Comment améliorer les résultats avec combineZM?

[Daniel]

je souhaiterais réaliser des images en épiscopie à fort grossissement.
La faible profondeur de champ contraint à l'usage des "stacker" comme combine ZM que je retiens car gratuit et pas trop gourmand en ressource machine.
Voici 2 images obtenues avec cette technique:
une "macro" d'écailles de papillon, mais réalisée sur un statif de microscope métallographique avec un objectif fond noir de 10x

ecailles_de_papillon_lycenide.jpg (134.31 Kio) Vu 7298 fois

une plus micro (au 20x) d'une feuille de bryophyte obtenue avec le mème matériel, à comparer avec les images en diascopie de la mème espèce, en particulier des papilles en surface des cellules épidermiques.
voir: viewtopic.php?f=144&t=5017&p=24368&hilit=ruralis#p24368

syntrichia_ruralis.jpg (106.81 Kio) Vu 7295 fois

Je ne suis pas satisfait de ces résultats sur des petits sujets biologiques. Que me conseillez vous pour améliorer ce type d'images?

PS: question annexe: je n'ai pu étalonner la 2e image car combine ZM avait changé la définition par rapport à l'image étalon obtenue avec l'appareil. Pourrait on imposer à combine ZM de garder la mème taille? ou faut il réétalonner à partir d'un élément mesuré de l'image?

[Jean B]

Bonsoir Daniel et tous,

si je ne m'abuse, CZM se réserve une marge autour de l'image existante pour le travail d'empilement. C'est inhérent à sa façon de fonctionner. Mais la différence n'est pas énorme (de l'ordre de 5% sur mes essais)

Cela dit, CombineZ en est à la version CZP (et peut-être même plus aujourd'hui), et je pense qu'il est toujours bon de profiter de la dernière version, pour ces petits logiciels en perpétuelle amélioration.

[PierreH]

Bonsoir,

Daniel, que souhaites tu améliorer sur tes images ? En quoi est ce qu'elles ne te satisfont pas ?

[PierreH]

Au microscope, j'ai aussi obtenu les meilleurs résultats avec des objectifs d'épiscopie en fond noir.
D'un point de vue général, en prise de vue "toute petite macro", l'éclairage est très important. Un éclairage circulaire vertical bien qu'efficace, écrase tout les reliefs en empêchant les ombres.
J'obtiens de meilleur résultat avec un éclairage oblique : en épiscopie, il y a souvent une fente dans le dispositif d'éclairage qui permet d'insérer un diaphragme qui peut être fait maison et qui va permettre un éclairage semi-circulaire, proche de l'oblique.
Sinon, il faut utiliser un éclairage externe, une LED en bout de flexible.
Il faut travailler au niveau du post traitement pour améliorer le contraste et la netteté.
Mes clichés sont de bien meilleure qualité avec mon photomacroscope maison qu'avec mon Zeiss WL équipé d'un bon système d'épiscopie : le chemin optique dans le cas du photomacroscope est en effet réduit à sa plus simple expression.
J'ai ainsi abandonné la photo macro de qualité au travers de la loupe binoculaire et du microscope.
Voici ce que j'arrive à faire avec cet équipement maintenant :
http://www.mindat.org/photo-290059.html
http://www.mindat.org/photo-289615.html
http://www.mindat.org/photo-269604.html
http://www.mindat.org/photo-268951.html

[André]

Bonsoir à tous, daniel

je pense comme Pierre que la clé des observations en épiscopie est la lumière oblique ...une fois de plus!
Un exemple d'écailles de papillons ici: viewtopic.php?f=108&t=1525
Images obtenue sans compilation.
Je pense que les papilles de Tortula ne se découperons pas du limbe sans ombre portée.
De plus , j'ai eu souvent des déboires lors de prises de vues pour Z-ification sur des bryophytes ou des phanérogames dû à la dessication du spécimen.
De longues séances sont plus faciles sur les lichens car ils sont moins sujets à des rétractations rapides dues à la dessication.

[Daniel]

Merci jean de me signaler cette évolution. Je vais essayer combine ZP.

Pierre, en fait, c'est surtout par comparaison avec celles de Ch. Krebs que ces images me déçoivent.
Par exemple, sur ce sujet, http://www.photomacrography.net/forum/v ... 7ff853f8de
Pourtant, son matériel est simillaire au mien. il utilise bien d'autres logiciels...

je n'obtient pas comme lui une netteté presque continue sur toute l'étendue des images
Je sais qu'il fait de l'ordre de 8 fois plus de clichés que moi (une quarantaine face à 5 dans mes essais).
Je peux mécaniser le déplacement de la platine et essayer d'aller jusqu'à ce nombre. Mais par souci d'optimiser le travail, j'aimerais des méthodes de calcul du pas optimal en fonction des optiques utilisées.
Quel est le bon nombre de clichés pour le meilleur rendu final? Quel est le meilleur compromis?

D'autre part, dans mes images certaines zones nettes parfois sur une image de la pile ne sont pas rendues nettes dans la z-ification. Il semble que les surfaces des objets ne doivent pas être trop complexes pour être bien rendues.
La aussi, je pourrais m'adapter en sélectionnant des sujets de forme assez simple (c'est moins facile avec un végétal qu'un cristal!) mais si une façon de faire travailler le logiciel pouvait s'adapter aux formes les plus complexes, ce serait plus simple. En particulier, faut il préfèrer une pile de bas en haut ou l'inverse?
comment faire lorsqu'il y a plusieurs sommets dans l'image?...

