Compilation d'image

Tout ce qui concerne les manipulations et traitement d'images (numériques et pourquoi pas argentiques !)
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Re: Compilation d'image

Messagede toucan » 26 Sep 2009 09:08

Bonjour à tous, bonjour André,

Merci André pour tes considérations concernant la compilation des images. :D :D :D
Il est toujours très intéressant de confronter les expériences de chacun.
Oui les zones sombres qui entourent l’image ne sont pas les bienvenues.
Parfois on arrive à les éliminer mais au détriment de détails internes, qui alors disparaissent !
En dehors du type d’éclairage choisi, ces zones périphériques sombres ne sont-elles pas dues à un medium trop épais dans lequel est baigné l’objet ? :o
Je crois avoir déjà posé cette question, mais elle restée sans réponse.

Concernant ta question de savoir si j’ai utilisé un éclairage oblique :
Je crois que oui !
Mais ceci devrait faire l’objet d’un autre post.

Amicalement

Jean-Pierre
Jean-Pierre nous a quitté le 21 juin 2014, nous regrettons douloureusement sa disparition.
Merci encore à lui pour ses riches participations
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Re: Compilation d'image

Messagede André » 28 Sep 2009 03:40

Bonjour Jean Pierre

Je ne pense pas que le médium soit en cause: les Pinnularia sont des diatomées épaisses, bombées et très silicifiées ce qui aurait pour effet de générer ces grosses ombres latérales surtout si tu utilises la lumière oblique, qui n'est pas indispensable pour Pinnularia.
Je te conseille de faire des essais avec une Gyrosigma par exemple qui sont plus plates et nettement moins silicifiées: je suis sûr que tu n'obtiendras pas ces ombres gênantes ......voir aussi : viewtopic.php?f=57&t=4259&p=19660#p19660.
Amicalement
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Re: Compilation d'image

Messagede Eddy » 09 Oct 2009 05:27

Bonjour le forum !

André a écrit:Je trouve le résultat par helicon meilleur que Combine Z, ce que j'ai d'ailleurs aussi remarqué pour mes compilations.
J'ai dû abandonner Combine qui a le gros avantage d'être gratuit et acheter helicon !


Pour ma part j'ai également abandonné CombineZM qui fonctionnait mal avec Wine (compositage OK mais le résultat ne s'affichait pas à l'écran. Seule solution, enregistrer...). J'ai donc testé un autre logiciel certes moins alléchant (pas libre, payant) mais qui a le mérite de fonctionner très bien sous les 3 principaux OS : PhotoAcute Studio (http://www.photoacute.com/).

Ce logiciel sert à faire du compositage, bien entendu, mais aussi de l'augmentation de résolution à partir du modèle d'appareil photo utilisé. Pour autant que je l'ai testé, on obtient un petit peu moins d'artefacts qu'avec CombineZM et un résultat plutôt bon pour 7-8 images à empiler. L'ordre des images a son importance et il est préférable d'en avoir une qui couvre plus de netteté que les autres (image « principale »). Avec moins d'images, il reste souvent des zones floues. Au-delà le cadrage varie généralement trop et les alignements calculés par le logiciel créent des artefacts plus ou moins marqués.

Au niveau du prix, la version de base (augmentation de résolution limitée aux téléphones mobiles) tourne autour de 20$, ce qui reste abordable. C'est plus cher si on veut avoir accès à l'augmentation de résolution pour des appareils photos compacts ou à objectifs interchangeables. Par contre toutes les versions du produit proposent le compositage.

