Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Présentations, questions et débats sur les microscopes.
Règles du forum
Présentations, questions et débats sur les microscopes.

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede Christian » 30 Juin 2009 21:19

1. Tester l'adéquation de mes données brutes avec une distribution normale (test de Shapiro-Wilk)
2.1 Si 1. vérifié, tester l'homogénéité des variances (test de Bartlett)
2.2 Si 1. non vérifié, se tourner vers un test non paramétrique (Kruskal-Wallis)
3.1 Si 2. vérifié, tout va pour le mieux, on peut utiliser un test paramétrique (ANOVA)
3.2 Si 2. non vérifié, tant pis, test non paramétrique (Kruskal-Wallis)
4. Test post-hoc paramétrique (Tukey) ou non paramétrique (Nemeyi) selon le test précédemment choisi.

...

Cela peut servir à contrôler un dispositif de mesure, dès lors que N observateurs mesurent un échantillon suffisamment étendu d'une structure donnée (plus variable qu'une diatomée !) dans les mêmes conditions de montage et d'observation. Cela sert aussi à conforter l'idée plus ou moins intuitive (souvent source d'erreurs) que l'on se fait des variations négligeables vs. conséquentes.


Mouais … s'il faut passer par tous ces cheminements pour vérifier que sa lame micromètre est suffisamment précise, ce sera sans moi …
Encore un truc qui empêche d'observer sereinement et de voir l'essentiel ! ;)
(en tout cas pour un amateur comme moi)
Bien amicalement, Christian
Microscope : Leitz Ortholux I - Stéréomicroscope : Novex AP5 - Divers bancs macro
Photos: Nikon (D70) D90, Canon A75, MicCam Tucsen 3 mpx
Soft: Photoshop - MicroCartouche - Helicon focus -Stepduino (stacking automatisé)
Site perso (ancien) ici

Avatar de l’utilisateur
Christian
Coadmin
Coadmin
 
Messages: 4785
Inscription: 28 Aoû 2007 20:54
Localisation: Entre Alpes et Jura
Prénom: Christian

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede Pat » 30 Juin 2009 21:53

Christian a écrit:
1. Tester l'adéquation de mes données brutes avec une distribution normale (test de Shapiro-Wilk)
2.1 Si 1. vérifié, tester l'homogénéité des variances (test de Bartlett)
2.2 Si 1. non vérifié, se tourner vers un test non paramétrique (Kruskal-Wallis)
3.1 Si 2. vérifié, tout va pour le mieux, on peut utiliser un test paramétrique (ANOVA)
3.2 Si 2. non vérifié, tant pis, test non paramétrique (Kruskal-Wallis)
4. Test post-hoc paramétrique (Tukey) ou non paramétrique (Nemeyi) selon le test précédemment choisi.

...

Cela peut servir à contrôler un dispositif de mesure, dès lors que N observateurs mesurent un échantillon suffisamment étendu d'une structure donnée (plus variable qu'une diatomée !) dans les mêmes conditions de montage et d'observation. Cela sert aussi à conforter l'idée plus ou moins intuitive (souvent source d'erreurs) que l'on se fait des variations négligeables vs. conséquentes.


Mouais … s'il faut passer par tous ces cheminements pour vérifier que sa lame micromètre est suffisamment précise, ce sera sans moi …
Encore un truc qui empêche d'observer sereinement et de voir l'essentiel ! ;)
(en tout cas pour un amateur comme moi)


je suis assez d'accord ;o)))

Patrice
Avatar de l’utilisateur
Pat
membre
membre
 
Messages: 183
Inscription: 11 Avr 2009 07:26
Localisation: PARIS
Prénom: patrice

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede Eddy » 01 Juil 2009 05:02

Bonjour le forum!

