Mycologie - coloration des spores de russules

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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede Klaus » 31 Aoû 2010 08:42

Bonjour Marcel,

Je suis très intéressé par l'article de Klaus, même si je ne lis pas facilement l'allemand ... mais je tenterai une traduction ! Merci de me l'envoyer éventuellement en pdf à mon adresse privée.


L´article est écrit dans un allemand un peu "ancien". J´ai essayé de faire une "traduction" en allemand un peu plus "neuf".
Mais il-y-a des points j´ai une tendance de mettre en doute. Un ami qui a déjà fait la procedure va vérifier le prochain weekend - et après je reviens!
Si non j´ai gagné les 10 millions dans la lotterie et je suis à Hawaii! :lol:
Amicalement

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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede JLouis » 01 Sep 2010 08:43

Bonjour Eddy, tous

Bravo Eddy pour ce beau protocole concernant l'observation par la coloration des ornementations sporales de Russulaceae, chose pas facile à réaliser. Technique que je réalise très peu car je n'ai malheureusement pas encore trouvé la "motivation" certaine envers les Russulaceae. Mais je m'empresse bien sur de le télécharger et le conserver...De tel doc sont relativement rares, alors profitons en !

Lorsque tu dis empilement d'images, tu veux parler de photographies réalisées à intervalles régulières puis empilées à l'aide d'un logiciel ?

Bravo encore bonne continuation.
De tel protocoles devraient être fait et partager plus souvent, excellentes idées. ;)
jlouis
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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede Olivier » 01 Sep 2010 11:19

Bonjour à tous,

Ravi de découvrir ce fil instructif.

Du coup une question me vient...
Par expérience, je peux vous dire qu'on arrive à de très bons résultats à partir du moment où on utilise un milieu d'observation moins fluide que l'eau, et +/- sirupeux : chloral lactophénol, lactophénol de Amann, hydrate de chloral, glycérine...


Marcel, tu ne cites pas le Polyvinyl Lactophénol / PVLPh (tu cites le PVALactophénol qui doit être légèrement différent ?), alors quand est-il pour les préparations définitives ? J'imagine que le problème de coloration à l'iode reste le même pour le PVLPh et pour le baume du Canada ?

Merci
Olivier
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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede Eddy » 01 Sep 2010 13:39

Bonjour Jean-Louis, Olivier, le forum,

Merci à tous pour vos messages.

JLouis a écrit:Lorsque tu dis empilement d'images, tu veux parler de photographies réalisées à intervalles régulières puis empilées à l'aide d'un logiciel ?

C'est exactement ça : des clichés sont pris à intervalles réguliers (ou presque, car ce n'est pas automatisé; sur l'automatisation possible du dispositif voir le travail remarquable de Christian) puis fusionnés à l'aide d'un logiciel tel que CombineZP, Helicon Focus, etc.

Cordialement,
Eddy
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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede JLouis » 01 Sep 2010 15:52

Eddy a écrit:Bonjour Jean-Louis, Olivier, le forum,

Merci à tous pour vos messages.

JLouis a écrit:Lorsque tu dis empilement d'images, tu veux parler de photographies réalisées à intervalles régulières puis empilées à l'aide d'un logiciel ?

C'est exactement ça : des clichés sont pris à intervalles réguliers (ou presque, car ce n'est pas automatisé; sur l'automatisation possible du dispositif voir le travail remarquable de Christian) puis fusionnés à l'aide d'un logiciel tel que CombineZP, Helicon Focus, etc.

Cordialement,
Eddy


D'accord merci Eddy
Je vais de ce pas m'en télécharger un, que me conseil tu en sachant que cela me servira pour la myco, la licheno et les araignées, et de fonctionnalité simple efficace et surtout Français :roll:
merci
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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede Eddy » 01 Sep 2010 16:17

Bonjour Jean-Louis, le forum,

Pour les logiciels : CombineZP et HeliconFocus sont tous deux simples et intuitifs, pour des résultats remarquables. En revanche, je ne sais pas s'il existe une traduction française de l'interface. Tu as aussi ZereneStacker, que je n'ai jamais essayé personnellement, mais qui semble très bon. Les clichés présentés dans ce fil ont quant à eux été obtenus avec un tout autre système, mais c'est surtout adapté à GNU/Linux et en ligne de commande (c'est moins convivial que les deux logiciels précités). Dernière précision : CombineZP est libre et gratuit, les deux autres sont proposés en version d'évaluation de 30 jours.

