Quelques considérations sur les pdv de Diatomées

[Djotchi]

Hello
Pour la vectorisation - procédé que je connais un peu puisque je dessine avec Illustrator - je serais curieux de voir ce que ça donne (dans un autre topic ?) - l'idée est d'obtenir un genre de dessin au trait ?
Sur les formes "simples", comme la Diatomée sujet de ce topic, ça doit pouvoir le faire.
Sur des monstres à résoudre, genre Amphipleura, Gyrosigma, j'ai un peu du mal à y croire.

J'ai cette idée d'un topic sur la vectorisation des diatomées , mais j’attends d'avancer un peu sur le sujet !

[Fredlab]

Hello

Pour les 02/05/10/11, on voit juste l'image à 100%, un peu comme si on cliquait - ICI - et on cliquait sur la petite loupe...
Ton capteur est déjà sale, ou bien est-ce la préparation ?
C'est la plaie du numérique si le capteur est non protégé.

Oui, le capteur a quelques cochonneries... rien de bien grave.
Je l'ai nettoyé (voie humide) il y a peu, mais je n'arrive jamais à 100% de propreté.
Il est clair que les capteurs (de grande taille en plus) non protégé - j'ai essayé de trouver des solutions à base de filtres pour fermer l'équivalent de la chambre reflex (sur un compact à objectif interchangeable, je ne sais pas comment ça s'appelle), mais ça n'est pas évident - c'est la plaie.
Mon trajet optique n'est pas 100% clean... un jour peut-être, j'aurais un labo aussi propre qu'une salle blanche, à ce moment là, je ferai un nettoyage complet de tout le microscope, mais là, dans un bureau où il y a un va et vient permanent (rez-de-chaussée, ordinateur familial + lieu de travail + lieu de remise à niveau de matériel d'occase...), je suis condamné à nettoyer les images. Ca reste supportable... mais peut-être que le jour où je chercherai à résoudre les ornementations les plus fines, il faudra que je fasse autrement.
Qui sait, en jouant au loto (lol), je pourrais me payer un jour de quoi faire un labo dans mon garage + l'achat d'un microscope neuf parfocalisé à l'infini avec DIC & cie...
Pour la préparation, ça n'est pas nickel non plus -> lame de 1940, déjà bien utilisée... dépôt avec pas mal de saletés dedans. Nous sommes loin d'une préparation à la Dominique Prades avec des Diatomées déposées une par une.

(nous verrons jusqu'où ira ce topic... il peut être très long car au-delà des objectifs achromatiques, apochromatiques... les condenseurs (aplanétique, achromatique... j'ai trois modèles différents) - je dois pouvoir travailler avec des pas bien inférieurs au micromètre lors de séances de stacking automatisé et en dernier ressort, on pourra toujours essayer des éclairages avec des longueurs d'onde bien précises)

[Maraussan]

Cela fût fait, et l'amélioration ultime consiste à monter un collecteur d'illumination plan Achromatique (un vrai, pas une lentille asphérique seule). C'est la star des gros labos avec les dernières générations d'objectifs en immersion...

[Fredlab]

Cela fût fait, et l'amélioration ultime consiste à monter un collecteur d'illumination plan Achromatique (un vrai, pas une lentille asphérique seule). C'est la star des gros labos avec les dernières générations d'objectifs en immersion...

euh... est-ce accessible pour un amateur ?
peut-on trouver ce genre de chose pour un BH-2 ?

on peut aussi acheter un MEB (il y en a un sur le bon coin, stocké quelque part dans ma petite ville - pour 6000 euros... pas plus cher qu'un microscope infini neuf...)

Mon équipement est très correct. Je l'ai obtenu brique après brique, en passant des heures à chiner sur internet... pas les moyens de faire autrement, mais j'ai conscience qu'il commence à dater (TL 160) et qu'avec l'âge, il a pris des défauts supplémentaires. Les chemins optiques ne sont pas sans poussières (et il y a des poussières impossibles à déloger), les alignements ne sont peut-être plus optimaux. Quand un condo vient d'un microscope, un objectif vient d'un autre, une tête trino vient encore d'un autre... que l'on passe son temps à changer de condo, de photoscope, de source de lumière (ma LED actuelle est un pur DIY), il devient difficile de lutter contre un microscope neuf, réglé en usine, manipulé par un seul opérateur... professionnel...
Bref, l'idée de ce topic est de pousser le matériel dans ses derniers retranchements, avec les limites sus-citées.
Alain, si tu veux m'envoyer un BX 63* avec optiques UIS2 apo + DIC + photoscope qvb... pas de problème, j'essaierai aussi d'en tirer la quintessence.