Mouais … s'il faut passer par tous ces cheminements pour vérifier que sa lame micromètre est suffisamment précise, ce sera sans moi …

À la main, avec du papier et un crayon, c'est carrément à en devenir fou. :mrgreen: :mrgreen:
Fort heureusement, grâce aux ordinateurs, c'est beaucoup plus rapide. Il suffit juste d'avoir une série de N mesures sous forme de tableau. On peut alors grouper les tests dans un script qui choisira tout seul les dernières étapes en fonction des précédentes.

Je comprends très volontiers que tout le monde n'ait pas envie de faire tout ça en aval après chaque série de mesures, d'autant plus que tous les objets observés ne s'y prêtent pas. Dans le cas de la mycologie, cette question avait été soulevée dans un article du bulletin de la SMF. Les motivations en faveur de cette analyse statistique étaient clairement présentées, mais l'article n'allait pas jusqu'au bout de la question. Par exemple, l'auteur y décrivait longuement certains biais possibles tels que les arrondis abusifs lorsqu'on mesure directement à l'oculaire (sans ordinateur et sans logiciel comme MC, donc), qui conduisent parfois à privilégier des valeurs paires, impaires ou « rondes », etc. De même, toutes les spores ont une variabilité biologique et pourtant des dispositifs fiables pour des tailles > 2 µm échouent à retrouver cette variabilité dès que les spores sont très petites. La plupart de ces biais sont corrigés par l'utilisation d'un ordinateur, mais la comparaison de séries de mesures effectuées par plusieurs observateurs est efficace et objective avec une analyse statistique.

Cordialement,
Eddy
Groupe "Le Naturaliste" sur Flickr
Micro Olympus BH2 DIC, darkfield, objectifs 10/0.4, 25/0.8, 40/1.3, 63/1.4, 100/1.4.
Photo Canon EOS 7D
Avatar de l’utilisateur
Eddy
membre
membre
 
Messages: 842
Inscription: 14 Mai 2009 13:23
Localisation: Royaume-Uni
Prénom: Eddy

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede Jean » 01 Juil 2009 08:47

Bonjour à tous !

Mouais … s'il faut passer par tous ces cheminements pour vérifier que sa lame micromètre est suffisamment précise, ce sera sans moi …
Encore un truc qui empêche d'observer sereinement et de voir l'essentiel ! ;)
(en tout cas pour un amateur comme moi)


Entièrement de l'avis de Christian !
Pour nos observations, avons-nous vraiment besoin, en tant amateurs d'une telle précision ????

Bonne journée !
TOP à mon chrono,
Il est 9 heures,46 minutes,5 secondes et 20 centièmes !
Jean
L'orthographe est de respect;c'est une sorte de politesse. (Alain)
Avatar de l’utilisateur
Jean
Correcteur/Traducteur
Correcteur/Traducteur
 
Messages: 420
Inscription: 05 Sep 2007 17:42
Localisation: Corcelles les Monts ( Dijon )

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede fannechere » 01 Juil 2009 11:15

-----------------
1. Tester l'adéquation de mes données brutes avec une distribution normale (test de Shapiro-Wilk)
2.1 Si 1. vérifié, tester l'homogénéité des variances (test de Bartlett)
2.2 Si 1. non vérifié, se tourner vers un test non paramétrique (Kruskal-Wallis)
3.1 Si 2. vérifié, tout va pour le mieux, on peut utiliser un test paramétrique (ANOVA)
3.2 Si 2. non vérifié, tant pis, test non paramétrique (Kruskal-Wallis)
4. Test post-hoc paramétrique (Tukey) ou non paramétrique (Nemeyi) selon le test précédemment choisi.
-----------------
Cette démarche me satisfait totalement (avec variantes possibles sur le type des tests).
Lorsque j'ai fait mes tout-débuts en mycologie (je suis encore débutant malgré mes petits progrès) j'ai cru, sans trop y réfléchir (et pour ne pas me traiter d'iconoclaste) tout ce qui se disait à propos de la normalité des distributions.
Lorsque j'ai été amené à faire mes propres séries de mesures, force m'a été de constater que la Normalité n'était pas la règle pour diverses raisons : pour les dimensions de spores en particulier les variations peuvent être dues par exemple au type de baside (2- ou 4-sporique) ou même dans un même type à la taille des basides etc ...).
On a donc très souvent affaire à des populations mélangées même si séparément elles peuvent être considérées comme normalement distribuées.

