Reconnaissance de bactéries

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Reconnaissance de bactéries

Messagede Jeepee » 17 Nov 2017 18:29

Bonjour à tous et toutes.
Tout nouveau sur ce forum et n'ayant aucune formation biologique (électromécanique et automations ce qui est loin de ce forum) je cherche des réponses à quelques questions, qui pour vous naturalistes vous semblerons assez banales. Je vous remercie d'avance pour vos retours et du temp que vous m'accordez.

Combien existe il de bactéries connues à ce jours?
Ces bactéries ont elles des formes (contour, couleur, aspect,...) qui les différencies clairement l'une de l'autre?
Existe il un site reprenant cette liste de bactérie avec des photos?
Quel grossissement microscopique est nécessaire pour permettre une différenciation claire de chacune des bactéries?
Quel pourrait être le cout de ce genre d'équipement?

Merci d'avance
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede Maraussan » 17 Nov 2017 20:19

Combien existe il de bactéries connues à ce jours?
On connait plus de 15.000 espèces et cela ne constitue qu'un faible échantillon de ce qui doit exister; on en découvre presque tous les jours dans des sites inattendus : geysers, dans la profondeur des fosses océaniques, permafrost ou à des kilomètres sous terre ...
D'autre-part, la notion d'espèce tend à disparaitre.

Ces bactéries ont elles des formes (contour, couleur, aspect,...) qui les différencies clairement l'une de l'autre?
On différencie facilement certains groupes : les coques, les bacilles, vibrions... c'est tout.
Un bacille d'une fosse océanique peut se présenter similaire à un bacille terrestre associé à une pathologie (humaine, animale, ou botanique), et tout aussi identique à un bacille utile ou nécessaire à son porteur.

Existe il un site reprenant cette liste de bactérie avec des photos?
Non, au mieux des listes.
Les photos (optique ou balayage électronique de surface) n'apportent pas grand chose. La cytologie électronique en transmission est déjà plus instructive.
De plus, on trie par sujet : pathologie humaine, bactéries du sol, phytopathologie, etc...

Quel grossissement microscopique est nécessaire pour permettre une différenciation claire de chacune des bactéries?
On ne différencie pas les espèces de bactéries au microscope. Tout au plus, on peut observer leur présence dans - par exemple - des fluides tel que le sang, dans lequel ils ne devraient pas être présent (c'est alors une septicémie).
On voit au mieux des petits points, des sphères, des bâtonnets...
La différenciation se fait par des réactifs (tel le Gram, un test ancien et archaïque : Gram + et Gram-), et actuellement des tests ADN. Et parfois, des différences infimes existent dans le génome : exemple Yersinia pestis (la peste) est à deux bricoles identique à d'autres bacilles sans danger pour l'humain.

Quel pourrait être le cout de ce genre d'équipement?
J'ai à coté de moi quelqu'un utilisant journellement un microscope optique à 85.000 euros, l'objectif 100x utilisé a couté à lui seul près de 10.000 euros. C'est un bon matériel capable de différencier des micro flagelles de bactéries. Et on est très loin des tarifs d'un microscope électronique bien adapté à la bactériologie...
L'avenir est aux stations de séquençage génétique tout automatisé; on ne voit rien.
Et nous n'avons pas abordé les phases de mise en culture, isolation, etc...
C'est donc cher, très cher, et très complexe...
Dernière édition par Maraussan le 19 Nov 2017 00:09, édité 2 fois.
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede 6le20 » 18 Nov 2017 06:18

Bonjour Jean-Pierre,

juste un mot pour te souhaiter la bienvenu sur le forum... :D

Pour tes questions, Alain a répondu avec son érudition habituelle et un nouvel avatar des plus... surprenant ! :mrgreen:


Mazette..., un microscope à 85.000 euros..., j'espère qu'à ce prix, il faut aussi du bon café !
Amicalement

Sylvain
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede Jeepee » 18 Nov 2017 08:41

Merci beaucoup pour ces infos Maraussan Aurais tu la possibilité de faire un skype un de ces quatre ? J'aimerai pouvoir débattre de ce sujet à l'occasion. et pouvoir expliquer clairement ce que je cherche a faire?
D'avance merci.
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede Maraussan » 18 Nov 2017 10:16

Sylvain
nouvel avatar des plus... surprenant

Asie du Sud-Est, 1990.

Jeepee
et pouvoir expliquer clairement ce que je cherche a faire ?

