Microbiologie orienté mycélium - bactéries

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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede guillaume054 » 20 Sep 2018 09:33

Bonjour à tous,

Merci à toi bernard-J pour ton partage qui est très appréciable et apprécié de ma part.

Je suis totalement indépendant dans ce projet et n'ai pas de parti pris, ni pour l'une ou l'autre des entreprises citées dans les liens que tu as transmis en début de ton message. Il n'y a aucune transmission de connaissance, notamment concernant la préparation du mycélium ( uniquement l'aspect culturel pour FM ). Pour ce dernier, il souhaite garder leur " secret de fabrication " , d'ailleurs le royaume de la myciculture est comme cela la plupart du temps. D'autres personnes, en revanche, souhaitent apporter leur contribution pour faire avancer la compréhension et échange beaucoup plus volontier sur le sujet.

Pseudomonas putida est en effet une bactérie ayant un effet positif sur le développement et la fructification de la morille. Une personne ( américaine ) travaille avec cette bactérie pour ces cultures et à des résultats intéressant ( selon ces dires ) .

L'idéal, comme tu dis, serait de prélever, lorsque les morilles seront arrivées à maturité, de la terre autour de ces dernières pour observer les bactéries entrant en jeu .....mais la encore, ce ne serait uniquement les bactéries présentes lors de la dernière phase de fructification. Il y a certainement, dans les phases intermédiaires, des interactions différentes. Ce serait, tout du moins, un bon début mais comme tu dis, ce que l'on réalise par des manipulations humaines est loin de rassembler la complexité oeuvrante de la nature.

Néanmoins, si tu as de la documentation concernant les procédures pour faire cela, je suis vivement intéressé.

Je me suis renseigné sur le GFP et j'ai trouvé quelques sociétés commercialisant des kits de préparation, est ce que tu aurais déjà essayé ce type de procédure ? Pour l'instant, je mets cela de côté , j'avance pas à pas mais il va de soi que c'est très intéressant pour la visualisation et la compréhension des intéractions bactérie - mycélium .

Si tu as pu te procurer ces boites de pétri ainsi que les photos des mycéliums, c'est que tu dois avoir des rapports privilégié avec ces scientifiques, penses tu qu'il serait possible de les contacter et d'échanger avec eux ?

@ Maraussan : On sait un peu près recréer les conditions " idéal " extérieur pour la culture de la morille ( voile d'ombrage, gestion humidité, gestion prédateurs et la nature fait le reste ) mais à l'intérieur cela parait beaucoup plus délicat et peu d'informations fiables filtre de toutes les expérimentations en cours.

Les rendements, en France notamment, ne sont pas exprimés : ils ne doivent pas être miraculeux et si il le sont dans un coin ou un autre, ils sont placés sous silence. Ce qui est certain, c'est que la culture est délicate.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Maraussan » 20 Sep 2018 10:01

On sait un peu près recréer les conditions " idéal " extérieur pour la culture de la morille ( voile d'ombrage, gestion humidité, gestion prédateurs et la nature fait le reste ) mais à l'intérieur cela parait beaucoup plus délicat et peu d'informations fiables filtre de toutes les expérimentations en cours.

Les rendements, en France notamment, ne sont pas exprimés : ils ne doivent pas être miraculeux et si il le sont dans un coin ou un autre, ils sont placés sous silence. Ce qui est certain, c'est que la culture est délicate.


Recréer actuellement en serres extérieures les conditions d'un sous-bois tient actuellement (2018) de la gageure, et d'un exercice financier extrême : faible luminosité, température constante d'environ 22°C, humidité de 85%, ventilation afin de limiter le confinement, gestion des phyto-parasites, etc... le tout pour récolter au mieux 5 à 6 champignons au mètre-carré.

Ces cultures seront envisageables dans un proche futur en cavernes naturelles ou artificielles, illumination par Led horticoles.
Noter cependant que tous les brevets sont chinois, la licence pour la France est déjà cédée.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Daniel » 20 Sep 2018 10:10

Bonjour à tous,
effectivement, il y a des échos de réussites de culture de morilles anciens simplement avec des apports organiques.
il y a quelques années, un ami mycologue m'avait passé le lien d'une vidéo d'une serre chinoise avec plusieurs carpophores au mètre carré sur une grande surface. Ce n'est pas un haut rendement, mais on peut s'en contenter (les producteurs chinois en sont fort aise semble t il).

En France, il y a semble t il depuis 2017 un brevet inra de techniques culturales qui accompagne des souches sélectionnées françaises de mycélium. C'est commercialisé par France morilles qu Guillaume connait déja. Il y aurait mème des tests hors sol.
http://www.natures-paul-keirn.com/2017/ ... rchat.html

S'il existe des kits de culture de morilles qui donnent des résultats, à priori, c'est qu'ils contiennent avant tout une souche de mycélium. Y a t il dans le kit un autre facteur chimique ou biologique?