Malheureusement l'apparition des calculettes (et ensuite des logiciels genre excel etc .) a amené la plupart de mycologues à estimer que tout était "Normal" , et qu'il suffisait de savoir calculer moyenne et écart-type pour devenir statisticien.

De fait, j'ai vu certains opérateurs éliminer les spores qui leur déplaisaient (en politique c'est une bonne méthode !) et ne garder que les "bonnes", en construisant, au coup par coup, un histogramme de 5 classes sur 20 mesures ( !!! ) jusqu'à ce que l'enveloppe leur paraisse "de visu" sensiblement gaussienne.
Ils en déduisent alors une valeur qu'ils déclarent "moyenne" ( je pense que compte tenu de la méthode elle doit s'apparenter plutôt à une dominante)

De même lors d'un examen rapide, la grandeur la plus fréquente est d'emblée appelée "moyenne", ce qui montre que la confusion est chose courante entre "moyenne" et "dominante" ( ce qui est vrai effcetivement ds le cas d'une loi normale, mais faudrait-il encore le vérifier au préalable, voirs les tests cités ci-dessus) .
J'ai également trouvé sur le Web d'autres confusions bien plus graves et des interprétations erronnées d'ouvrages sérieux mais trop vulgarisés (je pense que certains sujets ne peuvent pas être vulgarisés).
......
S'agissant de la question des oculaires, je me demande (encore, car cette constatation m'a passablement agacé) si je ne suis pas victime d'un artefact (mais mes mesures existent bien, j'enverrai les images dès que je serai de retour chez moi).
Une possiblité serait que l'oculaire de l'ortholux 2 soit spécifique à CE microscope.
L'idée m'est venue suite à la lecture de l'intervention évoquant le barlow (ou autre dispositif particulier)
En effect dans ce cas l'image réelle sur la mire n'est plus par ex x100, mais x100 x G( barlow).
Le micromètre oculaire associé (et spécifique) peut très bien compenser cette différence, ce que ne ferait pas un oculaire lambda.
Il faudra que je lise de près la doc de l'ortholux 2 puisque quelqu'un ( MERCI !) a eu la bonne idée de mettre un lien vers ces docs en PDF.

Cela démontre toutefois que l'étalonnage de la chaine de mesure complète est impérative et que l'on ne peut pas échanger les oculaires sans aucune précaution.

De plus pour rassurer les "novices" , les test énumérés ci-dessus ne sont pas obligatoires pour vérifier une mire.
A moins que vous ne soyez particulièrement maladroit, la loi de distribution de vos mesures devrait être Normale et le calcul "moyenne / écart-type" suffit largement !
Avatar de l’utilisateur
fannechere
membre
membre
 
Messages: 10
Inscription: 28 Juin 2009 14:41
Prénom: georges

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede Eddy » 01 Juil 2009 11:48

Bonjour le forum !

Pour nos observations, avons-nous vraiment besoin, en tant amateurs d'une telle précision ????

De quelle précision parles-tu ? La précision des mesures n'est en rien affectée par l'analyse statistique. Deux raisons à cela : (1) ce n'est pas son but et (2) la précision maximale que l'on peut espérer est toujours celle de l'élément le moins précis du dispositif utilisé. Alors à quoi bon faire une analyse statistique sur les mesures que l'on a effectuées ? C'est très simple : que l'on mesure des spores, des basides, des grains de pollen, etc. on a toujours une certaine hétérogénéité. Ce sont, entre autres (j'en ai parlé précédemment), les artefacts liés aux techniques de préparation, l'hétérogénéité intrinsèque du matériel biologique, mais aussi... le simple fait qu'on est en train de proposer une détermination erronée ! La question que je me pose, à partir de là, est une question d'amateur : J'ai un champignon (remplacez par ce que vous voulez) que je souhaite déterminer. Dans ce but, j'ai fait des photos à partir desquelles j'ai effectué des mesures. J'ai pu calculer une moyenne, un écart-type, des quartiles, et toutes autres choses descriptives. Je vais ensuite comparer mes valeurs à celles que je trouve dans un livre de référence. Sous quelle condition objective puis-je conclure que mes mesures tombent dans le même intervalle que celles du livre, et sont donc vraisemblablement compatibles ?