Tu peux aussi le faire ici, certains membres du forum sont bien plus à même que moi pour t'informer...!
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede Hervé » 18 Nov 2017 12:14

Bonjour,
On peu visualiser les bactéries avec un microscope en contraste de phase (40X et 100X)
Un exemple simple à faire : prendre une lamelle, racler la muqueuse de la bouche et mettre la lamelle sur une lame.
Regarder au 40X phase.
Maintenant ce n'est qu'une visualisation pas une détermination qui demande d'autres techniques.
lA plus classique et la plus ancienne mise au point par Pasteur est de faire pousser les colonies sur des milieux spécifiques à base de gélose. Plus moderne la détermination du génome de la la bactérie par séquençage.
C'est des techniques de laboratoire.
Cordialement
Hervé
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede Bernard-J » 18 Nov 2017 13:18

Bonjour Jean-Pierre, Alain, Hervé, tous,

Je souhaite amener un éclairage complémentaire à ce qu'a dit Alain.
Pour le nombre d'espèces, j'ai lu hier soir quelque part 35000 connues. Mais ces chiffres ne signifient pas grand-chose, ils essaient juste de satisfaire l'envie de notre époque de chiffrer toutes nos connaissances. Le grand hic, c'est que chez les bactéries la notion d'espèce n'a rien à voir avec celle des plantes et animaux. Et le nombre d'espèces va changer drastiquement selon les critères choisis et les domaines d'applications. Il faut savoir que l'on ne sait pas faire pousser la grande majorité des bactéries et que si actuellement, le"nombre d'espèces" augmente rapidement, c'est que l'on est capable d'isoler l'ADN total d'un échantillon de n'importe quoi et d'en séquencer les fragments. Puis par traitement informatique, les chercheurs sont capables de trouver des séquences bactériennes nouvelles, non encore décrites, donc des nouvelles "espèces" que l'on a jamais vues dans le monde non digital. Avec ces méthodes très puissantes, nous avons réalisé que le monde bactérien est encore plus diversifié que ce que l'on pensait. Cherchez par exemple "microbiote" sur google.

Au lieu de se questionner sur leur nombre ou leur forme, il vaut mieux chercher à comprendre ce qu'elles font. Comme elles étaient bien avant nous sur cette planète, elles l'ont façonnée car elles participent aux grands cycles des éléments, carbone, azote, soufre, etc... et ont colonisé tous les environnements possibles. Nous avons donc interagi avec les bactéries depuis le début de notre évolution et nous ne pourrions pas vivre sans elles. Elles synthétisent des vitamines et autres substances indispensables dans notre intestin et la flore bactérienne normale qui recouvre les villosités intestinales ou la peau nous protège contre la minorité de bactéries pathogènes.

Comme le mentionne Hervé, on peut les observer sans coloration avec un microscope à contraste de phase qui ne doit pas nécessairement coûter un bras. Néanmoins il est vrai que la plupart des bactéries ne sont pas visuellement très sexy, mais il y a aussi de nombreuses exceptions et par exemple leurs mouvements sont souvent intéressants à observer - évidemment sur des préparations non fixées.

Cela m'intrigue aussi de connaître le pourquoi de ce questionnement sur les bactéries qui provient d'un électromécanicien. 8-)
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede Jeepee » 19 Nov 2017 10:09

Merci à tous pour ces infos et votre accueil ici
Si je comprend bien Hervé avec un microscope 40 ou 100x on a déjà une vue claire d'une bactérie et donc cette visualisation permet par l'oeil humain d'effectuer une détermination? par exemple je pourrais déterminer grace à un 40X que si je suis dans un environnement avec par exemple le virus de la polio je pourrais voir si j'ai d'autre virus que celui de la polio présents dans cet environnement?
Avez vous une photo de virus vu avec un 40x ca donne quoi?
Avez vous une idée de prix de ce genre de matériel?
Merci
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede Bernard-J » 19 Nov 2017 11:34

Aïe, non Jean-Pierre, les virus sont bien plus petits que les bactéries. Nous ne pouvons pas les voir au microscope photonique mais seulement avec le micr. électronique. A part, comme toujours quelques très rares exceptions ou un méthode de coloration très astucieuse, hors de portée du bricoleur.
bact-virus.jpg
Exif et Meta MicroCartouche bact-virus.jpg (17.72 Kio) Vu 209 fois

Et une détermination des bactéries au microscope photonique ou électronique est pratiquement impossible, à part de rares exceptions, comme d'hab...
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Re: Reconnaissance de bactéries

Messagede Jeepee » 19 Nov 2017 13:26

Oui Hervé
comme tu dis'' lA plus classique et la plus ancienne mise au point par Pasteur est de faire pousser les colonies sur des milieux spécifiques à base de gélose.'' soit une boite de pétri si je comprend bien?
Avant d'avoir une colonie que voit on?
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