Spores de morilles (et diverses questions techniques)

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Spores de morilles (et diverses questions techniques)

Messagede Eddy » 18 Jan 2010 21:10

Bonjour le forum,

La période hivernale n'étant pas la plus propice pour la mycologie, c'est l'occasion d'expérimenter d'autres procédés pour la microscopie. J'abandonne donc l'approche minimaliste à base de téléphone mobile pour me tourner vers celle, plus orthodoxe, de l'appareil photo (réflex numérique + bague T2 + projectif, comme détaillé dans plusieurs discussions sur ce forum). Voici donc un premier cliché issu d'une préparation semi-permanente (traitement des spores au picroformol de Bouin et conservation dans la gélato-glycérine... mais sans lutage). Ce sont des spores de morille (peut-être Morchella elata, mais je ne garantis pas la détermination) et l'image est un empilement de 7 clichés.

spores-morille-7-images-small.jpg
Exif et Meta MicroCartouche spores-morille-7-images-small.jpg (72.61 Kio) Vu 2978 fois

Pour le moment je n'ai pas encore fait le tour de tous les réglages de l'appareil photo (Canon EOS 500D) donc je ne suis pas sûr de l'utiliser au mieux. L'empilement d'images est toujours réalisé avec PhotoAcute Studio, mais le temps de traitement devient assez conséquent (environ 7 min sachant que chaque cliché fait presque 6 Mio).

Pour la prise de vue, après de nombreuses tergiversations, j'ai choisi d'utiliser les logiciels fournis par Canon pour avoir la visée directe à partir de l'écran d'ordinateur (avec le LiveView). Les solutions libres disponibles dans les dépôts d'Ubuntu ne permettent hélas pas encore de le faire. Seulement voilà, comme ces logiciels Canon ne fonctionnent que sous Windows, et que Wine ne parvient pas à les installer, j'ai installé Windows XP avec VirtualBox. S'il y a des linuxiens intéressés par cette méthode, je peux détailler.

Cordialement,
Eddy
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Re: Spores de morilles

Messagede Christian » 19 Jan 2010 06:50

Bonjour Eddy,
Bravo pour ces spores !
Les images "minimalistes" étaient il me semble plus flatteuses (?), mais je pense qu'une fois fait le tour de ce boîtier, les résultats seront au top !
Au niveau des détails, quel est ton impression ?
Pour PhotoAcute Studio, j'ai remarqué aussi le temps passé avec de grosses images ... ouf :grat:
(j'avais finalement baissé largement la taille des images à la capture sinon c'était ingérable)

S'il y a des linuxiens intéressés par cette méthode, je peux détailler.

J'ai (re)installé il y a peu Ubuntu (9.1) sur une partition de mon disque dur (en // avec XP)
J'en ai profité pour faire quelques tests avec Wine et MicroCartouche. Cela fonctionne assez bien, malgré de petites choses un peu ennuyeuses, comme le non-fonctionnement du presse papier et les lancements et échanges avec des applications externes …
Est-ce que Virtual Box lance un Windows réellement complet ?
Et est-ce qu'il y a possibilité d'échanger des données entre Windows et Ubuntu, le presse papier par exemple ?

Je suis vraiment surpris en bien par cette dernière version. Malheureusement passablement de petits problèmes me sont difficiles à gérer (calibrage d'écran et d'imprimante, driver introuvable, etc …)
Sans être un habitué on y passe vite un temps faramineux, je ne suis pas sûr d'insister ...
Ah oui, je me suis aussi amusé à faire tourner Ubuntu sur une ancienne carte CompactFlash (d'appareil photo), ça fonctionne du tonnerre et c'est bien pratique en cas de dépannage ! :)

ps: Je peux diviser le sujet si ça t'arrange (ça dépend aussi de la suite de la conversation, morille et/ou technique ? :lol: )
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Re: Spores de morilles

Messagede Eddy » 19 Jan 2010 08:21

Bonjour Christian, le forum,

Christian a écrit:Les images "minimalistes" étaient il me semble plus flatteuses

La plupart des clichés que j'ai obtenus avec le mobile étaient des colorations au rouge Congo ou au bleu lactique sur du matériel frais et, de plus, faire le tour des réglages disponibles sur le mobile est assez aisé :lol:

Ici une partie des problèmes vient de la préparation : le milieu de montage est un peu sale, les spores ont été malmenées par le traitement au picroformol, les contours sont clairement moins nets que dans le rouge Congo (sans parler du mélange rouge Congo / phloxine qui donne à elle seule d'excellents contrastes) et la conservation est sans doute moins bonne que dans du baume du Canada avec lutage (la préparation date du printemps dernier).

Cependant, il n'y a pas de mystère, je n'ai pas choisi les meilleurs réglages sur l'appareil photo, faute d'avoir lu tout le manuel, ce qui n'arrange pas le résultat final. Je pense en particulier à la sensibilité ISO, à la balance des blancs, etc. toutes choses qui se régleront avec l'habitude. Donc, pour l'instant, il y a encore des améliorations à apporter. Tu peux voir aussi qu'il y a de la poussière (petits points gris) quelque part sur le trajet optique. Il va falloir nettoyer tout ça.