Bernard nous dit qu'il faut en plus des bactéries inductrices de la formation de sclérotes pour favoriser la formation de carpophores.
Il semble que Guillaume connaisse tout cela.

Mon hypothèse est que le kit renferme avant tout des souches mycéliennes et que le secret consiste à "préparer" ce mycélium, puis à le cultiver correctement.
Je conseillerais à Guillaume de réaliser l'expérience de terrain suivante qui a l'avantage de ne pas demander trop de matériel pointu, mais juste du temps:
comparer 2 dispositifs suivant le conseil des kits commercialisés, l'un avec le kit, l'autre avec du sol d'une station à morille productive.
Un 3e dispositif pourrait être avec sa propre souche de mycélium isolée, mais c'est la qu'il faut des compétences et du matériel de microbiologistes mycologues...
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Maraussan » 20 Sep 2018 11:53

Bonjour à tous,
la technologie (*) de culture de France-Morilles est chinoise (initiée par le Mianyang Edible Fungi Research Institute, province du Sichuan), l'Inra se contentant de travailler sur les souches mères.

(*) il ne s'agit peut-être pas d'un achat de brevet pour la France, mais d'un achat de savoir-faire, sans exclusivité...
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede guillaume054 » 20 Sep 2018 20:17

Concernant les brevets, aucuns à ce jour n'a été validé en France ou en Europe. Il y a bien eu une demande mais non accepté du fait que la technique n'était pas assez novatrice. Les brevets chinois ne sont valable qu'en Chine, et pour les avoir lu, il n'y a pas les éléments clés qui permettent la pratique, notamment de la production de sclérotes de morilles ( par exemple ) mais ils peuvent nous donner des pistes, des idées quant aux ingrédient qu'il utilise. ( je ne suis pas pilleur de brevet :D - d'ailleurs quel procès en court ? )

La culture extérieur est saisonnière, le mycélium ( agrégat de sclérotes sont ensemencé lorsque l'automne commence à venir - lié au T° idéal ) , ensuite le mycélium se développe à même le sol puis on lui apporte ce dont il a besoin. Lorsque le printemps arrive les morilles peuvent se développer, tout cela est réaliser sous filet d'ombrage. L'investissement n'est pas forcément très lourd, j'ai pu voir des photos où les filet était tendu entre deux lignes d'arbre, sur des dizaines de rangées en Chine.

D'ailleurs ils ont de très bon rendements sur ces cultures mais elle ne sont pas durable dans le temps, c'est une partie de cette compréhension qu'il faudrait avoir, entre autre, pour espérer pouvoir en vivre correctement.

Deuxièmement et cela est le plus important à mon sens, il faut être dans la capacité de gérer toutes la cultures, de la souche mère
à la production de blanc de semis pour finir aux procédés culturales en passant par des expérimentations à tout ces niveaux.

Pour ma part, ce sera la première année d'expérimentation intérieur et extérieur, je n'espère pas des rendements exceptionnels ( même si je le souhaite ) mais dans un premier temps acquérir de l'expérience, les bases et ensuite sortir des sentiers battus....

@ Daniel, tu as raison le mycélium est préparer d'une façon particulière mais il y a aussi eu un brevet qui parlais de culture simultané ( blé ) avec la morille. C'est un sujet intéressant car les végétaux alimentent eux aussi certaines bactéries et nous connaissons bien les symbioses qui peuvent exister entre végétaux et champignons.

C'est un domaine où il y a encore tellement d'expérimentations et de découverte à faire, et cela ne s'arrêtera jamais ...les travaux sont sans cesse repris et évolue au fur et à mesure de la compréhension, des erreurs , des hypothèses que l'on aura vérifiées et approuvées, si tenté que l'on partage les connaissances....

Vous rappelez vous de vos début, dans quel état d'esprit étiez vous ? Est ce que c'est votre profession, vocation, passe temps ? Depuis combien de temps êtes vous passionné ?
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Bernard-J » 20 Sep 2018 20:38

Bonsoir,
@ Guillaume
Néanmoins, si tu as de la documentation concernant les procédures pour faire cela, je suis vivement intéressé.

Je n'ai rien de plus que ce que l'on peut trouver par internet pour ce qui pourrait t'être utile en ce moment. Il te faudra de toute façon commencer par le BA-BA des manips de la microbiologie, c-à-dire apprendre à obtenir des cultures purifiées de bactéries et de champignons sur BdP après avoir préparé les milieux et aussi apprendre à te débrouiller avec ton microscope. Quand tu pourras montrer des images de BdP et de mycelium (telles que ci-dessus), on pourra voir pour la suite. Je soutiens l'autodidactisme, mais là, j'avoue que c'est assez fort de tabac,.. les étudiants qui n'arrivent pas à ce niveau après plusieurs années d'études malgré le soutien de leurs assistants ne sont pas rares.. :mrgreen:

Je me suis renseigné sur le GFP et j'ai trouvé quelques sociétés commercialisant des kits de préparation, est ce que tu aurais déjà essayé ce type de procédure ? Pour l'instant, je mets cela de côté , j'avance pas à pas mais il va de soi que c'est très intéressant pour la visualisation et la compréhension des intéractions bactérie - mycélium .

