaturaliste.net/portail/ar ... inoculaire

Ces dispositifs fonctionnent bien pour peu que l'on soit pourvu d'une perception stéréoscopique "normale". Je suis d'accord avec l'idée de "plonger dans un autre monde" de Gérard. C'est cela le miracle la stéréoscopie ou 3D relief!!
Ils sont surtout utiles autour du grossissement de 200x qui est bien au delà du maximum des plus puissants stéréomicroscopes. Et au delà, la réduction de la profondeur de champ réduit l’intérêt de ces dispositifs et cela explique à mon avis le moindre intérêt trouvé par Gérard aux photos par rapport à la vision stéréo au oculaires ou l'on peut aider le cerveau à construire son image mentale par le déplacement fin de la mise au point.

Actuellement, un autre système est possible pour obtenir des images 3D à fort grossissement:
le passage par une carte de profondeur construite à partir d'une série d'images à mise au point étagée.

il serait intéressant de comparer des vues 3D de mèmes sujets obtenus avec différentes techniques:
- prise de vue convergente (cf stéréomicroscope Greenough)
- demi pupille d'un objectif ( Abbe, stéréomicroscope CMO, Sojecki PZO, dispositif Zeiss de 1998, amateurs avec polarisants...)
- série focale suivie de zédification et travail via la carte de profondeur par les logiciels comme Zerene ou Helicon focus.
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Re: 3D avec un microscope "normal" (pas stéréomicroscope)

Messagede Bernard-J » 08 Déc 2020 15:04

Bonjour,
Pour rappel, j'utilise la zédification video au microscope. J'extrait les trames d'une séquence de 3-4 secondes de vidéo et les empile avec le programme Picolay. Avec la carte de profondeur, le logiciel produit les fichiers anaglyphes, parallèle, vue croisée ou mpo. viewtopic.php?p=127851#p127810

Les mpo sont visibles avec différents logiciels plus ou moins complexes. J'ai un faible pour sView http://www.sview.ru

La collection digitalisée de Myxomycètes de mon website présente certains exemplaires avec fichiers mpo (et surtout anaglyphes parce que je n'ai jamais encore réussi une vision 3D en images séparées).
https://microbiolvideos.ch/projects/index.html

Le fichier mpo est intéressant parce que l'on peut zoomer à l'intérieur de l'image. Je pense que c'est un avantage pour observer des petites structures avec les objets assez transparents.

Le petit logiciel sview permet de changer l'affichage d'un fichier mpo (qui contient les 2 images) en cross-eye ou parallèle. Par exemple, Arcyria denudata:
Arcyria denudata.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Arcyria denudata.jpg (164.73 Kio) Vu 1520 fois

Il est évidemment possible d'afficher ces photos en plein écran avec le logiciel. Maintenant, en ce qui me concerne, je ne vois pas le 3D. C'est à vous de me dire si cela fonctionne ! :cry:

Merci Daniel: grâce à ta contribution, j'ai enfin trouvé une adresse pour l'achat d'un stéréoscope (en Suisse!!). :D
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Re: 3D avec un microscope "normal" (pas stéréomicroscope)

Messagede Daniel » 08 Déc 2020 16:38

Je suis heureux de contribuer au développement de la stéréoscopie, tout en faisant de la publicité à Philippe Nicollet, le réalisateur de vidéo 3D de léman 3D.

De mon coté, je suis toujours passé aussi par les stéréoscopes depuis ma découverte de la 3D dans les années 1980 dans un article de Sciences et vie qui indiquait comment construire un stéréoscope à miroir en bois pour des tirages papier 10x15!

Les sociétés de stéréoscopie sont les plus à mème de fournir des renseignements sur les matériels en vente actuellement car c'est un marché assez restreint.
En France, le SCF https://www.image-en-relief.org/stereo/index.php

En Suisse, le groupe de Genève autour de Pascal Granger http://www.stereoscopie.eu/
Leur page indique d'autres modèles de stéréoscopes pour voir des images cote à cote
http://www.stereoscopie.eu/visio/stereoscopes.htm

Le relief de ces Arcyria denudata est bon, on perçoit enchevêtrement de filaments. Que sont ils? pour un myxomycète, s'agit il de filaments du capilitium autour de spores?

Sview est un bon afficheur 3D utile avec les images et les vidéos 3D. Et tournant tant sous windows que sous android.