* ou l'équivalent en Nikon, en Leitz, Zeiss... je ne suis pas sectaire

[Djotchi]

Bonjour,

Je ne sais si le matériel photonique permettra de résoudre les problèmes de prises de vues de diatomées.

Je suis amateur de diatomées et ayant peu d'ouvrage de référence pour la détermination, je consulte les sites spécialisés sur le net et force de constaté le manque de qualité photographique des sujets, sur les sites nord américain et autres qui disposent de matériels autrement plus sophistiqué que nos BH2 et Leitz Diaplan (que j’attends ).

J'ai constaté sur ce forum, des clichés de diatomées d'André, de Paüle, de Fredlab et quelques autres d'une qualité que peuvent envier bon nombre de sites spécialisés disposant de matériels trés sophistiqués.

Évidement, disposé d'un BX63 en SAPO a immersion peut améliorer la qualité par rapport a un BH2 en Splan éclairé avec une led a 3 balles, mais la différence n'est vraiment pas flagrante !! et ne résout en aucun cas les problèmes de prises de vus de diatomées, surtout les petites , 5, 10 et 20 microns !!

Si quelqu'un a accés a un microscope récent de labo , qu'il nous fasse une démo, avec échelle ! , et pas un crop sur les aréoles d'une diatomée de 300 microns.

Je remarque que certains sites (souvent Nord américain) passe directement en vu MEB lorsque l'ont recherche a déterminer une diatomée, si ils ont ces moyens, ils doivent aussi disposé de microscopes sophistiqués, alors pourquoi du MEB ?

Par curiosité, allez voir sur Youtube le mode de préparation des objets a passez dans un MEB, c'est du délire .

N'est-ont pas, comme je l'ai lu , a la limite du microscope photonique ?

Mais pour être honnête, c'est un peu la recherche du Saint Graal, que de passion réconfortante.

Je ne pensais pas qu'un jour , a plus de 60 ans, je ressortirais un ouvrage de physique

Continuons bien évidement ,

http://westerndiatoms.colorado.edu/taxa ... acuminatum
http://westerndiatoms.colorado.edu/taxa ... is1/lm/6/6

[Fredlab]

L'idée du topic est là : comment faire pour tirer le maximum de son matériel ?
En espérant que ces recherches donnent des résultats sous forme d'images plus qu'acceptables.
Des images qui permettent non seulement la détermination, mais qui soient aussi satisfaisantes techniquement : nettes, bien exposées, tirables en grand.

Toutes les suggestions sont les bienvenues.
Si ensuite des "débutants" utilisent les infos du topic pour à leur tour, tirer le meilleur de leur matériel, alors ça n'aura pas été inutile.

(perso, arriver à maitriser bon nombres de paramètres pour faire de "super" clichés de Diatomées, ça sera bien - je me pose pas mal de questions sur l'intérêt du stacking, du DIC... je vais faire des piles, comme ça, il y aura forcément les photos utiles - je finirai peut-être pas savoir lesquelles...)

[Maraussan]

Bonjour,
nous sommes parfaitement d'accord.
Mais la recherche de la définition ultime en microscopie photonique (applicable au quotidien dans les labos) ne concerne pas (ou très peu) la photographie des squelettes de diatomées. C'est vers la biologie fondamentale, et la recherche médicale que les applications sont immédiates, et dans des domaines où le microscope électronique (à transmission ou à balayage) n'est absolument d'aucune utilité car inapplicable sur le vivant ...

[BINO-BONI]

Bonjour
J'approche le sujet pour apporter ma modeste contribution qui résulte de ma petite expérience. Je ne veux pas donner un cours mais simplement rappeler des évidences.

Sur les microscopes: j'en suis au 9 ième que j'ai plus ou moins démonté mais toujours nettoyé soigneusement. je suis donc particulièrement attaché à la qualité du "fond" du cliché.
Donc règle n°1: Le chemin lumineux et le chemin optique doivent être en permanence irréprochables ce qui veux dire:
- règle n°2 nettoyer régulièrement les optiques exposées: oculaires, projectifs etc.
- règle n°3: COUVRIR LES MICROSCOPES avec une housse dès qu'ils ne sont plus utilisés. Si vous ne disposez pas des housses d'origine, pour les microscopes de grande taille, un truc: demandez une ou deux grande hausses au service de sécurité qui se trouve à l'entrée des grandes enseignes d'Hyper, (vous savez ceux qui vous enveloppent vos achats avant de rentrer dans le magasin) et ils vous en donneront sans rechigner mais à condition de leur demander en SORTANT du magasin. Les plus grandes tailles de ces housses sont réellement XXL
- règle n° 4 : Procèder régulièrement à des shots à blanc avec une lame propre ou sans lame pour d'identifier les taches et leurs origines.