Un autre point, suite à la remarque de Marcel à propos de la conservation à long terme des lames colorées au réactif de Melzer. Dans le cas particulier de l'ornementation sporale des russules, celle-ci est aussi très bien mise en évidence dans le bleu lactique (comme pour les ascomycètes), dont la conservation est moins problématique (cf photo ci-jointe, notamment la spore en haut à gauche).

russula_sp_spores.jpg
Exif et Meta MicroCartouche russula_sp_spores.jpg (196.79 Kio) Vu 7898 fois

On perd bien entendu la spécificité de la coloration au Melzer, ainsi que la mise en évidence des plages supra-apiculaires, mais on garde quand même une bonne trace de l'ornementation. Le protocole est également simple :

  • Déposer une goutte d'eau sur une lame à coloration, puis placer une lame de russule dans l'eau.
  • Ajouter une goutte de bleu lactique sur la face non immergée de la lame (le bleu ne se mélange pas à l'eau).
  • Faire chauffer légèrement pendant quelques secondes, puis laisser colorer pendant une minute.
  • Éliminer l'excès de bleu, découper la zone colorée et monter entre lame et lamelle. C'est prêt ! :)

Cordialement,
Eddy
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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede Gérard Weiss » 01 Sep 2010 17:32

Bonjour Eddy,

Les clichés présentés dans ce fil ont quant à eux été obtenus avec un tout autre système, mais c'est surtout adapté à GNU/Linux et en ligne de commande (c'est moins convivial que les deux logiciels précités).

Je viens de mettre mon ordinateur en multiboot Windows/Ubuntu et je commence à découvrir tranquillement Linux. De quel logiciel parles-tu :?:

Remarque. Il y a des cas où les lignes de commande sont à la fois plus simples à utiliser et plus puissantes que les interfaces graphiques, lesquelles tourneraient vite à la pétaudière ! Voir par exemple les lignes de commande de Iris...
Bien amicalement,
Gérard
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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede Eddy » 01 Sep 2010 17:43

Bonjour Gérard, le forum,

Gérard a écrit:Je viens de mettre mon ordinateur en multiboot Windows/Ubuntu et je commence à découvrir tranquillement Linux. De quel logiciel parles-tu

Sous Ubuntu, il faut d'abord installer convert (pour convertir de JPEG vers TIFF), align_image_stack (pour aligner les clichés de la pile) et enfuse (pour le focus stacking proprement dit) avec la commande :

Code: Tout sélectionner
sudo apt-get install imagemagick hugin-tools enfuse


Ensuite, tu peux vérifier que les trois applications sont bien installées (la commande doit renvoyer le chemin d'accès à ces trois exécutables) :

Code: Tout sélectionner
which convert align_image_stack enfuse


Et ensuite j'utilise le script suivant (à copier/coller dans un fichier, puis le rendre exécutable et le lancer dans la console) :

Code: Tout sélectionner
#! /bin/bash

function check() {
  RET=$(which $1)
  echo -n "  - $1: "
  if [ -n "$RET" ]; then
    echo "Found ($RET)"
  else
    echo "Not found!";
    exit 1
  fi
}

echo "> Checking installation"
check "enfuse"
check "align_image_stack"
check "convert"

# lowercase filename only.
rename 'y/A-Z/a-z/' *

for i in *.jpg; do
  echo "> Conversion de $i"
  convert $i z_$i.tif
done

echo "> Création des masques"
align_image_stack -m -a mask z_*.tif
rm -f z_*.tif

numero=$(ls final* | grep final | wc -w)

echo "> Calcul de l'image finale"

enfuse -o final_$numero.tiff \
  --wExposure=0 \
  --wSaturation=0 \
  --wContrast=1 \
  --HardMask \
  --ContrastWindowSize=9 mask*.tif

rm -f mask*.tif

Ce script lit tous les fichiers JPEG du répertoire courant, les transforme en TIFF, puis les aligne et effectue l'empilement d'images pour produire une image TIFF finale.

Cordialement,
Eddy
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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede Gérard Weiss » 01 Sep 2010 21:06

Merci Eddy pour ta réponse rapide et détaillée. Je vais creuser tout ça.
Bien amicalement,
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Re: Mycologie - coloration des spores de russules

Messagede JLouis » 02 Sep 2010 08:07

Merci Eddy je vais également creuser tout ça ;)
Belles photos en tout cas !
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