J'utilise en fait pour afficher les images le logiciel qui me sert à leur montage: Stereo photo maker
http://stereo.jpn.org/fra/stphmkr/index.html

J'avais déja vu ces myxos en 3D suite au précédant topic. Je vais y retourner!
En en téléchargeant certaines, ce sera l'occasion d'un test d'un ordiphone à écran autostéréocopique que je n'avais pas alors , le rokit io3D...
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Re: 3D avec un microscope "normal" (pas stéréomicroscope)

Messagede Bernard-J » 08 Déc 2020 17:23

Oui Daniel, pour A.denudata, il s'agit de filaments du capillitium et de spores. L'aspect de ces filaments est important, autant que celui des spores pour l'identification. A cette échelle, on ne distingue que ces éléments et aussi des granules de grandeurs variables.

Le groupe de Genève a semble t-il du mal à survivre. Il y a la Société Suisse de Stéréoscopie, mais c'est tout en allemand.
http://www.stereoskopie.ch

J'ai aussi essayé le stereo photo maker et le stereo movie maker, mais pour moi, ces logiciels étaient trop pointus pour mes besoins.

Il faut nous en dire plus sur le le rokit io3D. Comment ça fonctionne cet engin avec lequel il est même possible de téléphoner !!?
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Re: 3D avec un microscope "normal" (pas stéréomicroscope)

Messagede Daniel » 08 Déc 2020 20:07

Mème si cela nous éloigne de la stéréo au microscope, je peux parler de ce Rokit IO 3D après avoir rappelé les différents dispositifs pour voir des images 3D :
- la vision libre convergente (images croisées) ou divergente (images cote à cote). Cela nécessite un apprentissage.
- les projecteurs, écrans et téléviseurs en mode actif (rapide alternance temporelle) ou passif (polarisants croisés). Ces deux modes nécessitent de porter des lunettes adaptées.
- les dispositifs autostéréoscopiques, par définition, permettent la vision 3d sans lunettes.
Je n'irai pas plus loin dans leur principe qui repose souvent sur des réseaux de microlentilles.
Il en existe depuis longtemps (Bonnet milieu du XXe ), mais on les connait surtout par des cartes postales. Les écrans de grande taille sont rares et chers.
Au delà de cela, le problème de ces afficheur est qu'ils nécessitent un bon positionnement pour percevoir le relief correct. C'est aussi un apprentissage, mais cela peut devenir réflexe: on oriente correctement machinalement l'écran pour bien voir en 3D.
Avec le renouveau de la 3D autour de 2010, des dispositifs nouveaux et à prix accessible ont été commercialisés, avec en particulier des tablettes et des téléphones à affichage 3D.
Cette page en fait l'inventaire
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_3 ... ile_phones

Le Rokit IO 3D pro est un des derniers de ces modèles et il est encore commercialisé. C'est un smartphone qui doit être tout à fait convenable. Il est sorti en 2019 et comme il fait l'objet de promotions sur le marché anglais actuellement, j'en ai acheté un le mois dernier avant le brexit!!
Je pense surtout l'utiliser comme écran autostéréoscopique . (Je n'y ai pas encore mis de carte SIM qui sera pourtant utile pour télécharger des vidéos 3D disponibles sur internet. ) Je peux ainsi montrer des images 3D à un interlocuteur à coté de moi
A la réception, j'ai eu un peu de mal au premier démarrage avec les demandes de carte sim et de création de compte google, mais j'ai pu obtenir de les reporter et accéder au bureau android.
La prise usb permet le transfert de fichiers avec mon ordinateur windows. J'ai pu mettre dans un sous répertoire des fichiers MPO HD et créer un répertoire "3Dperso" pour des diaporamas .MP4
L'application "galerie" fournie affiche les MPO correctement en 3D.
J'ai fait ensuite un test vidéo: les .MP4 double cote à cote HD 3040x1080 sont affichés par "media 3D". C'est mieux que les téléviseurs 3D plus grands qui sont limités à des fichiers en demi format cote à cote (compression à 50% dessus dessous ou gauche droite).
Avec cet écran, l'affichage 3D est facile à "accrocher". J'ai moins de gène de pseudoscopie qu'avec des afficheurs plus anciens moins définis. Il est agréable pour la finesse de la définition, mème si cela reste très petit (12x7cm pour une image hd ).
J'y ai installé 2 visualiseurs libres:
"Stereoscope" permet de visionner les images fixes 3D selon un ordre défini en les rangeant en catégories.
"Sview" permet la lecture de vidéos 3D en autostéréoscopie avec différents formats à l'origine sur le Rokit.
Je ne regrette pas mon achat, il tient son rôle d'écran autostéréoscopique pour images .MPO et vidéos .MP4 .