Cordialement,
Eddy

PS : ce message ne cherche bien entendu pas à faire de publicité pour une société à laquelle je ne suis lié en aucune façon.
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Re: Compilation d'image

Messagede Christian » 09 Oct 2009 16:21

Bonjour Eddy,

Est-ce que les images que tu nous as présenté sur le forum (au tél. portable) ont été traitées avec ce logiciel (PhotoAcute Mobile) ?
Ajout: Je l'ai téléchargé en essais. Première impression, les temps de calcul sont extrêmement longs ! Mais les possibilités semblent très intéressantes.
Bien amicalement, Christian
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Re: Compilation d'image

Messagede PROVENCE » 09 Oct 2009 18:02

Bonsoir à tous,

Personnellement, j'utilisais la version lite de Hélicon focus, mais je viens de passer à la version Pro beaucoup plus complète car je suis vraiment content de ce logiciel, par contre la stabilité du microscope lors de la prise des photos doit être parfaite pour éviter les vibrations et le déplacement vertical rigoureusement perpendiculaire à l'axe objectif / prise de vue (caméra, appareil photo) et dans tous les sens, pour éviter les que les photos ne se décalent et crées des artefacts.
Par contre, avec ses logiciels, il faut être très rigoureux lors du résultat des compilations pour ne montrer que des images proches de nos observations car il est très facile de faire de l'art (présentation 3D en particulier, embellissement excessif de l'image finale, changement des couleurs et des formes), ce qui ne correspond pas, à mon avis, aux objectifs de ce forum.
Cordialement
Claude
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Re: Compilation d'image

Messagede Eddy » 17 Oct 2009 12:23

Bonjour Christian, tous !

Désolé de répondre aussi tard... :?

Christian a écrit:Est-ce que les images que tu nous as présenté sur le forum (au tél. portable) ont été traitées avec ce logiciel (PhotoAcute Mobile) ?

Oui, la plupart des photos (microscopie uniquement) que je vous ai présentées ont été traitées avec ce logiciel. Les toutes premières étaient traitées avec CombineZ. Le temps de calcul est ennuyeux et il ne faut pas être trop pressé (2 bonnes minutes pour 8-9 images chez moi). Mais on peut le lancer en ligne de commande avec un script. En gros tu peux ranger les images à empiler ensemble dans des dossiers séparés, puis lancer le logiciel automatiquement dans chaque dossier. C'est vraiment sympa. Je ne sais pas si certains d'entre vous connaissent bien bash et la console GNU/Linux. En tout cas voilà le script que j'utilise :

Code: Tout sélectionner
PhotoAcute="/home/eddy/.wine/drive_c/Program Files/PhotoAcute/PhotoAcute.exe"

for ELT in $(ls); do
  if [ -d "$ELT" ]; then  # Ne traiter que les dossiers.
    echo -n "Focus stacking: Dossier $ELT... "
    OUT="output-$ELT.jpg" # Nom du fichier de sortie.
    cd "$ELT"
    # La signification de ces paramètres peut être obtenue avec PhotoAcute -help
    # En gros on choisit les paramètres de focus stacking puis on donne tous les
    # fichiers contenus dans le dossier $ELT (avec $(ls)). La sortie standard et
    # l'erreur standard sont redirigées vers la poubelle (&> /dev/null) dans mon
    # cas car Wine écrit beaucoup de choses qui ne m'intéressent pas...
    wine "$PhotoAcute" -m1 -p17 -r3 -e0 -f1 -a1 -k0 -g1 -o$OUT $(ls) &> /dev/null
    cd ..
    echo "Terminé ($OUT)"
  fi
done


Et voici ce que le script me donne en sortie :

Focus stacking: Dossier stack1... Terminé (output-stack1.jpg)
Focus stacking: Dossier stack2... Terminé (output-stack2.jpg)

Évidemment il arrive quelquefois que la sortie ne me convienne pas du tout parce que les paramètres standard du script donnent une image finale de mauvaise qualité...

PROVENCE a écrit:la stabilité du microscope lors de la prise des photos doit être parfaite pour éviter les vibrations et le déplacement vertical rigoureusement perpendiculaire à l'axe objectif / prise de vue (caméra, appareil photo) et dans tous les sens, pour éviter les que les photos ne se décalent et crées des artefacts

C'est clair, surtout si on prend les clichés en collant l'objectif contre un oculaire. Là, dès que le microscope bouge un peu, ça devient impossible et les structures sont toutes dupliquées. L'ivresse sans l'alcool ! :lol: :) Je pense que ce n'est pas raisonnable avec des microscopes très légers ou à potence inclinable. Même si j'avais beaucoup hésité lors de l'achat, je suis rétrospectivement content de mon OPTIM dont le statif fait presque 7 kg.

