Quelques considérations sur les pdv de Diatomées

[Fredlab]

Hello

Je démarre un fil pour essayer de montrer quelques aspects techniques liés aux prises de vues de Diatomées.
Je n'ai pas fait tout le tour de la question, d'autres membres du forum font tout aussi bien (mieux même), mais comme j'ai sorti la "grosse Bertha" à l'occasion de l'exploration de lames vintage achetées sur ebay, j'ai décidé d'aller un peu plus loin que de simples déclenchements... voyons ce que ça donne, voyons comment peut-on procéder pour améliorer la qualité des photos de Diatomées, voyons comment les uns et les autres peuvent procéder.

Avant de poster des images dans d'autres posts, je précise le matériel
Olympus BH2-S avec LED de puissance, froide (références ?)
Condenseur aplanétique ON 1.4 - fond clair, contraste interférentiel (prismes pas totalement adaptés aux objectifs utilisés), éclairage oblique (DIY, sans doute améliorable - un disque modifié dans le carrousel du condo)
Objectifs apochromatiques, à immersion (immersion totale)
Réglage de Kohler
Projectif NFK 2,5x
Photoscope : Sony NEX 5N dans un premier temps - en mode manuel, 200 isos, rideau avant sur "ON" (obturation électronique), déclenchement à la télécommande infra-rouge - nous verrons les réglages de la balance de blanc.

La lame utilisée date de 1940 - prélèvement dans la rade de Cherbourg - le medium est du baume de Tolu.

[Fredlab]

Première série : juste une photo prise sur un petit sujet de la famille des Biddulphiacées - au 40x DApo 1,3
Pas de difficulté pour résoudre les ornementations.
(on va se reposer sur ce travail préalable pour attaquer des sujets plus difficiles)

En lumière "normale" - fond clair - le boitier est en balance de blanc auto - 1/1000

01 -
(j'ai bien du mal à comprendre une telle dérive - aux oculaires, il y a juste une légère dominante jaunâtre, mais globalement, on a l'impression d'avoir du gris très clair - peu d'aberration chromatique, ce qui semble bien normal)

02 -
(vue à 100% et histogramme)

Un des traitements basiques que je peux faire, avec photoshop, c'est "Niveaux automatiques" - ça donne une tendance que par la suite, soit j'annule, soit j'édite (on peut aller de 0 à 100% d'edit)

03 -

Le rendu n'est pas mauvais, mais tout de même, cette dominante verdâtre, ça fait pas terrible.
Essayons de voir ce que donne une correction de la bdb avant la prise de vue.
(prochain post)

[Fredlab]

Avec le Sony NEX 5N, il est possible de définir une balance de blanc.
Soit ça se fait à la main, soit on prend une vue virtuelle et le boitier se charge de faire le calcul.
Pour le moment, j'ai choisi cette dernière méthode... nous verrons s'il faut entrer dans les détails du fonctionnement du boitier pour améliorer encore les choses.

Après avoir fait la manip nécessaire - le NEX signale quand même qu'il n'a pas réussi à faire quelque chose de correct - voilà ce que donne une photo prise dans les mêmes conditions que précédemment

04 -

Ca me semble bien mieux

05 -

Il subsiste un certain chromatisme, mais c'est plus neutre.
Par contre, on est loin d'utiliser toute la dynamique du capteur.
(mais c'est peut-être un peu lié au type de sujet)

En faisant "niveau auto"

06 -

hum... certes, l'image est plus contrastée, mais au niveau des tons, c'est un peu la foire.

Passons en N&B
après tout, les frustules sont en silice, incolore et le médium est monochrome.
(prochains posts)

[Maraussan]

Fredlab :
Olympus BH2-S avec LED de puissance, froide (références ?)
hum... certes, l'image est plus contrastée, mais au niveau des tons, c'est un peu la foire.

Bonjour,
n'aurais-tu pas un spectre émissif de Led totalement foireux ??
Ne pourrais-tu pas tester et comparer avec l'illumination halogène d'origine ??

[Fredlab]

Je n'ai pas trouvé de mode monochrome sur le boitier (pas trop cherché non plus...)
de toutes façons, ce boitier a un capteur CMOS avec matrice de Bayer, des photosites pour capter différentes longueurs d'onde et pour restituer une image en couleurs.

Les questions que l'on peut se poser sont : le passage en N&B doit-il se faire avant toute retouche préalable ou doit-on faire les retouches en premier puis on passe en N&B ? quelle est la meilleure façon de convertir une image couleur en image N&B ? faut-il régler les problèmes de balance de blanc au préalable ? que peut apporter l'ajout d'un filtre monochrome ? (j'ai un Olympus IF 550 qui ne laisse passer que du vert foncé)

Dans un premier temps, la conversion en N&B sera simple, j'ai juste changé le mode avec photoshop "couleur RVB -> Niveaux de gris"

07 -
(balance de blanc auto (voir image 01), passage en N&B)

08 -
(bdb perso (image 04), passage en N&B)

[Fredlab]

Re

n'aurais-tu pas un spectre émissif de Led totalement foireux ??
Ne pourrais-tu pas tester et comparer avec l'illumination halogène d'origine ??

