Modélisation 3D, animation, Helicon focus

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Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede Christian » 30 Jan 2012 01:04

Bonjour à tous,
Un essais de modélisation 3D d'Helicon Focus (ver. 5.2.xx)
(les processus de la diatomée du centre ne sont pas correctement affichés, cela vient du traitement de ma pile et de problèmes de transparence !)
On observe bien mieux les détails et les volumes directement sur Youtube en HD 720p > http://www.youtube.com/watch?v=JsXMoPgcqJc&hd=1 et en cliquant sur l'icône plein écran !
Au passage je n'ai pas trouvé de réglage pour lire une vidéo en boucle, quelqu'un sait si c'est possible ?

Bon, ça vaut ce que cela vaut au niveau réalité mais c'est assez amusant ... ;)
Je ferai d'autres essais.

Diatomées fossiles d'Oamaru, Prép. de D.Prades. Objectif x40

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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede André » 30 Jan 2012 21:13

Salut Chris
cette démonstration nous ouvre de nouvelles et très intéressantes perspectives !
As-tu fait des essais avec un 60x ou 100x car je trouve que l'effet relief est un peu amoindri par le plan plane entourant l'Aulacodiscus?
Amicalement
André Advocat

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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede Gérard Weiss » 30 Jan 2012 23:48

Bravo Christian, tu as été plus vite que moi. J'ai exploré cette voie avec PICOLAY, mais je me plante souvent, probablement à cause d’un problème de mémoire centrale : 1 GO, non extensible avec mon vieux matos, c'est bien peu aujourd'hui. PICOLAY est très rapide comparé à COMBINEZ, mais on pourrait en conclure qu'il fonctionne essentiellement en mémoire centrale, ceci expliquant cela. Je ne peux arriver au résultat final qu'avec de très petites images. Quelle mémoire centrale as-tu pour obtenir ce résultat :?:
Bon, ça vaut ce que cela vaut au niveau réalité mais c'est assez amusant ...

Je pense que c'est beaucoup sérieux que l'on pourrait le croire. Dans la mesure où on peut indiquer au logiciel la distance entre les plans supérieur et inférieur par rapport aux dimensions des images, hauteur, largeur ou diagonale, et en lui indiquant un angle de vue, par exemple 4° par défaut avec PICOLAY correspondant à une distance de 1 mètre, ce n'est plus qu'un banal problème de trigo. pour reconstituer une vision exacte de l'objet en stéréoscopie par le calcul du décalage des plans successifs du stack...
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Gérard
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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede Christian » 31 Jan 2012 01:28

Salut André et Gérard,

André a écrit:As-tu fait des essais avec un 60x ou 100x car je trouve que l'effet relief est un peu amoindri par le plan plane entourant l'Aulacodiscus?

Non pas encore mais il y a une option zoom que je n'ai pas encore essayée (histoire de recadrer le sujet principal).
Par ailleurs on peut aussi choisir un niveau de relief (exagération) et c'est là je trouve que cela cloche un peu car c'est complétement à estimer ! Par défaut c'est les montages russes ...

Gérard,
J'ai été étonné avec mon premier essais de la rapidité de traitement, puis à force de bidouiller un peu, tout le programme a commencé à ralentir jusqu'à n'être plus gérable ... (bon, la pile fait 127 images de 12Mpx, et il est inutile je pense d'en faire autant ici !)
Il faut donc y aller mollo ... Pour info j'ai 2Go de Ram, sous Win7 32bit et un relativement "vieux" processeur Pentium 4 - 3.4Ghz

Pour la "réalité" du résultat, j'attends justement de vous des éclaircissements. Il existe bien une carte de profondeur sous Helicon Focus (que l'on peut enregistrer avec le fichier), mais je ne sais pas si on peut la calibrer ?
Il faudrait aussi que je comprenne mieux et puisse appliquer ton calcul trigo ...
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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede Gérard Weiss » 31 Jan 2012 02:42

Bonsoir Christian,

(bon, la pile fait 127 images de 12Mpx, et il est inutile je pense d'en faire autant ici !)
Il faut donc y aller mollo ... Pour info j'ai 2Go de Ram, sous Win7 32bit et un "vieux" processeur Pentium 4 - 3.4Ghz

Bon, ma veille machine est à genoux ! Raison de plus pour en changer.

Il existe bien une carte des profondeurs sous Helicon Focus (que l'on peut enregistrer avec le fichier), mais je ne sais pas si on peut la calibrer ?

Ce calibrage est pourtant nécessaire car le logiciel ne peut pas deviner quel est le rapport entre l'espacement entre les différents plans du stack et les dimensions de l'image. Le logiciel est obligé de tenir compte de ce paramètre, ou d'en utiliser un par défaut. Dans ce dernier cas, les plans risquent d'être exagérément écrasés ou gonflés, c'est un coup de chance !

Nota : Je ne ferais pas l'apologie de PICOLAY, mais ce logiciel présente des qualités pédagogiques certaines, car ses paramètres de fonctionnement sont assez clairement affichées sur un tableau de bord.

Il faudrait aussi que je comprenne mieux et puisse appliquer le calcul trigo de Gérard ...

Pas compliqué mais fastidieux, donc à réserver aux ordinateurs.
Le stack compose une première image par une projection verticale des informations significatives retenues dans chacune des images de la pile. C'est simple.