Ci-dessous une image avec (hélas :( ) quelques traits qui naissent et meurent sans raison... mais là les mouvements sont dus essentiellement à la pression exercée par l'objectif sur la lamelle par l'intermédiaire de l'huile à immersion. Contre cela il y a plusieurs solutions : les objectifs à sec (évidemment), la gélato-glycérine, le chloral-lactophénol (hélas inutilisable avec le Rouge Congo...), etc.

output-stack-small.jpg
Exif et Meta MicroCartouche output-stack-small.jpg (89.79 Kio) Vu 1693 fois

Melastiza chateri, ascospores x1008 (Rouge Congo SDS + Phloxine B)
La balance des blancs est réglée sur « Incandescent ». 5 images fusionnées.


Cordialement,
Eddy
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Re: Compilation d'image

Messagede Christian » 17 Oct 2009 15:09

Bonjour Eddy, tous,

Merci pour ces explications.
J'ai refait quelques essais hier soir avec Photo Acute (dont la série d'images de PierreH > viewtopic.php?f=60&t=4233&start=110#p20171). Ce logiciel me plait de plus en plus, surtout ses nombreuses possibilités comme la "super-résolution" et les traitements anti-bruit, la correction des ab. chromatiques.
Dommage tout même pour la lenteur des calculs : Plus de 10 minutes pour la série de Pierre sur un Pentium 4 de 3.4 ghz + 2 Go de ram (!) et le prix un peu élevé.
(astuce, il est possible de faire des captures d'écran pour éviter le logo de démo à l'enregistrement ;) )

Pour les scripts, existe t'il une possibilité sous Windows ?
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Re: Compilation d'image

Messagede Eddy » 17 Oct 2009 16:27

Bonjour Christian, tous !

Christian a écrit:Ce logiciel me plait de plus en plus, surtout ses nombreuses possibilités comme la "super-résolution" et les traitements anti-bruit, la correction des ab. chromatiques.

Effectivement il a de nombreuses fonctionnalités qui sont un atout mais, comme tu le soulignes par ailleurs, son prix est assez élevé dès que l'on veut avoir la version complète avec support du format RAW et des appareils photos à objectifs interchangeables. Il n'y a que la version pour tél. mobiles qui soit vraiment dérisoire.

Christian a écrit:Pour les scripts, existe t'il une possibilité sous Windows ?

Sans aucun doute. N'ayant plus utilisé ce système depuis longtemps, je me renseigne auprès de collègues pour voir si on peut avoir un équivalent MS-DOS simple (fichier .bat exécutable simple). Si ce n'est pas faisable avec cette antiquité de MS-DOS il sera toujours temps de se tourner vers un script Python ou du VB.

Cordialement,
Eddy
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Re: Compilation d'image

Messagede Eddy » 18 Oct 2009 08:25

Bonjour le forum !

Voici un début de script pour Windows. Il suffit de placer ça dans un fichier script.bat et le lancer avec command.exe (de mémoire il faut utiliser call script.bat dans l'invite de commande). Attention : il faut modifier le chemin d'accès à PhotoAcute... normalement vous devriez avoir quelque chose comme C:\Program Files\PhotoAcute\PhotoAcute.exe.

Code: Tout sélectionner
@echo off
dir /AD/B > tmp.txt
for /f %%i in (tmp.txt) do (
  echo Dossier %%i :
  cd %%i
  start PhotoAcute.exe -m1 -p17 -r3 -e0 -f1 -a1 -k0 -g1 -ooutput-%%i.jpg *.jpg
  cd ..
)
del tmp.txt


Cordialement,
Eddy
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Re: Compilation d'image

Messagede Christian » 21 Oct 2009 14:23

Re Eddy,

Je n'avais pas compris que l'on pouvait directement saisir les paramètres sur une ligne de commande.
Dans ce cas n'importe quel "lanceur" devrait pouvoir faire l'affaire, y compris les icônes (raccourci) de windows ... à tester.
Bien amicalement, Christian
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