Voir aussi le positionnement du condenseur, que je considère comme la vraie bête noire car toujours envahi de poussières car largement exposé et très difficile à nettoyer correctement.

Il ne sert à rien de posséder des rolls si c'est pour obtenir des clichés qui sont sont envahis par les tâches de poussières lesquelles obligent à passer des heures sur photoshop pour les rendre acceptables.

Pour les réflex,
- règle n°5: NE JAMAIS LAISSER L'APPAREIL SANS OBJECTIF. (c'est souvent rappelé sur les forums spécialisés) et ne jamais laisser le tube trino non couvert (sans appareil ou bouchon).

Je ne parle pas des points évidents concernant la qualité de la préparation, la propreté des lames etc...

ALors après ça, vous pouvez alors envisager avec sérénité d'acheter l'objectif APO de vos rèves, infini avec une ouverture de 1.98 à 3000 € pour traquer le poil de détail des diatomées.

Au sujet du stacking, même si cette technique apporte un "plus" incontestable dans beaucoup de situations, j'ai pu vérifier (pas sur les diatomées ) que ce n'est pas toujours vrai! . Sujet à débattre.

[Fredlab]

Disons que le topic porte sur les Diatomées... le genre de sujet qui peut être facile à faire (ou difficile quand ces fameuses diatomées sont minuscules et/ou avec des ornementations délicates)
Les Diatomées sont accessibles aux amateurs.
De même, des coupes dans le végétal sont aussi accessibles.
Les protozoaires, ça semble aussi accessible.
Pour la pétrographie, rien de bien difficile (à condition de trouver des lames)

Après, pour l'animal, les contraintes sont telles qu'effectivement, on change de calibre.
les colorations, les inclusions (le microtome...), la fluorescence, l'immunofluorescence, la microscopie confocale... c'est une histoire de pro.

[Fredlab]

Hello

Je reprends le fil avec une autre problématique (mais je reviendrai sur les histoires de balance de blanc), l'exposition.
Cette fois-ci, je pars avec une seule photo avec un Olympus SPlan Apo 60/1,4 à la place du 40x.
La profondeur de champ est courte, mais bon, pour le moment, on fait avec.

La balance de blanc est "perso" (deuxième série d'images au début du topic)
Au 1/1000 de secondes, on obtient

13 -

alors qu'au 1/500

14 -

Sur des images peu contrastées, je crains avant tout les zones cramées et je compte sur le post-traitement pour récupérer des zones claires. Il me semble de sous-exposer un peu, mais j'aurais peut-être dû prendre aussi une photo avec une vitesse encore plus lente (1/125 ?).
Quand on remonte les IL, on fait malheureusement apparaitre du bruit... numérique (du grain) ou chromatique (des pixels de couleur dans les zones sombres et/ou à faible contraste)
Voyons à quel point.

15 -
(crop à 100% des deux images ci-dessus)

16 -
(en faisant "niveaux automatiques")

-> la photo la plus sous-exposée est celle qui présente le plus de bruit (chromatique)
Un passage en N&B va gommer le bruit chromatique

17 -
(mais globalement, ça reste bien sous-exposé... il manque beaucoup de pixels clairs)

18 -
(suggestion de correction par "niveaux")

19 -

-> la remontée de la lumière se fait au prix d'une apparition importante de grain... autant dire qu'avec des Diatomées difficiles à résoudre, ça ne va pas aller.
Je suggère de regarder l'histogramme des différentes vues test et faire en sorte que l'exposition soit plus à droite qu'à gauche. Il est plus facile, moins gâchant, de faire apparaitre des pixels sombres que d'éclaircir une image.
Par ailleurs, un tel niveau de granularité entrainera des résultats catastrophiques en cas de stacking.

On peut tenter le coup avec "NeatImage"
20 -

Ca passe... mais les ornementations sont de bonne taille.
Je n'ose pas imaginer les perles d'une Surirella à l'issue d'un tel traitement.