Oublie pour le moment, il s'agit de techniques de biologie moléculaire qui ne peuvent que venir par la suite. C'est vrai que le GFP a totalement révolutionné les possibilités de monitoring dans l'environnement. J'avais travaillé ce sujet pour étudier les premiers maillons de la chaîne alimentaire, voici une miette de ce travail:
https://www.youtube.com/watch?v=qA1G4DQivnQ

Si tu as pu te procurer ces boites de pétri ainsi que les photos des mycéliums, c'est que tu dois avoir des rapports privilégié avec ces scientifiques, penses tu qu'il serait possible de les contacter et d'échanger avec eux ?

J'ai travaillé longtemps dans cette unité - mais il y a déjà bien des années,... Je sais qu'ils n'auront aucun temps à consacrer à un tel projet de débutant. Mais tu peux trouver leurs contacts par internet.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Maraussan » 20 Sep 2018 22:26

Guillaume:
D'ailleurs ils ont de très bon rendements sur ces cultures mais elle ne sont pas durable dans le temps, c'est une partie de cette compréhension qu'il faudrait avoir, entre autre, pour espérer pouvoir en vivre correctement.


Soyons clairs, 5 à 8 morilles au mètre-carré en France, alors qu'au Sichuan, un bon producteur arrive à une moyenne de 200...
Rappelons la météo du Sichuan : Le bassin de Sichuan est doté d'un climat subtropical avec un printemps sec, un été chaud et court, un automne pluvieux et un hiver pas très froid mais long...
Rappelons que les bonnes productions s'effectuent par alternance une année sur deux sur les terres de rizières, là où se développent les rhizosphères symbiotiques du riz.
Rappelons que la surface globale de culture de morilles en Chine continue de régresser depuis 2014, du fait de l'insécurité des rendements, des coûts financiers prohibitifs d'exploitation, de l'apparition de maladies sur les zones de productions concentrationnaires (les USA ayant abandonnés à 100% la culture de la morille depuis 2008).
Tout cela ne figure pas dans les brevets.

Pour en vivre en France (sauf quant à siphonner des subventions, c'est devenu un métier), il faut des investissements estimés actuellement à plusieurs millions d'euros, des équipes pluridisciplinaires, des centres de recherches, et bien plus que de la bonne volonté mais de réelles maitrises des connaissances.
Dernière édition par Maraussan le 21 Sep 2018 08:14, édité 1 fois.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede Bernard-J » 20 Sep 2018 23:16

Alain,
Excellente contribution !
Je me suis focalisé sur la question originale d'un début en labo de microbiologie. Merci d'avoir élargi le débat sur cet aspect factuel. Bien sûr, j'ai zappé l'aspect financier qui n'a pas été soulevé au départ.
Je plussoie pour ta dernière phrase. Ce qui manque le plus souvent c'est la réelle maîtrise des connaissances, même avec des équipes et de l'argent....
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede guillaume054 » 21 Sep 2018 12:14

Bonjour à tous,

Merci pour vos retours concernant mes écrits, cela me permet d'être confronté à la réalité du terrain avec vos expériences diverses.

Voici quelques uns de mes travaux de culture mère sur géloses nutritives et également en culture liquide :

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Exif et Meta MicroCartouche IMG_20180921_21814.jpg (42.71 Kio) Vu 4786 fois


Comme tu le disais Bernard, il me faut maintenant acquérir les bases pour réaliser une culture pure de bactéries et me familiariser avec le microscope que je viens de recevoir aujourd'hui même.

N'hésitez pas si vous avec de la littérature initiatique pour ces deux domaines ci dessus, de telle manière à ce que je puisse progresser pas à pas.

Je recherche également du matériel pour ce faire, si vous avez une liste à me communiquer pour les bases ainsi qu'un site où l'on puisse se procurer du matériel-réactif à un coup raisonnable, je suis preneur.
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Re: Microbiologie orienté mycélium - bactéries

Messagede guillaume054 » 21 Sep 2018 12:17

Voici encore quelques unes de mes souches mères.

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Exif et Meta MicroCartouche IMG_20180921_23753.jpg (37.17 Kio) Vu 4790 fois



Le reste des photos d'observation viendra par la suite, lorsque j'aurais appris à utiliser le microscope :D
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