Quelques thèques d'amibe


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Quelques thèques d'amibe

Messagede RUDNICKI » 16 Fév 2017 22:54

Je trouve ces thèques dans un bocal d'un litre que j'ai installé il y a deux ans. Je les utiilise pour m'entraîner à faire des stacks (piles?), car elles sont réellement en 3D.

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Re: Quelques thèques d'amibe

Messagede Daniel » 17 Fév 2017 08:37

Bonjour,
merci de nous présenter tes découvertes. Ces thèques constituent aussi un monde à découvrir.

Je réagis juste au vocabulaire:
traduire "stacks" par "piles" ne me choque pas. Le sens me semble correct. On pourrait dire aussi "séries"
par exemple : piles de mises au point différentes, ou séries de focalisation différentes ou séries focales...

Sur ce forum, nous avons proposé le mot zédification pour l'ensemble du processus qui consiste à réaliser la série d'images puis à les combiner en une image unique de profondeur de champ étendue .

Et je développe l'idée de 3D en microscopie: "Elles sont réellement en 3D"
En effet, ce sont des sujets épais. Mais les microscopistes ne se rendent que très rarement compte de l'épaisseur et des reliefs de leurs sujet car le microscope donne fondamentalement une image 2D. Pour percevoir leur relief, il faut utiliser un stéréomicroscope ou les préoculaires PZO dont je décris l'usage sur cette page


On se rend alors compte que tous les sujets ne sont pas plats: une coupe anatomique n'est pas une feuille parfaitement plane, mais ressemble souvent plutôt à un tissu plissé!

Et pour rendre cette perception 3D, actuellement il faut passer par les techniques de la stéréophotographie (= la photographie 3D ).
Après un dernier boom qui a suivi la sortie du film Avatar, ses usages grand public semblent en déclin actuellement (les firmes limitent l'offre de téléviseurs 3D aux modèles haut de gamme). Mais les usages professionnels se multiplient grâce aux possibilités de l'informatique moderne et de l'imagerie numérique.
Je souhaite que les naturalistes qui sont aussi des curieux du progrès scientifique et technique en général, fassent la promotion de cette 3D en montrant des versions stéréoscopiques de leurs images.

Ces images de thèques restent en 2D sous leur forme actuelle. Est il possible stp de nous les montrer en stéréoscopie?
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Re: Quelques thèques d'amibe

Messagede 6le20 » 17 Fév 2017 20:23

Euhhh...

après le savant commentaire de Daniel, je veux juste te dire mon admiration devant la qualité de ce que tu nous présent ici !

:chap:
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Re: Quelques thèques d'amibe

Messagede RUDNICKI » 17 Fév 2017 23:21

Bonsoir Daniel et Sylvain,

Merci pour vos commentaires encourageants. Je sais évidemment que la zédification ne donne pas des images en 3D, mais uniquement un effet de perspective. Il me semble que PZO a produit d’autres dispositifs stéréo, notamment une tête bino avec des polarisateurs et un support d’appareil photo sur glissière pour les stéréomicroscopes. Quelqu’un a récemment mis en vente les deux systèmes, mais comme ils coûtaient autant qu’un biolar, j’ai laissé tomber. Mais un jour, qui sait....
Sylvain, je ne suis qu’à mes débuts, je ferai certainement mieux dans quelque temps – au moins je l’espère. J’ai appris à utiliser combine et gimp il y a deux mois et je me suis rendu compte qu’on ne pouvait pas s’en passer si l’on ne voulait pas taîner derrière les gens qui ont un matériel plus sophistiqué. Je suis content que mes photos te plaisent, mais ça m’a pris un temps fou et je suis loin d’en être entièrement satisfait. Mais, comme disaient les Anciens « repetitio est mater studiorum ».
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Re: Quelques thèques d'amibe

Messagede 6le20 » 18 Fév 2017 10:13

Bonjour

ne connaissant rien au monde des amibes, je me suis penché sur la question de ce l'on appelle une amibe.
Et là, je découvre qu'il s'agit d'un monde polyphylétique aux frontières mal définies.

Donc ma question : s'agit-il ici de Thécamibien ? (comme semble indiquer le titre)

Si c'est le cas, c'est encore un groupe polyphylétique qui regroupe :
- Arcellinida (embranchement Amoebozoa),
- les Euglyphida (embranchement Cercozoa)
- les Amphitremida (Stramenopiles).