Enfin je ne retrouve pas sur les images finales le mème piqué que sur les images isolées. Le procèdé adoucit l'ensemble en augmentant la profondeur de champ. Que faire pour conserver cette netteté partout?

J'avais en effet pensé à tester un éclairage en fond noir unilatéral. Vous m'incitez à le faire rapidement!
J'avais pensé utiliser une fibre optique. La suggestion de Pierre de moduler l'éclairage en bloquant une partie de l'anneau d'illumination est à retenir aussi.
J'espère montrer de nouveaux exemples demain soir!

[PierreH]

Ch. Krebs est en effet un maître qui maitrise à 100% tous les éléments de la chaine.
Mais je peux te garantir que tous les spécialistes de l'empilage travaillent beaucoup sur l'amélioration finale de l'image après empilage.
Il est clair qu'il faut calculer les pas entre chaque photo en fonction de l'ouverture numérique de l'objectif, lequel doit être choisi en fonction de la résolution nécessaire pour capteur les détails désirés (s'il est équipé d'un diaphragme, cela permet d'en faire varier l'ON).
J'avais fait un sujet avec les formules que j'utilise ici
viewtopic.php?f=56&t=4309
Tu y trouveras la formule pour la profondeur de champ (DOF) : il faut que chaque cliché de la pile se chevauche pour que le logiciel s'y retrouve.
Je pense que CombineZP fonctionne sur des sujets très détaillés mais il peut être nécessaire de jouer sur le paramétrage de la macro "Find Details".

Il vaut mieux privilégier une pile du haut vers le bas il me semble d'après l'auteur de CombineZP.
S'il y a plusieurs sommets sur l'image, il faut se baser sur celui le plus haut pour commencer.

Dans mon cas, c'est l'inverse : je trouve le piqué de l'image résultante plus élevée que celle d'une photo de la pile.

[Daniel]

Bonjour,
voici la suite avec la zedification d'une série de 24 images du mème sujet avec combineZP.
J'ai aussi obturé la moitié de l'anneau d'illumination. Je pense que l'éclairage unilatéral améliore les résultats. Reste à faire une rotation du sujet pour trouver le meilleur angle d'illumination.

Le pas était de 4microns environ, toujours en manuel mais en me calant sur les graduations de la vis micromètrique.
L'ordinateur a suivi sans trop ramer. Comme avec 4µ, je suis sous la profondeur de champ de l'objectif, je ne sais pas si je vais essayer encore plus de chevauchement de netteté entre les clichés.

ecailles_de_papillon_lycenide24pEc.jpg (168.95 Kio) Vu 7110 fois

Le renforcement à apporter est encore à doser.
Un peu de retouche serait éliminée par un nettoyage du capteur et le choix d'un sujet frais sans poussières.
Pour utiliser microcartouche après combineZP, j'ai du passer par un recadrage au format du capteur.
Est qu'il y aurait une fonction qui fasse cela dans combine zp? (suppression de la marge ajoutée au format de la pile d'images?)

Voici aussi une image au 50x du mème sujet:

ecaille_de_papillon_lycenide50x.jpg (85.99 Kio) Vu 7114 fois

Cordialement

[PierreH]

Est qu'il y aurait une fonction qui fasse cela dans combine zp? (suppression de la marge ajoutée au format de la pile d'images?)

J'avais posé la question à Alan (l'auteur du logiciel), voici sa réponse :
Macro 1 - Save
Line 1 - Select All - 000
Line 2 - Select Next Rectangle - 000
Line 3 - Select Next Rectangle - 000
Line 4 - Output Active Frame(1) - 000

Line 1 makes sure the you start with the full sized rectangle, Lines 2 and 3
are the same as pressing 'A', Line 4 with a parameter=1 outputs the file as
a .tif. The file will be in a folder called 'output' alongside the first
frames which you loaded. Of course you could add the same lines to another
macro, if there is room instead of having a dedicated macro.

Mais il subsiste encore quelque pixels en trop dans mon cas.
Je me suis fait une macro qui execute la macro Align, puis Do Stack, puis Save (sauver le rectangle propre) puis finalement qui ouvre le fichier TIFF résultant avec mon éditeur d'image.
Ainsi, je laisse le PC travailler et j'y reviens quand je vois l'éditeur ouvert.

[pierre4fun]

Daniel,

D'autre part, dans mes images certaines zones nettes parfois sur une image de la pile ne sont pas rendues nettes dans la z-ification. Il semble que les surfaces des objets ne doivent pas être trop complexes pour être bien rendues.
La aussi, je pourrais m'adapter en sélectionnant des sujets de forme assez simple (c'est moins facile avec un végétal qu'un cristal!) mais si une façon de faire travailler le logiciel pouvait s'adapter aux formes les plus complexes, ce serait plus simple. En particulier, faut il préférer une pile de bas en haut ou l'inverse?
comment faire lorsqu'il y a plusieurs sommets dans l'image?...

Enfin je ne retrouve pas sur les images finales le même piqué que sur les images isolées. Le procédé adoucit l'ensemble en augmentant la profondeur de champ. Que faire pour conserver cette netteté partout?

J'ai constaté le même problème pour les sujets fortement grossis (champ <2mm) et avec un faible contraste peu ou des nuances de couleurs trop homogènes.

A ce jour, la méthode, sous CZP, qui me donne les meilleurs résultats est le séquençage: compilation par paquets de 8 /10 sauvegarde intermédiaire en TIFF (pour limiter les pertes) et compilation finale. Mais ce n'est pas toujours gagné.