Il me semble qu'il ne faut pas confondre déconvolution et "empilage" (ou "stacking"). Ce sont des opérations bien différentes même s'ils sont fréquemment combinées en microscopie moderne.
La déconvolution est une transformation mathématique permettant par exemple d'inverser une transformation de Fourier. Une image avec diffraction étant une transformée de Fourier de l'image théorique sans diffraction, la déconvolution permet plus ou moins de neutraliser les effets de la diffraction et donc d'améliorer la résolution de l'image. (Mais il faut pour cela établir un modèle de diffraction afin de l'appliquer et d'en supprimer les effets sur l'image. Ce modèle de diffraction peut être fourni au logiciel, connaissant les caractéristiques de l'objectif du microscope, ou bien déterminé expérimentalement par itérations avec le logiciel.)
L'empilage ou stacking avec Helicon Focus ou CombineZM est bien différent. Il permet de reconstituer une image nette d'un objet en 3D à partir d'une succession de prises de vue à faible profondeur de champ de l'objet selon des plans parallèles. Cette opération s'effectue en deux étapes :
1. Regroupement sur une seule image des éléments nets détectés sur les différentes prises de vue.
2. Comblement par interpolation des zones de l'image laissées vides.
Pour améliorer le résultat, on pourrait très bien effectuer une déconvolution des images avant d'en effectuer l'empilage (pardon le stacking
), mais Helicon Focus ou CombineZM ne sont à ma connaissance pas prévus pour faire cela.La confusion entre stacking et déconvolution peut provenir du fait que ces deux procédés sont étroitement associés lorsqu'il s'agit de produire des images en 3D à la façon par exemple d'une IRM. Vue dans l'espace, la tache centrale de diffraction n'est plus un cercle mais un ellipsoïde dont le grand diamètre selon Z, c'est à dire selon l'axe du microscope, est facilement 10 fois plus grand que les petits diamètres selon X ou Y, c'est à dire selon le plan de l'image du microscope. Par exemple, si un objectif à 5000 ou 10000€
parfaitement corrigé permet d'atteindre la résolution théorique de 0,2µm en largeur, sa résolution en profondeur sera environ 10 fois plus faible, soit 2µm ! La déconvolution est donc quasiment nécessaire si on veut obtenir une résolution correcte en Z.Mais ce n'est pas un problème ! Un microscope moderne est piloté par un ordinateur qui commande l'acquisition des image selon des plans parallèles successifs, puis effectue le stockage et le traitement de ces images. Le logiciel inclue donc tout naturellement une fonction de déconvolution qui semble être un objet très banal aujourd'hui.
On est donc tenté d'appeler à tort "déconvolution" toute opération de traitement d'une pile d'images, alors que ce n'est en fait qu'une fonction particulière de ce traitement visant à améliorer la résolution des images finales. On peut faire de l'empilage seul (ex. Helicon Focus ou CombineZM), de la déconvolution seule (ex. astronomie avec le logiciel IRIS ou autre) ou bien de la déconvolution combinée avec de l'empilage ou de l'imagerie 3D (ex. microscopie confocale).