Pour ce que j'en comprends, ça ne me semble pas évident identifier ces choses là !
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Sylvain
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Re: Quelques thèques d'amibe

Messagede YVES22 » 23 Fév 2017 15:35

Bonjour. effectivement, super travail de stacking (Aïe, je vais me faire enguirlander par Daniel :? ). j'aime bien la première photo avec son impression de 3D. mais combien de clichés dans la pile car ces thèques sont bien épaisses !
j'en rencontre plusieurs comme celle-ci dans les prélèvements d'un fond d'aquarium et pour moi ce n'était que des organismes morts ou au mieux des formes enkystées ? et il ne me venait même pas l'idée de les photographier .
Mais il serait peut-être intéressant de faire le "catalogue" de celles qu'on rencontre , en attente d'une identification ultérieure ? et d'une doc plus ciblée que mon "Universalis" :grat:
Les plus fréquentes chez moi sont celles qui ressemblent à ton premier cliché ( Arcella ?) et celles-ci ( Euglypha ?) :

theque_damibe_.jpg
Exif et Meta MicroCartouche theque_damibe_.jpg (158.19 Kio) Vu 505 fois

theque_damibe2_.jpg
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Re: Quelques thèques d'amibe

Messagede YVES50 » 23 Fév 2017 16:13

Bonjour,
Pour l'identification des thécamibes, je me permets de vous rappeler :
- l'excellent document ancien de Joseph Leidy (1870) Fresh-Water Rhizopods of North America avec de superbes aquarelles. C'est téléchargeable gratuitement sur plusieurs sites
- plus récent An illustrated Guide to the Protozoa de Lee, Hutner et Bovee, 1985. Là par contre c'est assez couteux quand même.
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Re: Quelques thèques d'amibe

Messagede Bernard-J » 23 Fév 2017 19:05

Bonsoir,
Ces amibes à thèque sont superbes. Mais pour l'identification,... :?

Je vous propose un site en allemand, mais avec des belles photos:
http://www.hans-rothauscher.de/testacee ... oeben.html

...un site génial en anglais:
http://www.arcella.nl/overview-testate-amoebae

... un pdf de 2013 sympa et en français sur les Thécamoebiens muscicoles:
http://doc.rero.ch/record/208895/files/ ... 140106.pdf

et en prime une photo pas terrible de Euglypha compressa mais qui a l'avantage de montrer ce qui se passe sans zédification :oops:
Euglypha compressa.jpg
Exif et Meta MicroCartouche Euglypha compressa.jpg (119.42 Kio) Vu 461 fois
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Re: Quelques thèques d'amibe

Messagede RUDNICKI » 23 Fév 2017 21:36

Bonsoir à tous,
Ce sont probablement des centropyxis. J’ai publié dans un autre post la photo d’une arcella. Quant à la zédification, les piles sont toutes petites, entre 3 et 7 photos, apparemment ça suffit. Je mets un bout de plastique mat sur le diaphragme du condenseur et un rond opaque sur l’illuminateur, ce qui donne un éclairage oblique . J’ai essayé d’augmenter le nombre de photos jusqu’à 10 ou 12, mais ça n’améliorait pas les choses, car mon vieil ordinateur avait du mal à digérer autant d’informations. Les photos FN ont été faites avec un pzo 20x et un rond noir collé sur un plastoc mat, inseré dans le condenseur, sur le diaphragme. Je triche évidemment – oh, un tout petit peu. Je découpe le motif principal avec les chemins dans le gimp, j’adoucis le fond, j’améliore la netteté du motif principal avec le fameux masque, je rehausse les couleurs et le contraste et j’adoucis les contours. Cela a l’air plutôt compliqué quand on le lit, mais je cherche à faire des retouches subtiles sans dénaturer les détails. Avec les ciliés ce sera certainement plus difficile et je serai obligé d‘apprendre le « masque rapide ». J’ai constaté qu’en cherchant à être « naturel » à 100% je trainais derrière ceux qui ont pris la peine d’apprendre l’usage de gimp et de combine qui permettent d’améliorer sérieusement l’image. Je ne me prononce pas pour l’instant au sujet de l’identification, car je dois commencer par consulter mes livres.
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