Pour produire une vue en stéréoscopie à deux images, le logiciel compose une image bis en effectuant cette même projection mais avec un décalage horizontal des différents plans pour simuler la vision à partir du deuxième oeuil. Ce second point de vue fait un angle (a) avec le premier, par exemple 4° pour des yeux écartés de 70mm et un objet situé à 1 mètre.

La vidéo que tu as publiée sur le forum est, je pense, constituée d'une succession d'images bis calculées par projections avec cette fois un angle (a) variant de 0 à (au pif) 30°. Exprimé autrement, la connaissance du pas entre les différents plans permettant de définir le volume en 3D de l'objet, la vidéo publiée est une succession de vues de cet objet sous un angle variant de façon progressive...
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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede PROVENCE » 31 Jan 2012 09:14

Bonjour à tous,

Les démos de Hélicon 3D sont faites sur des sujets avec beaucoup de relief, pour les diatomées, je limite l'angle de rotation à quelques degrés en fonction du relief, en évitant l’exagération qui conduit à des aberrations parfois d'ailleurs très esthétique.
Cette voie est très intéressante, il faut que j'essaie cette fonction de Hélicon Pro avec une photo reconstituée à partir de l'extraction des images d'un film en continue comme Gérald nous l'a faite découvrir et qui permet d'avoir le relief réel de la diatomée comme avec votre stacking, mais plus simple à réaliser à partir d'une camera DCM.
Cordialement
Claude
Microscope trino ZEISS PHOTOMICROSCOPE 2 , Objectif Neofluar Pol 6,3 , 16 , 25 , 63, 100 leitz 1,32
OPTO 1,25 et 1, 6 et 2, polarisation, led CREE 10 W.
Microscope trino OLYMPUS BHA, LUXEON 3 Watts,Objectif plan 4,10,40,100, Contraste de phase 10,40.
Microscope OLYMPUS VANOX Episcopie interférentiel et compound, Leds 20 W(épi) et 10 W (transmise).Objectif: 5, 10, 20, 50, 100 MSplan infini, Optovar 1 et 1,25 et 1,50.
Loupe bino Zeiss STEMI DV4
Camera DCM 310 3 Mp et 2 DCM 510 5Mp, Kalinu 14 Mp
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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede Christian » 31 Jan 2012 12:02

Re bonjour,
Merci pour vos réponses. Merci aussi Gérard pour tes explications ! Il faudra que j'essaie PICOLAY à l'occase ;)
André et Claude, est-ce que Aulacodiscus sollitiianus (http://www.oamarudiatoms.co.uk/photo_5094409.html) vous convient ?

J'ai fais un essais recadré, et cette fois plutôt que de publier une vidéo j'ai testé une sortie sur page html, c'est aussi assez intéressant.
(j'ai aussi diminué le nb. d'images à traiter en ne prenant qu'un fichier sur 4 dans ma pile de 127 img. au total)
Cliquez ici pour accéder à la page d'animation : http://www.lenaturaliste.net/christian/ ... mation.htm

Nb: Laisser charger toutes les images (25) en cache pour une meilleure fluidité ! Ceci fait, vous pourrez augmenter la vitesse d'animation avec l'outil compteur.

Capture d'écran :
Je n'ai pas encore résolu ce problème des 3 processus mal interprétés ... il faudrait que je fractionne ma pile et que je recompose autrement.

helicon_3d1.jpg
Exif et Meta MicroCartouche helicon_3d1.jpg (115.71 Kio) Vu 8088 fois


Info sortie :
Zoom = +65
Angle = 15°
Amplification relief = 0.1
Lissage = 55
Images réduites à 800 pixels de large
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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede PROVENCE » 31 Jan 2012 14:12

Bonjour Christian,
Je pense que c'est beaucoup mieux, les déformation sont atténuées et le relief ne semble pas trop accentué, tu ne doit pas être loin de la réalité.
Bravo.
Claude
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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede Daniel » 31 Jan 2012 18:07

Bravo +1 !
Le recadrage et l'agrandissement associé amméliorent bien le rendu de l'image.

J'ai commencé par utiliser le règlage de vitesse par défaut; malgré les saccades du mouvement , la perception du relief était présente dès le départ avec cette méthode de relief pour borgnes! (la perception me semble subsister quoique amoindrie avec un seul oeil Vraisemblablement,alors le cerveau doit utiliser des circuits neuronaux différents de ceux de la stéréoscopie mais arrive à utiliser les disparités dans le temps.)
Après un appui sur le plus de vitesse, le rendu est devenu plus fluide et tout à fait spectaculaire.

Je ne sais pas si ce rendu est déformé ou homothétique de la réalité; mais en tout cas il assure une compréhension meilleure des formes qu'une seule image fixe.

Je pense que les défauts de rendu au niveau des processus sont liés à l'observation en diascopie, donc avec des éléments nets sur une bonne profondeur de la pile.
Pour un meilleur rendu du relief des zones très décalées en Z du reste, il serait bon de photographier ce genre de diatomées en épiscopie donc sur des préparations à sec sans lamelle.

Pour des formes complexes comme ces processus, il peut y avoir également des zones ou le logiciel manque d'information pour des "angles morts", non visibles en vue verticale...
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Re: Modélisation 3D, animation, Helicon focus

Messagede André » 01 Fév 2012 17:09

Bonjour à tous

OUi, tout à fait pour Aulacodiscus sollitiianus qui se tortille de mieux en mieux pour notre PLAISIR :D ...colle lui donc un peu de musique (bach.. bare) et ce sera parfait ! :lol:
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