À ma connaissance, le seul moyen est de montrer que les mesures brutes des 2 observateurs (l'amateur et le livre) appartiennent à la même population pour un risque d'erreur donné. Et pour ça, il faut faire une analyse statistique à partir des données brutes (absentes des livres, bien entendu). Ou alors, on peut se contenter d'un « ça se ressemble » rapidement transformé en « c'est la même chose ». Mais dans ce cas, mieux vaut laisser tout de suite la mycologie et passer à autre chose. Je dis ça parce que ces quelques échanges m'ont convaincu que ce problème ne se rencontre pas partout : manifestement, cela n'est pas nécessaire pour l'étude des diatomées, ou les caractères sont plus stables.

Quant à l'association de « précision » et d'« amateur », je me permets d'ajouter que toute personne qui s'est constitué un appareil de qualité optique indéniable (j'entends par là : tout autre chose qu'un chinois de base) n'est plus vraiment un amateur sous tous les sens du mot. Soit on se limite aux considérations esthétiques et dans ce cas, effectivement, il est inutile, sinon ridicule, de procéder à une analyse statistique, soit on veut aussi mettre un nom sur ce qu'on observe, et dans ce cas il est dommage de s'arrêter en si bon chemin.

On a donc très souvent affaire à des populations mélangées même si séparément elles peuvent être considérées comme normalement distribuées.

Encore que l'on peut très bien simplifier la procédure : l'ANOVA est robuste aux écarts modérés par rapport à la normalité, et les tests non paramétriques (par ex. Kruskal-Wallis) sont applicables dans toutes les situations, bien qu'un peu moins puissants que leurs équivalents paramétriques.

De fait, j'ai vu certains opérateurs éliminer les spores qui leur déplaisaient (en politique c'est une bonne méthode !) et ne garder que les "bonnes", en construisant, au coup par coup, un histogramme de 5 classes sur 20 mesures ( !!! ) jusqu'à ce que l'enveloppe leur paraisse "de visu" sensiblement gaussienne.

Et on en trouve aussi qui sont capables de faire une analyse statistique en bonne et due forme sur des échantillons de... 3 mesures ! Quand on sait combien d'espèces proches appartiennent à un « complexe » facile à déterminer à la louche (par ex. les groupe de taxons communément appelés Cantharellus cibarius ou Amanita muscaria sans autre forme de procès, alors qu'il y a des variétés décrites et reconnues par de nombreux auteurs) et se distinguent surtout par des spores « plus petites » ou « plus grandes », ça devient très drôle. :D

De plus pour rassurer les "novices" , les test énumérés ci-dessus ne sont pas obligatoires pour vérifier une mire.
A moins que vous ne soyez particulièrement maladroit, la loi de distribution de vos mesures devrait être Normale et le calcul "moyenne / écart-type" suffit largement !

Tout à fait d'accord !

Cordialement,
Eddy
Dernière édition par Eddy le 01 Juil 2009 11:58, édité 4 fois.
Groupe "Le Naturaliste" sur Flickr
Micro Olympus BH2 DIC, darkfield, objectifs 10/0.4, 25/0.8, 40/1.3, 63/1.4, 100/1.4.
Photo Canon EOS 7D
Avatar de l’utilisateur
Eddy
membre
membre
 
Messages: 842
Inscription: 14 Mai 2009 13:23
Localisation: Royaume-Uni
Prénom: Eddy

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede Pat » 01 Juil 2009 11:54

fannechere a écrit:-----------------

S'agissant de la question des oculaires, je me demande (encore, car cette constatation m'a passablement agacé) si je ne suis pas victime d'un artefact (mais mes mesures existent bien, j'enverrai les images dès que je serai de retour chez moi).
!