Dès le printemps j'espère pouvoir faire des clichés sur du matériel frais pour vraiment comparer avec la technique précédente. Mais, d'ores et déjà, cette technique présente selon moi un gros avantage : les images à empiler se superposent parfaitement, contrairement aux prises à main levée avec le mobile. Pour les détails j'attends de voir ce que ça donne sur un montage bien contrasté (mais a priori un capteur à 15 Mpx devrait donner un résultat supérieur à un capteur à 3 Mpx).

Christian a écrit:Pour PhotoAcute Studio, j'ai remarqué aussi le temps passé avec de grosses images ... ouf
(j'avais finalement baissé largement la taille des images à la capture sinon c'était ingérable)

C'est aussi ce que je compte faire. Passer 15 min pour obtenir un cliché n'est pas raisonnable... D'autres logiciels travaillent sans doute plus vite (Zerene Stacker par exemple est beaucoup plus rapide), mais je ne souhaite pas changer pour l'instant.

Christian a écrit:Est-ce que Virtual Box lance un Windows réellement complet ?
Et est-ce qu'il y a possibilité d'échanger des données entre Windows et Ubuntu, le presse papier par exemple ?

Pour le côté informatique maintenant : VirtualBox est un outil de virtualisation. En d'autres termes il permet d'installer un système d'exploitation tiers (il faut donc une licence, contrairement à Wine qui réimplémente un sous-ensemble de l'API Windows). Donc c'est bien le système complet qui est lancé. Pour les échanges, c'est très simple : on crée un dossier dans le système hôte (Ubuntu chez moi) et on le définit comme disque (souvent X: mais on s'en moque un peu) du côté du système invité (Windows XP chez moi). C'est tout ! :)

Seule chose importante : pour pouvoir connecter en USB l'appareil photo dans le système hôte, il faut installer VirtualBox version PUEL et non la version open-source (OSE) qui ne l'implémente pas. J'ai perdu quelques heures à cause de ça. :lol: :oops:

Christian a écrit:Sans être un habitué on y passe vite un temps faramineux, je ne suis pas sûr d'insister


Pour les problèmes de matériel : c'est clairement le gros problème des systèmes d'exploitation exotiques (Linux mais aussi Solaris, FreeBSD, etc.), le plus souvent parce que les constructeurs ne s'embarrassent pas de moins d'1% du parc informatique. Si bien q' il est recommandé de choisir le matériel en fonction du système (quand on a déjà le matériel, c'est moins drôle). Pour ma part je n'ai aucun souci matériel avec la marque Acer, très peu avec Dell, et plutôt beaucoup avec les autres marques que j'ai pu tester. Tu as raison, on y passe des heures et rien ne marche... :grat:

Cordialement,
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Re: Spores de morilles

Messagede PierreBeaud » 19 Jan 2010 16:54

Eddy a écrit: Seulement voilà, comme ces logiciels Canon ne fonctionnent que sous Windows


Avec le Mac, pas de problème pour commander l'EOS depuis l'ordinateur;les applications Canon fonctionnent. En mode Live View, travailler est un vrai plaisir.

Eddy a écrit: L'empilement d'images est toujours réalisé avec PhotoAcute Studio, mais le temps de traitement devient assez conséquent (environ 7 min sachant que chaque cliché fait presque 6 Mio).


J'empile des images lourdes par paquet de 5 à 12 avec Helicon, et franchement le temps de travail est très acceptable. Helicon existe en une version nettement plus rapide que la précédente, et bien plus précise. Regarde leur version d'essai, elle en vaut la peine.

Ton image gagne en vigueur si tu lui corriges les Niveaux en poussant les curseurs noir et blanc jusqu'au pied de la courbe.

spores-morille-7-images-sma.jpg
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Re: Spores de morilles

Messagede Eddy » 19 Jan 2010 17:42

Bonjour le forum,

PierreBeaud a écrit:Avec le Mac, pas de problème pour commander l'EOS depuis l'ordinateur;les applications Canon fonctionnent. En mode Live View, travailler est un vrai plaisir.

Tant mieux mais... n'ayant pas de Mac, je ne peux pas en profiter. :) La solution avec VirtualBox est cependant très confortable une fois installée et permet de faire la même chose en matière de pilotage. Dernier point, et non des moindres : je cherche à limiter autant que possible mon utilisation de systèmes d'exploitation propriétaires. Ici Windows XP est justifié parce que Canon ne fournit pas de logiciels pour Linux, mais de mon côté son utilisation s'arrête là. Si Canon proposait des solutions pour Linux, je ne serais pas contraint d'utiliser XP. Sur le plan technologique, ça ne pose aucun problème puisque de nombreux langages peuvent être compilés sur un large éventail de plateformes. L'obstacle est essentiellement lié à l'homogénéité du parc informatique, dont plus de 95% des ordinateurs sont équipés d'un système produit par Microsoft.

PierreBeaud a écrit:J'empile des images lourdes par paquet de 5 à 12 avec Helicon, et franchement le temps de travail est très acceptable. Helicon existe en une version nettement plus rapide que la précédente, et bien plus précise. Regarde leur version d'essai, elle en vaut la peine.