Ma LED a été utilisée pour faire ce site, visualisé par des universitaires en géologie... je n'ai jamais eu de remarques sur des teintes foireuses - j'en conclus donc que le spectre de cette LED est correct... mais entre ces vues de lames de roche et les photos de Diatomées, j'ai changé un paramètre : la balance de blanc, justement - pour les lames de roche, je l'ai fixée à une valeur donnée (je ne l'ai plus en tête... un certain nombre de "K") alors que pour les diat', je laisse faire le boitier.
J'ai bien pensé à reprendre l'halogène 100W d'origine, mais ça me fait quelques opérations de plus.
Pour le moment donc, je reste à la LED.
(un comparatif avec l'halogène sera intéressant quand on passera à des Diatomées plus délicates et/ou avec l'utilisation du filtre IF550 qui est certainement plus calibré pour un spectre style ampoule halogène que LED au spectre exotique)

[Fredlab]

Le passage en N&B, sans chercher de complications (je n'ai pas fait de manip particulière, juste un clic), arrange bien les choses.

Dans les deux cas, si je fais "niveau auto", on se retrouve avec une image assez contrastée - montrable.

09 -
(bdb perso - passage en N&B - niveau auto)

10 -
(vue à 100% + histogramme)

11 -
(bdb auto - passage en N&B - niveau auto - vue à 100% + histogramme)

Ce sont des images "brutes", je n'ai rien fait d'autre.

Si on fait "niveau auto" puis passage en N&B

12 -

L'image est tout aussi intéressante. A la limite, il y a un regain de contraste pas désagréable, mais les différences sont ténues.
Enfin, en utilisant un objectif apochromatique, les images sont déjà propres... en couleur ou pas.

Dans de prochains posts, les images seront prises avec un SPlanApo 60/1,4.
Il y aura des vues en fond clair, avec ou sans IF550 - des vues en lumière oblique, des vues en DIC.
(sans doute pas aujourd'hui - je dois "traiter" ces images)
Je peux d'ores et déjà annoncer que les vues monochromes, sans chercher à corriger la bdb sont intéressantes car il n'y a plus de bruit chromatique.
Je vais aussi essayer de faire des images avec des objectifs achromatiques, mais pour le moment, la lame "baigne dans l'huile".

(avec le même sujet, on discutera stacking - il faudra que je remette en route mes procédures automatisées)
(ensuite, on verra une Diatomée plus pénible)

[Djotchi]

Bonjour,

Très intéressant Fred, sujet qui va passionner les Diatomistes , une petite remarque, tu devrais inclure une échelle, assez prés du sujet pour que celle-ci reste aprés recadrage, car je pense que recadrage il y a , la 10 et la 11 par exemple.

Tout nos capteurs sont couleurs (photoscopes) , donc le mode N/B nécessite un travail logiciel , interne au boitier ou externe a l'aide de logiciels connus, toshop ou autres et là les spécialistes de l'art photographique en noir et blanc ne se contentent absolument pas d'une commande N/B, mais font un travail plus compliqué pour obtenir la quintessence de la photographie, le fameux Artcourt !

Je pense que nos diatomées méritent ce traitement , mais pas facile, toute ces nuances de gris ne sont pas réel, la matière silicieuse transparente des diatomées nous joue des tours avec la lumière transmise, surtout a fort grossissement, au 100X o.n. 1.4 le micron est divisé en trois ou quatre , on frôle le spectre visible de la lumière .

J'ai bien remarqué sur ce forum que les clichés de diatomées les plus propres, il y en a de fabuleux, mais souvent au 40 et 63X sur des sujets imposants , des mémères

Je cherche un moyen au 100X, ( n'ayant les moyens du MEB, ni même du DIC ), autres d'ou mes tests de vectorisation.

La vectorisation permet déja de séparer toutes les nuances du noir au blanc , afin de pouvoir les manipuler en formes d'objets.

Bon, le problèmes, une Cymbella , au 100X On 1.4, se compose aprés vectorisation, d'environs 5 000 objets !!

Pas une mince affaire !

[Fredlab]

Hello

Je n'ai pas mis d'échelle sur cette première vue, ça ne me semblait pas important... je le ferai dans les vues au 60x.
Aucune image n'est croppée, l'image directe juste redimensionnée aux 800 pixels du forum.
Pour les 02/05/10/11, on voit juste l'image à 100%, un peu comme si on cliquait - ICI - et on cliquait sur la petite loupe...

Pour la vectorisation - procédé que je connais un peu puisque je dessine avec Illustrator - je serais curieux de voir ce que ça donne (dans un autre topic ?) - l'idée est d'obtenir un genre de dessin au trait ?
Sur les formes "simples", comme la Diatomée sujet de ce topic, ça doit pouvoir le faire.
Sur des monstres à résoudre, genre Amphipleura, Gyrosigma, j'ai un peu du mal à y croire.

[Maraussan]

Pour les 02/05/10/11, on voit juste l'image à 100%, un peu comme si on cliquait - ICI - et on cliquait sur la petite loupe...

Ton capteur est déjà sale, ou bien est-ce la préparation ?
C'est la plaie du numérique si le capteur est non protégé.