Compte-tenu de l'énormité de l'écart, une simple mesure avec un double décimètre devrait permettre de savoir lequel des deux segments gradués mesure 1.1 cm (ou .90) au lieu de 1.00 cm..s'ils sont apparemment identiques, aux alentours du centimètre, c'est qu'il y a un"loup" dans le dispositif ;o))

amicalement

patrice
Avatar de l’utilisateur
Pat
membre
membre
 
Messages: 183
Inscription: 11 Avr 2009 07:26
Localisation: PARIS
Prénom: patrice

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede Christian » 01 Juil 2009 15:11

De plus pour rassurer les "novices" , les test énumérés ci-dessus ne sont pas obligatoires pour vérifier une mire.

C'est bien ce que je disais ! :D (et cela ne concerne pas que les "novices")
Que vous ayez besoin de statistiques poussées en mycologie est un autre propos, ce n'est pas celui du sujet de départ ;)
Néanmoins ces explications sont très intéressantes.
Bien amicalement, Christian
Microscope : Leitz Ortholux I - Stéréomicroscope : Novex AP5 - Divers bancs macro
Photos: Nikon (D70) D90, Canon A75, MicCam Tucsen 3 mpx
Soft: Photoshop - MicroCartouche - Helicon focus -Stepduino (stacking automatisé)
Site perso (ancien) ici

Avatar de l’utilisateur
Christian
Coadmin
Coadmin
 
Messages: 4785
Inscription: 28 Aoû 2007 20:54
Localisation: Entre Alpes et Jura
Prénom: Christian

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede JMP76 » 30 Nov 2011 16:03

Bonjour,

Il existe une échelle de mesure facile à trouver: un CD-Rom classique. Chaque "piste" est distante de 1.6 um. une plongée dans la norme de fabrication pourrait préciser cette information. 1.6um pour 74mn, et 1.497um pour 80mn

Je n'ai malheureusement pas d'objectif assez puissant pour le vérifier.

Cordialement
JMP76
membre
membre
 
Messages: 978
Inscription: 16 Nov 2011 17:19
Prénom: Jean-Marie

Re: Lame micromètre, étalonnage, objet étalon

Messagede Gilles BILLARD » 11 Nov 2012 23:10

Hello,
Ca fait quelques temps que je demonte des imprimantes dans l'espoir d'y trouver un/des moteurs pas-a-pas unipolaires.
Dans les modèles anciens la technique n'était pas au PaP mais au moteur a courant continu standard et un codage incrémental du déplacement grâce a une bande imprimée très finement qui était lue par un systeme optique.
J'en ai récupéré quelque unes pour voir de près:
J'en ai qui sont gravée a 6 traits au mm et d'autres a 7 traits au mm

Je me suis dit que ca pouvait faire office d'objet étalon.

Si qcq'un en veut, je peux en découper des morceaux et les offrir avec plaisir.
Echelle1 .JPG
Exif et Meta MicroCartouche Echelle1 .JPG (97.09 Kio) Vu 4194 fois


Echelle2.JPG
Exif et Meta MicroCartouche Echelle2.JPG (152.79 Kio) Vu 4192 fois


Echelle3.JPG
Exif et Meta MicroCartouche Echelle3.JPG (161.43 Kio) Vu 4193 fois


ok, c'est 10 fois plus gros que la lame graduée de Pat, mais pour un obj 10x c'est gratos !
++
J'en ai assez des potentats d'une gauche qui se croit bienpensante et qui conduit notre pays a sa perte.
Gilles BILLARD
membre
membre
 
Messages: 1477
Inscription: 13 Fév 2012 09:03
Prénom: azerty

Précédente

Retourner vers Microscopes

Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum: Aucun utilisateur enregistré et 2 invités