Je suis retourné sur le site de myxomycètes de la collection Janna Oppel et j'y ai téléchargé quelques MPO un peu au hasard devant l'abondance des répertoires.
Je n'ai pas pris garde à la définition et c'est seulement après le bloquage au changement d'image par l'application stereoscope que j'ai découvert que certaines avaient bien plus que de la définition HD 1920x1080. (le programmeur n'a pas du prévoir assez de mémoire pour ces images. )
Sview s'est avéré une application un peu plus robuste. Mais il faut attendre quelques secondes au changement d'affichage. Il permet avec l'écran tactile, le zoom et la navigation au doigt dans l'image , mais il est difficile de savoir quand on entre dans l'interpolation par le logiciel. Si on zoome, également, le positionnement des yeux est plus critique pour conserver le relief correct.
Le menu contextuel permet d'afficher les exif des images. Mais ils ne doivent pas être correctement interprètés. L'appareil indiqué est toujours le fuji W1 ??
La rubrique "résolution" donne la définition "au sens informatique des images par exemple 3245x 3225 pour l'image Arcyria_cinerea...
Cela monte à 5184x3456 pour Stemonitis lignicola bien plus que 4k... dde quoi zoomer!
Le rendu du relief est agréable sur les images macro. (Stemonitis, Diderma, ) mais certaines (Arcyria cinerea) obtenues par zédification, surprennent par leur profondeur de champ aux limites abruptes.
Les images au microscope donnent un relief dont on est moins sur, car ce n'est pas confirmé par l'habitude des observations au stéréomicroscope. Par exemple, dans l'image de Tubifera ferruginosa, les spores apparaissent comme des ballons en partie dégonflés et reposant à plat sur un plan. Je ne sais pas si c'est la réalité ou un artefact d'image.

En résumé, les images testées s'affichent bien et en relief sur l'écran de ce Rokit io 3D pro malgré leur définition importante.
Mème les images au microscope donnent un relief assez agréable, mais peut être trompeur pour certains objets.
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Re: 3D avec un microscope "normal" (pas stéréomicroscope)

Messagede Bernard-J » 08 Déc 2020 22:08

Le menu contextuel permet d'afficher les exif des images. Mais ils ne doivent pas être correctement interprètés. L'appareil indiqué est toujours le fuji W1 ??

C'est un nom qui vient par défaut. Quand la photo résulte d'un empilement de trames d'une video, le système exif ne fonctionne pas.

La rubrique "résolution" donne la définition "au sens informatique des images par exemple 3245x 3225 pour l'image Arcyria_cinerea... Cela monte à 5184x3456 pour Stemonitis lignicola bien plus que 4k... de quoi zoomer!

Les résultats d'empilements sont toujours rognés à cause des défauts de bords. Ces images étaient certainement prisent par des photos en rafale plutôt que par vidéo.

Le rendu du relief est agréable sur les images macro. (Stemonitis, Diderma, ) mais certaines (Arcyria cinerea) obtenues par zédification, surprennent par leur profondeur de champ aux limites abruptes.

Il est possible que mes choix de zédification avec Picolay n'étaient pas optimaux. J'ai essayé probablement trop rapidement. Je ne suis pas LE spécialiste de la 3D.

Les images au microscope donnent un relief dont on est moins sur, car ce n'est pas confirmé par l'habitude des observations au stéréomicroscope. Par exemple, dans l'image de Tubifera ferruginosa, les spores apparaissent comme des ballons en partie dégonflés et reposant à plat sur un plan. Je ne sais pas si c'est la réalité ou un artefact d'image.

Oui, je ne comprends pas vraiment ce qui se passe. Tu peux regarder la vidéo .mov de ce T.ferruginea. Le fichier mpo provient des trames de cette vidéo. Et dis moi ce que tu en penses.
J'inclus toujours la vidéo d'où provient les fichiers 3d dans la collection.
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Re: 3D avec un microscope "normal" (pas stéréomicroscope)

Messagede Daniel » 09 Déc 2020 15:52

J'ai regardé la vidéo .mov
Je ne peux pas en tirer d'explication pour le rendu 3D à partir de séries étagées.
Mais mon intuition reste que le rendu de prises de vues sous 2 angles différents est plus proche de la réalité que celui lié aux logiciels de zédification.
Ceux ci ont des informations qui sont partielles car les images isolées ne sont pas parfaitement étagées et ne sont présentes que dans la zone choisie comme représentative par l'auteur de la zédification.

Pour me faire changer d'avis, il faudrait vraiment comparer des couples stéréos issus de 2 angles de vue par rapport à d'autres issus de logiciels de zédification...
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