À creuser en effet. PhotoAcute Studio avait le mérite de bien fonctionner avec Wine sans nécessiter Windows XP et VirtualBox, et la version pour mobiles était très modique (moins de 20€). Reste à voir du côté des artefacts, mais j'ai entendu dire que Helicon est un très bon logiciel donc je pars avec un a priori favorable.

PierreBeaud a écrit:Ton image gagne en vigueur si tu lui corrige les Niveaux en poussant les curseurs noir et blanc jusqu'au pied de la courbe.

Avec le mobile je ne retouchais quasiment jamais mes photos. J'espère arriver à la même chose (ou presque) avec l'appareil photo Canon. Donc pour l'instant ce n'est pas ma priorité. Je préfère rester au plus proche de ce que je photographie, quitte à investir plus de temps dans les colorations que dans le post-traitement informatique de l'image. Selon moi les retouches a posteriori traduisent souvent un échec relatif des étapes précédentes (coloration, montage, mise au point, réglages divers).

Cordialement,
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Re: Spores de morilles

Messagede Christian » 21 Jan 2010 17:48

Merci Eddy pour les diverses précisions :)
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Re: Spores de morilles

Messagede Eddy » 21 Jan 2010 19:57

Bonsoir Christian, Pierre, le forum,

Après un nettoyage minutieux du projectif et de la tête trino, je m'aperçois que les poussières visibles sur les clichés sont probablement à chercher du côté de l'appareil photo... d'où ma question : avez-vous une astuce pour réduire l'accumulation de poussière au moment du démontage de l'objectif, le temps de fixer le boîtier de l'appareil photo sur la bague T2 ? Pour le nettoyage avec une poire et du papier non abrasif c'est ok (en plus du dispositif intégré à l'appareil, pas des plus efficaces), comme pour le microscope, mais s'il y a un moyen de limiter l'entrée de poussières je suis preneur.

Cordialement,
Eddy
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Re: Spores de morilles

Messagede PierreBeaud » 21 Jan 2010 20:31

Salut Eddy
Eddy a écrit:Pour le nettoyage avec une poire et du papier non abrasif c'est ok (en plus du dispositif intégré à l'appareil, pas des plus efficaces), comme pour le microscope, mais s'il y a un moyen de limiter l'entrée de poussières je suis preneur.


Dans un premier temps, tenir le boîtier ouverture en bas.... et utiliser un petit aspirateur de table (ramasse-miettes électrique), c'est un gadget mais cela ne prend pas trop de place et se manipule à une main; tu donnes un coup d'aspirateur avant d'enlever l'objectif, un avant et après le montage de la bague T, et encore un avant l'installation sur le micro. A essayer avant de t'installer dans une cage de Faraday. :lol: Bon courage, l'ennemi est tenace.
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Re: Spores de morilles

Messagede Christian » 22 Jan 2010 09:04

Re Eddy, Pierre,

Oui, les poussières que l'on voit sur les deux clichés me semblent être typiques de saletés sur le capteur ! (points très nets) *
Je ne peux qu'appuyer les conseils de Pierre pour ce qui est des précautions à prendre (ouverture boitier (propre) en bas et dans de bonnes conditions), en revanche je mettrais une grande réserve sur l'aspirateur, même de table !
Ces appareils brassent de l'air ! Il faut bien que l'air aspiré sorte à quelque part et c'est potentiellement source de pollutions pour le capteur.
Idem avec les poires, on fait que déplacer l'ensemble des poussières et on en amène de nouvelles. Je pense qu'il est préférable d'utiliser un chiffon microfibre qui accroche les saletés (boîtier et fût d'objectif), et de laver ce chiffon régulièrement.

Je ne connais pas de système qui empêcherait totalement l'entrée de ces poussières, si les constructeurs ne placent pas un verre à l'entrée, j'imagine qu'il existe des raisons ...
De ce que je peux constater avec mon reflex actuel, le système de nettoyage automatique, si fait régulièrement, est assez efficace.
Par contre, il sera bien incapable d'enlever des taches ou des poussières collées suites à des condensations ou autres vapeurs indésirables !
Là, seul un nettoyage manuel sera adapté. C'est pas si difficile et est à la portée de toute personne soigneuse. Il ne faut pas oublier non plus que c'est le filtre passe-bas qui est concerné, ce dernier étant conçu pour résister à une maintenance.

* Un test est très simple à faire : Il suffit de photographier le ciel ou un mur blanc en fermant le diaphragme au maximum (iso au plus bas).
Après développement on peut augmenter le contraste pour bien mettre en évidence ces poussières. Cela permet de faire une carte des polluants, carte qui est d'ailleurs utilisable avec certains logiciels pour les soustraire ! (Iris par exemple)
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Re: Spores de morilles

Messagede Eddy » 22 Jan 2010 16:00

Bonjour Christian, Pierre, le forum,

Merci pour ces précisions. :) Je vais suivre vos conseils pour limiter la présence de poussières.

Cordialement,
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